UE Agents infectieux Hygine Aspects gnraux infections respiratoires

UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux infections respiratoires communautaires ED n° 3 Mise à jour le:

Pré-requis 1 -Définitions • Bronchite aigüe: inflammation de la muqueuse bronchique sans atteinte parenchymateuse Rhinite Pharyngite/laryngite • BPCO (bronchopneumopathie chronique obstructive): inflammation chronique des bronches. Les exacerbations peuvent être d’origine bactérienne et aggraver la BPCO • Bronchiolite: infection des bronchioles • Pneumonie: infection du parenchyme pulmonaire d’évolution aiguë UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Trachéite Bronchiolite Pneumonie

Pré-requis 2 – rappels anatomo-cliniques Voies aériennes supérieures: • • flore abondante variable selon l’âge et le terrain. Bactéries commensales (potentiellement pathogènes) : strepto a, Neisseria spp. , Corynebacterium spp. , Haemophilus spp. , Staphylococcus spp. … parfois Streptococcus pneumoniae (commensale des voies aériennes supérieures (5 -10% de portage chez l’adulte, 2040% chez l’enfant), Haemophilus influenzae Rhinite Pharyngite/laryngite Trachéite Voies aériennes inférieures: • Bronches et alvéoles pulmonaires normalement stériles – Défenses mécaniques: toux, cils – Défense humorale : Ig. A, lysozyme – Défense cellulaire: macrophages, polynucléaires… UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Bronchite Bronchiolite Pneumonie

Pré-requis 3 – épidémiologie/classification • Bronchite aigüe: – – – 10 millions de cas/ an le plus souvent virale et contexte épidémique Diagnostic uniquement clinique Guérison spontanée Pas d’antibiotique • Exacerbations de BPCO (bronchopneumopathie chronique obstructive): – – 2 millions de cas par an Diagnostic difficile Etiologie non infectieuse dans 1 cas sur 2 Infection bactérienne probable si crachats purulents • Bronchiolite: nourrisson, virale UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Pré-requis 3 – Epidémiologie/classification • Pneumonie aigüe: – 400 000 et 600 000 cas par an – Le diagnostic repose sur des critères: • cliniques: toux, dyspnée, douleur thoracique, expectorations, fièvre, râles crépitants • radiologiques: image lobaire, infiltrat interstitiel… • Microbiologiques – Critères de gravité à évaluer: âge, comorbidités, signes vitaux… UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Diagnostic microbiologique d’une pneumonie Un homme de 70 ans, éthylotabagique, vous consulte pour une fièvre à 39°C d’apparition brutale associée à des frissons, une toux, des expectorations purulentes et une douleur thoracique unilatérale. Le patient présente des râles crépitants à l’auscultation et une tachycardie > 100/min. La radio thoracique montre une opacité alvéolaire UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

1 - Quelles sont les principales étiologies des pneumonies communautaires ? • pathogènes donnant souvent une pneumopathie franche lobaire aigüe souvent limitées à un seul lobe : – Streptococcus pneumoniae +++ (= pneumocoque) (50%) – Haemophilus influenzae – S. aureus • pathogènes donnant souvent une pneumopathie interstitielle constituée d’opacités diffuses : – Dans ce cas, les étiologies virales prédominent. – bactéries de culture difficile dont: • Mycoplasma pneumoniae • Tableau mixte: – Legionella pneumophila (10%) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? Aucun bilan microbiologique si faibles critères de gravité But de la culture bactérienne: • • Identifier la ou les bactéries en cause parmi la flore Étude de la sensibilité de la bactérie isolée aux antibiotiques Type de prélèvement: • Variable selon l’importance clinique, le contexte (ambulatoire, intubation, immunodépression) • Transport rapide au laboratoire (germes fragiles et prolifération des bactéries commensales) • Avant toute antibiothérapie UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? A- Prélèvements respiratoires: • Examen Cytobactériologique des expectorations (ECBC): – Matin au réveil, rinçage bucco-dentaire, après effort de contaminé par toux si besoin aide d’un kiné la flore • Aspiration endo-trachéale (AT) (chez patient souvent oropharyngée intubé): – Aspiration des secrétions broncho-pulmonaires par sonde d’intubation • Prélèvement des sécrétions respiratoires basses – Prélèvement Distal Protégé (PDP) et Brossage (BDP) • Brosse de nylon placée à l’intérieur d’un double cathéter (sous fibroscopie) – Lavage Broncho-Alvéolaire (LBA) • Injection et ré-aspiration de sérum physiologique (100 à 200 ml) sous fibroscopie UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? prélèvement Mise en culture : dilutions appropriées dénombrement des bactéries Gélose au sang hémolysé ( « gélose chocolat » ) + vitamines Incubation à 37°C Examen microscopique: Cytologie: • bonne qualité du prélèvement (ECBC, AT) si : • <10 Cellules épithéliales/ champ • >25 Polynucléairesneutrophiles/champ • nombre de cellules, formule, % de cellules infectées (LBA) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Gram: présence de germes (description)

2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? Résultat des cultures (J 1), significatif si pathogène: techniques invasives non systématiques • ≥ 107 UFC/ml (ECBC) • ≥ 105 CFU/ml (Aspiration endo-trachéale) • ≥ 103 CFU/ml (Prélèvement Distal Protégé) • ≥ 104 CFU/ml (Lavage Broncho-Alvéolaire) Antibiogramme UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux J 2

2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? B- Autres prélèvements • Hémocultures si signes de gravité rarement positives (Positives dans 30% des pneumopathies à pneumocoques) • Recherche d’Antigène solubles (urines): Méthode immunochomatographique, Facile à réaliser et rapide – Pneumocoque Détecte les Ag polyosidiques du Pneumocoque. Très spécifique Sensibilité variable (Ag +: portage des < 3 ans, BPCO, excrétion prolongée après infection) – Legionella pneumophila sérogroupe 1: en cause dans > 90% des cas spécificité ++ • PCR multiplex (dans certains laboratoires): virus + Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia. pneumoniae UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

4 - Quelles sont les spécificités du pneumocoque ? producteur de pneumolysine: colonies α-hémolytiques (halot vert) Diplocoque à gram positif Genre Streptococcus, capsule polyosidique (autres streptocoques commensaux: optochine résistants) Résistance aux antibiotiques -Sensibilité naturelle à la pénicilline et aux céphalosporines. Depuis quelques années mutation des PLP : pneumocoque de sensibilité diminuée à la pénicilline (PSDP), variable en fonction de l’âge (60% chez l’enfant) Détection par disque d’oxacilline et/ou CMI à la penicilline. G, amoxicilline et cefotaxime. Traitement par Amoxicilline 3 g/j Très nombreux sérotypes différents (vaccination) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Diagnostic bactériologique d’une pneumopathie à Mycoplasme pneumoniae • Mycoplasme pneumoniae (bactéries sans paroi) – Adhésion aux cellules respiratoires – Culture longue et difficile • Diagnostic microbiologique: – Sérologie : Ig. G, Ig. M (séroconversion) – PCR à partir de prélèvement nasopharyngé ou respiratoire • Résistance naturelles aux bétalactamines • Antibiotiques actifs sont ceux avec bonne pénétration cellulaire cyclines, macrolides, fluoroquinolones UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux :

Diagnostic microbiologique d’une legionellose (Legionella pneumophila) • • • bacilles à Gram négatif, origine hydrotellurique Contamination par aérosols d’eau contaminée Diagnostic: – Recherche d’antigène urinaire • Legionella pneumophila sérogroupe 1: en cause dans > 90% des cas – Culture de prélèvement respiratoire sur milieu spécialisé – Croissance lente (3 à 10 jours) • Déclaration obligatoire (Enquête épidémiologique) • • Résistance naturelle aux bétalactamines Traitement: macrolides ou fluoroquinolones (bonne pénetration intracellulaire) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Aspect en verre fritté Préciser sur la feuille de demande la recherche de Legionella +++

Démarche de prise en charge globale d’une pneumonie Le diagnostic repose d’abord sur la clinique et l’imagerie! • Place du diagnostic microbiologique variable: – PAC sans hospitalisation: pas de prélèvement – Pneumonie avec hospitalisation: hémocultures + plts respiratoires +/- Ag urinaires Legionella +/-Ag pneumo Traitement : • Fonction de la sévérité, du terrain, de la bactérie… • Principes de base: – Antibiothérapie probabiliste instaurée rapidement – Réévaluation à 48 h – Adaptation de l’antibiothérapie à la bactérie retrouvée et antibiogramme UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

La coqueluche • Bactérie responsable : Bordetella pertussis ou accessoirement parapertussis • Très contagieuse • Infection bactérienne localisée à l’arbre bronchique – Incubation 2 -3 semaines – toux persistante de plus de 7 jours par quinte ( « champ du coq » ) – peut être sévère chez nourrisson, femmes enceintes, sujets agés (surinfections pulmonaires) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

La coqueluche: physiopathologie 1. Colonisation du tractus bronchique par des adhésines 2. Production de toxines éliminations des cellules ciliées accumulation de mucus et réaction inflammatoire UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

La coqueluche • Diagnostic clinique +++ • Confirmation diagnostique: partir d’une aspiration ou écouvillonage nasopharyngé – 1ère semaine de toux: culture (difficile, milieux spécifiques): cocco-BGN – dans les trois premières semaines de toux PCR – Sérologie : 3 semaines après la toux • Traitement: macrolides • Prévention: – Vaccination des enfants et adultes non vaccinés – Rappel tous les 10 ans UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Evaluez-vous Un homme de 70 ans, éthylo-tabagique, vous consulte pour une fièvre à 39°C d’apparition brutale associée à des frissons, une toux, des expectorations purulentes et une douleur thoracique unilatérale. Le patient présente des râles crépitants à l’auscultation et une tachycardie > 100/min. La radio thoracique montre une opacité alvéolaire • Quel diagnostic doit-on évoquer ? – Pneumopathie à Pneumocoque • Comment prouver cette hypothèse ? – ECBC , Antigénurie pneumocoque • Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? – Legionella pneumophila , Haemophilus influenzae • Quel traitement mettez-vous en place si votre hypothèse diagnostique se confirme Amoxicilline 3 g/j UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Diagnostic microbiologique d’une pneumopathie Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6 mois, • consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde l’état général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois • Radio de thorax = présence d’une opacité dans l’apex gauche mal systématisée UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

1) Quel diagnostic évoquez-vous ? • Votre suspicion de tuberculose est forte devant : • Terrain : – homme jeune, étranger (pays à forte endémie) – conditions socio-économiques difficiles • Clinique : – – – la fièvre prolongée sueurs nocturnes amaigrissement symptomatologie pulmonaire toux +++ résistance aux antibiotiques classiques • Radiologie : opacité dans apex gauche UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Taux d’incidence de la tuberculose dans le monde WHO 2011 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Incidence, morbidité et mortalité liées à la tuberculose, France métropolitaine, 1972 -2010 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

2) Quel est la bactérie responsable de la tuberculose ? Ordre : Actinomycétales Genre Mycobacterium Leprae Bacille de Hansen Mycobactéries atypiques (environnement): – Mycobacterium avium (SIDA, hémopathies. . ) – Mycobacterium xenopi – Mycobacterium marinum (aquariophilie. . ). . . Mycobacterium complexe tuberculosis (Bacille de Koch) : • M. tuberculosis • M. africanum (patient africain) • M. bovis (bovidés) homme (aliments, lait cru ou contact) • M. bovis BCG (Bacille de Calmette et Guérin)= souche vaccinale atténuée non virulente UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

3) Comment le patient s’est infecté ? Vous décidez de l’hospitaliser quelles mesures prenez-vous ? Transmission de la tuberculose est inter-humaine. goutelettes tuberculose pulmonaire = seule forme contagieuse Lésion de tuberculose pulmonaire . . . tuberculeux contact - Isolement respiratoire du patient - Chambre seule, porte fermée, pression négative - Port de masque FFP 2 obligatoire pour toute personne entrant dans la chambre UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

4) Quel est la physiopathologie de la maladie et le pouvoir pathogène de la bactérie? Virulence = Capacité de résister à la phagocytose et se multiplier dans les macrophages • Inhalation du bacille tuberculeux puis implantation dans l'alvéole pulmonaire phagocytose par macrophage transformation en cellule épithélioïde formation d’un granulome à cellules épithélioïdes centré par de la nécrose caséeuse = lésion primaire à partir de la lésion primaire : • soit guérit spontanément • soit s’étend avec nécrose tissulaire et formation d’une caverne = riche en bacille+++ Très contagieux Parfois, dissémination par les vaisseaux lymphatiques ou sanguins vers d’autres organes : rein, méninge, os (mal de pott) ganglion… UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Tuberculose infection et tuberculose-maladie Sujet Contact d’un tuberculeux Infection (virage IDR) 95% Infection latente Contamination aérienne 5% (dans les 2 ans) Maladie = 10% 5% (réactivation) Décès en l’absence de traitement UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

5) Quel(s) examen(s) demandez-vous pour étayer votre diagnostic étiologique? 1/ Diagnostic d ’une tuberculose pulmonaire ( 73% des formes cliniques en France) : JO Prélèvement classique : 3 crachats sensibilité +++ expectorations ! pas de salive le matin à jeun, après rinçage de la bouche après effort de toux +++ au moins 5 ml Attention si mal prélevé = faux négatif Autres : à faire si classique est négatif 3 tubages le matin, à jeun, dès le réveil si négatifs prélèvements invasifs : – prélèvement respiratoire sous fibroscopie (LBA et/ou AB) – Et 3 crachats post fibroscopie UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

5) Quel(s) examen(s) demandez-vous pour étayer votre diagnostic étiologique? Pour les tuberculoses Extra-pulmonaires (26% des cas de tuberculose en France): Recherche peut être effectuée selon localisation dans : -Liquides de ponction (LCR, liquide pleural, articulaire) -Biopsies : ganglion, osseuses, cutanés, -Moelle osseuse, Sang (immunodéprimé) - Urines (3 BK urines) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

5) Quelle est la place du laboratoire dans le diagnostic à J 0? Travail sous poste de sécurité microbiologique de niveau 3 pour la manipulation du bacille de la Tuberculose 1/ Examen microscopique - après coloration de Ziehl-Neelsen - ou coloration à l’auramine (fluorescence) Les prélèvements non stériles sont décontaminés pour éliminer la flore commensale. Recherche de BAAR Bacilles Acido-Alcoolo-Résistants peu sensible : positif seulement chez 50% des tuberculoses pulmonaires non spécifique de la tuberculose et + si: - complexe M. tuberculosis, Mycobactéries non tuberculeuses - Nocardia, Rhodococcus, Actinomycetes UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

5) Quelle est la place du laboratoire dans le diagnostic à J 0? • Paroi riche en acides mycoliques : non colorée par le GRAM • Résiste aux agents chimiques UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Présence de Bacilles Acido-Alcoolo Résistants (BAAR) dans une expectoration • Coloration à l’auramine Microscope à fluorescence x 100 • Coloration de Ziehl-Neelsen Microscope optique X 100 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Mise en culture des prélèvements croissance très lente, aérobie, milieux spécifiques, 37° C Milieux solides en tube : Milieu de Löwenstein-Jensen et Milieu de Coletsos culture + dès 3 semaines à 1 mois négatif en 3 mois Surveillance de la culture est non automatisée Milieux liquides : - MGIT (Mycobacterial Growth Indicator Tube) par exemple Surveillance de la culture est continue et automatisée - Les cultures sont rendues négatives au bout de 6 semaines -Les cultures peuvent être positives en 12 Jours en moyenne (cas des prélèvements positifs à l’examen direct) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

7) Quels résultats attendez-vous pour confirmer votre diagnostic ? Culture positive - Milieu solide + en 3 s à 1 mois : aspect rugueux des colonies : sèches, eugoniques - Milieu liquide + en 10 à 12 jours en moyenne Coloration de Ziehl Présence de BAAR Identification du M. tuberculosis complex par recherche d’antigène MPT 64 spécifique ou par PCR UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

8) Quels vont être les antibiotiques testés ? • Antibiotiques différents des antibactériens classiques • Une caverne contient environ 108 bacilles et environ 102 à 103 germes sont d’emblée résistants à un antibiotique • il existe des mutants R naturels au sein de la population • l’antibiotique ne tuera pas toute la population, il faut donc au moins 2, 3 voire 4 ATB pour tuer tous les bacilles et éviter l’apparition de résistance secondaire Un antibiotique sera considéré comme efficace lorsqu'il laisse le plus faibles taux de mutants préexistants d’emblée. 5 antituberculeux majeurs testés (*= utilisés en pratique clinique): isoniazide* Rifampicine* Control Sm. Rif Inh. Emb Ethambutol* Pyrazinamide* streptomycine UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Détection moléculaire de la résistance aux anti- tuberculeux chez les mycobactéries du complexe tuberculosis PCR hybridation • Détection de la résistance à 2 antituberculeux majeurs: – Rifampicine (mutation dans le gène rpo. B) – Isoniazide (mutation gènes kat. G et inh. A) D. Hilleman et al. , J Clin Microbiol, 2005. UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

9) Quel sera le traitement et le suivi ? Déclaration obligatoire Isolement : malade contagieux Précautions : Masque FFP 2 ( pour les soignants, visiteurs) Masque chirurgical anti-projection ( pour le patient lors de visites ou déplacements) - Traitement classique de la tuberculose maladie : isoniazide + rifampicine + éthambutol + pyrazinamide Quadrithérapie antituberculeuse 2 mois relais 4 mois bithérapie - Suivi : contrôle 3 BK crachats 3 semaines après la mise sous traitement antituberculeux si - levée de isolement. UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Evaluez vous (1) Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6 mois, • consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde l’état général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois • Radio de thorax = présence d’une opacité dans l’apex gauche mal systématisée • Quel diagnostic évoquez vous en priorité ? – Tuberculose pumonaire : origine africaine, conditions socio-économiques modestes, AEG • Comment le confirmer ? – mise en évidence de BAAR à l’examen direct des expectorations en coloration de Ziehl-Nielsen ou Auramine , identifié comme étant Mycobacterium tuberculosis en culture – Ou uniquement culture positive à M. tuberculosis ( avec un examen direct négatif) : fréquent UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Evaluez vous (2) Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6 mois, • consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde l’état général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois • Radio de thorax = présence d’une opacité dans l’apex gauche mal systématisée • Vous décidez d’hospitaliser votre patient, quelles mesures prénez vous ? Quand pouvez-vous lever ces mesures? – Isolement en chambre seule, masque de type FFP 2 pour toute personne entrant dans la pièce – Durée mal codifiée, classiquement 2/3 semaines de traitement efficace si patient bacillifère initialement (expectorations de contrôle). – Déclaration obligatoire • Quel traitement débutez-vous? – INH+RIF+ ETH+ PZA 2 mois puis INH + RIF 4 mois suivants UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Le 04 décembre, un patient de 35 ans est hospitalisé pour une fièvre d’apparition brutale, toux, dyspnée, les symptômes ayant débuté 48 heures auparavant. L’état du patient est jugé sévère indiquant une admission en réanimation médicale pour pneumopathie. • Quel diagnostic doit-on évoquer ? • Comment prouver cette hypothèse ? • Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Un nourrisson de 7 mois atteint de bronchiolite est hospitalisé en urgence le 26 décembre 2007 dans un service de Pédiatrie. • Quelle est l’étiologie la plus fréquente des bronchiolites hivernales du nourrisson ? • Comment prouver cette hypothèse ? • Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Infections virales respiratoires A R N A D N Virus influenza Virus respiratoire syncytial (VRS) Virus parainfluenza (PIV) Metapneumovirus (h. MPV) Rhinovirus/Entérovirus/Paréchovirus Coronavirus Adénovirus Bocavirus humain Polyomavirus KI WU Rhinite Pharyngite/laryngite Trachéite Bronchite Pneumonie Mais aussi virus Herpesviridae (HSV 1, CMV, HHV-6, VZV) - Rougeole UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Associations Virus-symptômes Diagnostic étiologique “clinique” difficile Influenza, VRS, PIV, Adv, Entéro, h. MPV Rhinite Rhino, Corona Pharyngite Rhino, Adv, VRS, Influenza A et B Epstein-Barr virus Laryngite PIV Influenza, VRS, Adv, Bronchite Rhino, VRS, PIV Influenza, VRS, Adv, h. MPV, Corona Bronchiolite VRS, h. MPV Influenza, Adv, Rhino, Corona, Entéro Pneumonie Influenza, Adv PIV, VRS, h. MPV Syndrome grippal Influenza Tous Etiologie et symptomatologie variables également en fonction de Ø Epidémiologie (saison, région) Ø Population (enfant, adulte) Ø Co-morbidité (maladie respiratoire (asthme, BPCO) – Immunodépression) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Symptomatologie grippe • • Fièvre > 38°C Début brutal Asthénie Myalgies Frissons Céphalées Toux • Rhinite > 80 % 60 - 80 40 - 60 < 20 • Expectoration • Pharyngite • Otite • Troubles digestifs Syndrome grippal = grippe ou autres virus Grippe sans syndrme grippal possible UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Surveillance épdidémiologique • Réseau Sentinelles http: //websenti. u 707. jussieu. fr/sentiweb/ – Surveillance clinique • Fièvre brutale > 39°C, myalgies, signes respiratoires – 1300 médecins généralistes libéraux volontaires • Réseau GROG – Groupes Régionaux d’Observation de la Grippe http: //www. grog. org/ – Surveillance virologique – Prélèvements (écouvillon nasopharyngé) et tests de détection unitaire (immunochromatographie) par des médecins généralistes et pédiatres UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Réseau Sentinelles Syndromes grippaux Nb de cas / 100 000 habitants Semaine 01 2013 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

GROG – France Métropole Analyse régionale Semaine 01 2013 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Indications diagnostiques Infection respiratoire communautaire bégnine = pas de diagnostic virologique Formes graves ou chez les personnes à risque Ø Grippe (recommandations du COREB) Groupement de coordination de la gestion du risque épidémiologique et biologique http: //www. infectiologie. com/site/medias/alertes/grippe/COREB-Grippe-urgences-15122010. pdf Ø Bronchiolite à VRS du nourrisson Ø Pneumonies virales de l’immunodéprimé Ø Adapter le traitement anti-infectieux Ø Mise en œuvre de mesures d’isolement UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Méthodes de prélèvement Virus = parasite intra-cellulaire • Sécrétions nasales Lieu de réplication initiale des virus respiratoires –Aspiration nasopharyngée (+/- lavage ) • Plus difficile chez l’adulte (moins de sécrétions – charges virales plus faibles) –Ecouvillonnage nasopharyngé • + simple à réaliser que l’aspiration mais recueil d’une quantité de cellules plus faible –Qualité du prélèvement +++ formation du personnel aux pvts Eventuellement • Sécrétions trachéobronchqiues • Lavage bronchoalvéolaire Prélèvements non recommandés – Expectorations – Crachats – Ecouvillonage buccal ou pharyngé UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Méthodes de prélèvement Aspiration nasopharyngée Ø Prélèvement riche en cellules Ø Mise en œuvre +/- difficile Ø Difficultés extraction des acides nucléiques Ø Prétraitement / Protéinase délai Ø Tractus respiratoire supérieur UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Méthodes de prélèvement Ecouvillonnage nasopharyngé Qualité du pvt – Virus intracellulaire ØMise en œuvre facile et rapide - possible au cabinet médical ØExtraction des acides nucléiques + facile ØTractus respiratoire supérieur ØSensibilité / aspiration nasopharyngée ? Qualité du pvt +++ ØEcouvillon spécifique ++++ (nylon floqué) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

UE: Agents infectieux – Jérôme Hygiène – Aspects généraux Le Goff

Diagnostic virologique Examens u. Techniques u Biologie moléculaire u. Cultures u rapides cellulaires ? Sérologie UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Tests rapides unitaires Immunochromatographie ts a t sul 5 1 ~ n i m Ré Grippe A/B VRS MSensibilité variable en fonction des tests MAttention aux nouveaux variants MMoins sensible que la biologie moléculaire MAutres virus ? UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Tests rapides Immunofluorescence Ré su lt ats < 3 H Ac monoclonaux virus respiratoires « usuels » Influenza A Influenza B Para-influenza 1 -3 Adénovirus VRS Métapneumovirus ± Rougeole UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Biologie moléculaire • PCR temps réel ciblée ou duplex - Influenza A/B, VRS, Parainfluenza, Adénovirus, h. MPV, Rhinovirus/ Entérovirus, Coronavirus, Bocavirus - HSV, VZV, CMV, EBV, HHV 6 (LBA – Idpé) - Rougeole • PCR multiplex 20 pathogènes en 1 ou 2 réactions – Délai technique 1 H 30 – 9 H – Développement de systèmes totalement intégrés – (extraction, amplification, détection, interprétation) – Coût des techniques multiplex 30 300 euros UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Diagnostic intégré Genexpert – Diagnostic de la grippe Echantillon Réactifs Extraction + Amplification = 1 H 15 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Diagnostic intégré Biofire Film. Array – Diagnostic tous virus respiratoires RT-PCR multiplex unitaire permettant la détection simultanée de 18 virus et de 3 bactéries Résultats en 75 minutes UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Evaluez-vous Quels sont les examens virologiques utiles au diagnostic de la grippe humaine saisonnière? A. Sérologie B. Western-blot C. Test rapide par immunofluorescence, sur aspiration naso-pharyngée D. Test rapide sur bandelette, sur aspiration nasopharyngée E. PCR ciblée sur le gène de la neuraminidase, sur aspiration naso-pharyngée UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Evaluez-vous Quel prélèvement permet le diagnostic virologique d'une bronchiolite du nourrisson ? A. B. C. D. E. Prélèvement nasopharyngé Prélèvement sanguin Prélèvement d'urine Prélèvement de selles Prélèvement de LCR UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Le 04 décembre, un patient de 35 ans est hospitalisé pour une fièvre d’apparition brutale, toux, dyspnée, les symptômes ayant débuté 48 heures auparavant. L’état du patient est jugé sévère indiquant une admission en réanimation médicale pour pneumopathie. • Quel diagnostic doit-on évoquer ? – Grippe (Influenza) • Comment prouver cette hypothèse ? – Aspi Nasopharyngée – Ecouvillon endonasal – IF - PCR • Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? – Autres virus respiratoires – infection bactérienne UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Un nourrisson de 7 mois atteint de bronchiolite est hospitalisé en urgence le 26 décembre 2007 dans un service de Pédiatrie. • Quelle est l’étiologie la plus fréquente des bronchiolites hivernales du nourrisson ? – VRS • Comment prouver cette hypothèse ? – Aspi Nasopharyngée – IF - PCR • Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? – Autres virus h. MPV, Rhino UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux