Junk DNA Nichtproteinogene DNA Josef Riedl 06 2004

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA gilt für 2% der menschlichen DNA Rest — ? Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Einführung Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Einführung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Codierende DNA: Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Mensch Mais 2% 1% A. thaliana 70% Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Einführung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Rest: Junk DNA Unnötige DNA ohne erkennbare Bedeutung Nicht-proteincodierende DNA ENCODE; RNome; Transkriptionseinheit Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Ist Junk-DNA überflüssig? Woher kommt Junk-DNA? Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Was beinhaltet Junk-DNA? Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons Indizien: • Fehlende Korrelation: LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen DNA-Menge Entwicklungsstufe Zahl der Gene • Ungewollte Anhäufung Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Mechanismen: • • Genduplikation Stillegung von Genkopien Transposons Retroviren • Mangelnde Selektion Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Neue Überlegung: • 98% überflüssig? Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen • Regulatoren und andere Elemente jenseits der Genebene? • Komplexität / Genanzahl? Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung • „Schätze in Junk-DNA“ • Neue Erkenntnisse (und Spekulation) in verschiedenen Richtungen Referenzen • Keine allgemeine Methode Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Aktive RNA Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Aktive RNA Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Ribozyme Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung - katalytisch aktiv - analoge Erkennung (wie Proteine) Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Aktive RNA Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Aktive RNA Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Aktive RNA Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Antisense-RNA Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung - regulatorisch aktiv - digitale Erkennung (Komplementärsequenz) Referenzen - wirkt allein, simpler Mechanismus Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Aktive RNA Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Blockierung der m. RNA durch Hybridisierung — Antisense-RNA Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Aktive RNA Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Mikro-RNA und RNAi Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung - regulatorisch aktiv - digitale Erkennung (Komplementärsequenz) Referenzen - komplexe Maschinerie Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Aktive RNA Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen mikro. RNA-Sequenzen im Intron (oder anderswo); hairpin nach der Transkription Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Aktive RNA Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Freisetzen durch Splicing Spaltung durch Dicer: aktive Fragmente (RNAi) Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Aktive RNA Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Erkennen der m. RNA: Hybridisierung Abbau durch Enzymkomplex — Andere Funktionen? Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Aktive RNA Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer - regulatorisch und katalytisch aktiv Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen - analoge Erkennung (niedermolekulare Substanzen) Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Aktive RNA Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen RNA beinhaltet: - Riboswitch-Abschnitt - proteincodierenden Abschnitt Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Aktive RNA Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen RNA-Struktur verhindert Ablesen Aufhebung durch Signalstoffe Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Aktive RNA: Bewertung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Bewertung - Schätzung Maus: 70000 Einheiten vs. 30000 Gene - Pseudogene Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Erforschung - Zufallsmutagenese (z. B. Maus) Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Volumenfunktion Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Volumenfunktion Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Keine Korrelation: DNA-Menge – Genzahl Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Korrelation: DNA-Menge – Kernvolumen DNA-Menge – Zellvolumen (Th. Cavalier-Smith) Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Volumenfunktion Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Untersuchungsobjekt: Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Cryptomonaden Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Volumenfunktion Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Biflagellat Rotalge Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Endosymbiose Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Volumenfunktion Erklärungsansätze Chimäre Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Cryptomonaden Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Nucleus: reguliert Zellvolumen Nucleomorph: abhängig Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Volumenfunktion Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Unabhängige Entwicklung: • Nucleus: DNA-Gehalt ~ Zellvolumen Evolutive Vergrösserung • Nucleomorph: DNA-Gehalt unabhängig Evolutive Reduzierung Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Volumenfunktion Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Schlussfolgerung: Selektion gegen und für DNAAnsammlung ist möglich! Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Für „Junk-DNA“ muss es einen evolutiven Grund geben! Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Volumenfunktion Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Erklärung: Größere Zelle => mehr Proteine Mehr Proteine => mehr. Ablesen Mehr Ablesen => mehr Enzyme Mehr Enzyme => mehr Platzbedarf Mehr Platzbedarf => Volumenschaffende sekundäre DNA Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Volumenfunktion: Bewertung Wichtigste Erkenntnis: Selektion gegen/für Junk-DNA Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Transposons Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Transposons Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer • „springende“ Genelemente • Mechanismus: Transposase Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung • teilweise ± stillgelegt Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Transposons Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion • erzeugen „Narben“ beim Ausschneiden Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion • erzeugen teilweise Kopien Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen • können Gene durch Disruption zerstören Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Transposons Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Transposons und Junk-DNA: Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Direkt: Transposons erzeugen wertlose Bereiche durch Disruption und Selbstvervielfältigung Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Transposons Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Transposons und Junk-DNA: Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Indirekt: Transposonaktivität macht Mehrfachkopien von Genen notwendig und sinnvoll Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Transposons: Bewertung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches • eindeutig nachgewiesen Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer • fehlende Selektion—? Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Long-Range Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Long-Range Enhancer Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Experimenteller Ansatz: Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Scanning Human Gene Deserts Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Beispiel: DACH (u. a. Gehirnentwicklung) Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Long-Range Enhancer Erklärungsansätze Introns Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer 870 kb Strukturfunktion DACH 430 kb 1330 kb Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org wenige Regulationselemente

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Long-Range Enhancer Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Vergleich mit anderen Spezies: 1098 nicht-codierende Sequenzen konserviert in Maus und Mensch (Kriterium: > 100 bp, > 70%) Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Long-Range Enhancer Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Vergleich mit anderen Spezies: 32 nicht-codierende Sequenzen konserviert in Maus, Mensch, Frosch, Zebrafisch, Fugu entspricht 1 Mrd. Jahre Evolution Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Long-Range Enhancer Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Auswahl 9 konservierte Sequenzen (aus Introns und den beiden flankierenden „Genwüsten“) Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Long-Range Enhancer Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Testverfahren: Enhancer? ? Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen ? Schlussbetrachtung b-Galactosidase Referenzen Minimal-Promoter (aus Hsp 68) Expression in transgenen Mäusen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Long-Range Enhancer Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Ergebnis 7 konservierte Sequenzen wirken als Enhancer Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Long-Range Enhancer Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Ergebnis 7 konservierte Sequenzen wirken als Enhancer Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Long-Range Enhancer: Bewertung • Nicht-codierende DNA ist konserviert Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen • Regulationsbereichen von Genen deutlich größer als angenommen! Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Strukturfunktion Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches DNA in Chromosomen: Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer • Telomere Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung • Centromere Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Strukturfunktion Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches DNA in Kernen: Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer • Euchromatin Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung • Heterochromatin Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Strukturfunktion Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches DNA bei der Zellteilung: Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer • Chromosomenverteilung Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion: Bewertung • Sequenzabschnitte für Bindung und Erkennung durch Proteine? Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen • Ausmaß schwer einzuschätzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Andere offene Fragen Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion • Epigenetische Ebene Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung • Einfluss der chromosomalen Struktur Referenzen Variationen zwischen Zellen! Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Andere offene Fragen Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Spekulationen: z. B. Unterschied Affe / Mensch? Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen • 98% der Gene (!) identisch Schlussbetrachtung Referenzen • Rolle der Junk-DNA. . . ? Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Andere offene Fragen Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Aber: Volumenfunktion Transposons LR-Enhancer • 98% des Genoms identisch Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen • Gene bereits identifiziert Junk-DNA ist nicht Lösung aller Probleme! Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Schlussbetrachtung Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion Keine eindeutige Antwort Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung . . . aber: Neue Sichtweise über Gene hinaus! Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Enhancer Modifikation Struktur Ribozyme Volumenfunktion Antisense RNAi Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org Translation Riboswitches

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Ende Vielen Dank für Ihre Aufmerksamkeit! Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA Einführung Fragestellung Referenzen (Auswahl) Erklärungsansätze Aktive RNA: Ribozyme Digitale Erkennung Riboswitches Volumenfunktion • Allgemein: Preziosen im DNA-Schrott, Spektrum der Wissenschaft 02/2004, 68 • RNA: An Expanding Universe of Noncoding RNAs, Science 296 (2002), 1260 • Volumenfunktion: Eukaryotic non-coding DNA is functional (. . . ), Proc. R. Soc. Lond. B. 266, 2053 • LR-Enhancer: Scanning Human Gene Deserts (. . . ), Science 302 (2003), 413 • http: //josef. riedl. org/junk-dna. pdf Transposons LR-Enhancer Strukturfunktion Andere offene Fragen Schlussbetrachtung Referenzen Josef Riedl 06 / 2004 — http: //josef. riedl. org