LA MICROBIOLOGIE Microbiologie Dfinitions Inoculation Microorganismes ou Microbes

LA MICROBIOLOGIE

Microbiologie Définitions Inoculation Micro-organismes ou Microbes Contamination Colonisation

Définition : Études êtres vivant extrêmement petits et non visibles à l’œil nu. Les structures qui accueillent des personnes saines ou malades, infectées ou non porteuses asymptomatiques ou non; on y trouve donc une grande concentration de microbes qui constituent une flore nommée « flore microbienne hospitalière » . • Micro-organismes ou microbes: est un organisme vivant microscopique , c'est-à-dire qu'il est généralement invisible à l'œil et ne peut être observé qu'à l'aide d'un microscope.

• Micro-organismes commensaux : résidents habituels de la peau et des muqueuses des animaux et des êtres humains = flore humaine. • Micro-organismes saprophytes : résidents habituels de l’environnement (terre, eau) se nourrissent de la matière organique en décomposition = flore environnementale.

• Contamination: processus entraînant la présence( transitoire) de micro-organismes(MO)pathogènes ou potentiellement nocifs, sur le matériel ou la personne. • Inoculation: introduction de MO susceptibles de se multiplier dans les tissus (notion microbiologique et non clinique) • Colonisation: multiplication localisée de MO pouvant dériver d’une contamination ou d’une inoculation, sans réaction tissulaire et devient partie de la flore du sujet.

Utile Commensale FLORE Saprophyte Pathogène

• Flore: désigne l’ensembles des microorganismes présent sur un site donné. C’est le regroupement de populations bactériennes selon leur mode de vie. Flore utile: utilisée par l’homme. Exemple: les bactéries servant à la fermentation du lait… • Flore commensale: Il existe une flore particulière non pathogène au niveau des téguments, nez, pharynx , cavité buccale etc… Elle joue un rôle de barrière contre les autres M-O et vit en contact étroit avec l’homme sans lui nuire.

• Flore saprophyte: c’est une flore qui vit dans l’environnement ou à la surface de la peau, elle est habituellement non pathogène. • Flore pathogène, responsable de maladies: elle est présente partout dans l’environnement(mains, surfaces, matériel. . )

Non Pathogène Flore Transitoire Pathogène Flore Résidente

INFECTION Votre texte ici

Définition • Infection: Pénétration dans ou sur un individu de MO capable de s’y multiplier Classification des microorganismes

LES PROTOZOAIRES

• Ce sont des microbes du monde animal. Leur organisme est unicellulaire, ce sont des cellules dont la taille est importante par rapport aux autres microbes. • La plupart des espèces vivent dans un milieu aquatique : océan, lac, rivière, étang… • Ils se nourrissent en ingérant des bactéries, ils sont pour la plupart mobiles grâce à des prolongements (flagelles). • Leur reproduction se fait par division de leur organisme en deux cellules grossièrement identiques. • EX: La pneumocystose infection pulmonaire très rare dont le responsable est un protozoaire appelé Pneumocystis Carinii

LES CHAMPIGNONS LEVURES LES MOISISSURES

• les deux sont des champignons mais levures unicellulaires et les moisissures sont des champignons filamenteux et provoquent des altérations des aliments • Candida est un genre de levures (dont la plus importante espèce est Candida albicans) • Il est parfaitement toléré par l'homme sain dans la bouche, sur la peau, dans le système digestif et dans la flore vaginale. Il devient pathogène et provoque parfois des mycoses (candidose) chez les humains quand l'organisme est affaibli.

LES BACTERIES

• Ce sont des microbes du règne végétal. • Les bactéries peuvent vivre partout (air, eau, sol, surfaces diverses , peau…. ) • Le plus grand réservoir est l’humain (peau, les muqueuses. . ) Structure: -Être unicellulaire de petite taille, ordre d’un micron. Métabolisme- croissance: - division par scissiparité - Temps de génération 20 minutes dans des conditions favorable (en quelques heures on passe d’une bactérie à plusieurs millions)

Classification selon les formes

LES VIRUS

- Ce sont des micro-organismes incapables de se multiplier en dehors d’une cellule vivante. - Le virus n’est pas un organisme vivant c’est une particule biologique complexe, infectante et dépourvue de vie. En effet, dès qu’il y a une cellule il y a vie, or le virus n’a pas de noyau, il n’est pas une cellule. - Les virus exercent leurs pouvoirs infectant dans l’organisme, il peut même le détruite. Le virus est 20 à 30 fois plus petit qu’une bactérie, c’est une information, un message pirate, un poison composé de particules, il parasite la cellule.

• L’information, appelée aussi génome, est dans une petite boite = la capside, de forme hexagonale. • Ce génome est un morceau d’acide nucléique soit ADN ou ARN il peut être véhiculé par l’air, se pose sur une cellule, si la cellule l’aspire, le virus est donc libre dans la cellule. Puis la cellule ouvre la boite et reçoit le message du virus et se retrouve dès lors à sa merci, elle travaille pour le virus.

Mode de vie des Microbes La respiration

Classification selon leur besoin ou non en oxygène Aérobie 0²

Anaérobie • 0²

. La nutrition • Les microbes se nourrissent aux dépens du milieu dans lequel ils vivent. • Les microbes saprophytes : sont non nuisibles pour l’organisme, ils se nourrissent de matières organiques, animales ou végétales en décomposition. • Par exemple les Escherichia Coli forment entre autres notre flore digestive. • Les microbes parasites : se nourrissent aux dépens d’organismes vivants, animaux, végétaux. • Lorsque le microbe parasite cause une maladie, on l’appelle microbe pathogène.

Remarque : • Un individu peut être porteur de nombreux parasites qui ne deviendront pathogènes qu’à la faveur de certaines circonstances ou en passant sur un autre individu. • Porteur sain : c’est un individu infecté par un microorganisme pathogène qui ne présente pas de signes.

Conditions de vie.

• Lorsque les conditions de vie sont défavorables, certains microbes ont la faculté de s’y adapter. C’est la sporulation, le microbe réduit sa taille, s’enveloppe d’une coque protectrice (spore) et vit au ralenti (hibernation). Il reprend son activité normale dès que les conditions de vie redeviennent favorables. Ce phénomène permet à certaines espèces de survivre très longtemps. • Ce phénomène n’existe pas dans le monde des virus, car il leur faut un hôte vivant pour exister.

• Parmi les bactéries, certaines ont des parois épaisses, les Gram+, ils sont plus résistants, ils prennent une coloration violette ex : les staphylocoques • Alors que les Gram- sont sensible à la dessiccation et prolifèrent plutôt dans les endroits humides, ils prennent une coloration rose, ex : les pyocyaniques.

Influence des agents extérieurs sur la vie des microbes : • La température : • Le froid ralentit ou arrête la multiplication des microbes. Soit le microbe sporule (hiberne), soit le microbe en meurt. • La chaleur sèche détruit les microbes lorsqu’elle est suffisamment élevée, exemple la stérilisation, ou brûlure d’une aiguille pour retirer une écharde. • La chaleur humide modérée favorise le développement des microbes • La chaleur très élevée et humide par stérilisation en autoclave (sujet d’un autre cours)

• La fermentation alcoolique, favorise le développement des microorganismes, son agent est la levure de bière, elle est la base de la fabrication de boissons fermentées, du pain, de certaines pâtisseries. • La fermentation acétique, (vin - aigre) le vinaigre est un liquide acide obtenu grâce à l’oxydation de l’éthanol dans le vin, cidre et bière. • La fermentation lactique, son agent est le bacille lactique, cette fermentation est à la base de l’industrie des yaourts, elle est aussi utilisée pour la maturation du beurre, mais aussi de la choucroute

• La fermentation antibiotique, découverte par Alexandre Fleming en 1929. De nombreuses moisissures sécrètent en fermentant des substances à activité antibactérienne. Exemple à partir du pénicillium notatum la pénicilline. La nature utilise cette propriété depuis longtemps, dans notre organisme en produisant des fermentations utiles. • La fermentation digestive dont l’agent est le colibacille, est normalement présent dans l’intestin, il devient pathogène lorsqu’il migre dans d’autres organes (ex. la vessie).

L’air • De nombreux microbes sont aérobies. On conservera donc plus longtemps les aliments à l’abri de l’air.

La lumière • Le soleil a une action microbicide importante, grâce aux ultraviolets. • Les rayons ultraviolets utilisés par exemple dans les sas stériles des salles d’opérations • Les rayons X détruisent aussi les microbes.

L’eau • Certains microbes ont besoin d’un certain taux d’humidité. Sans humidité ils meurent. • Un taux d’humidité d’au moins 16% est nécessaire pour que les microbes se multiplient. • La dessiccation (dessèchement) et la lyophilisation (déshydratation à basse température) sont deux moyens de limiter la prolifération des microbes.

Agents chimiques • Certains détruisent les microbes : • - Les antiseptiques, certains produits alimentaires sont des antiseptiques naturels, le sel (salaison) l’alcool, le vinaigre…. • - Les antibiotiques détruisent ou arrêtent seulement leur activité.

La Reproduction • La plupart des microbes se reproduisent par simple division cellulaire. • Si le milieu et la température sont favorables, la reproduction est très rapide : un seul peut en donner des centaines de milles en quelques heures. Un microbe est adulte en 20 minutes et peut dès lors se diviser lui aussi etc.

Les Secrétions • Les microbes secrètent des substances très dangereuses qui sont des poisons pour l’organisme : les toxines • Par exemple les toxines sécrétées par les salmonelles sont responsables de toxiinfections alimentaires graves.

En résumé • Les conditions de vie favorables au développement de la plupart des microbes sont : • - une température douce • - de l’humidité • - et la présence d’air.

Cas particulier : La légionellose Historique • La légionellose a été décrite pour la première fois en 1976. • Lors d’un congres d’anciens légionnaires dans un hôtel de Philadelphie (USA), 224 congressistes sont tombes subitement malades, 34 sont décèdes. Tous présentaient les symptômes d’une infection pulmonaire. • A la suite de travaux américains sur cette épidémie, l’agent pathogène responsable fut isole et baptise Legionella pneumophila. 28/11/2020 Simone STEHLY formatrice IFAS Bischwiller

Les legionelles La legionelle est une bactérie flagellée en forme de bâtonnet. Milieu naturel • Les legionelles sont des bactéries aérobies • Elles sont naturellement présentes dans les eaux douces superficielles 28/11/2020 Simone STEHLY formatrice IFAS Bischwiller

Cas particulier : La légionellose Historique • La légionellose a été décrite pour la première fois en 1976. • Lors d’un congres d’anciens légionnaires dans un hôtel de Philadelphie (USA), 224 congressistes sont tombes subitement malades, 34 sont décèdes. Tous présentaient les symptômes d’une infection pulmonaire. • A la suite de travaux américains sur cette épidémie, l’agent pathogène responsable fut isole et baptise Legionella pneumophila. 28/11/2020 Simone STEHLY formatrice IFAS Bischwiller

Conditions favorables de développement dans les eaux artificielles • Les legionelles ont la capacité de coloniser et de se disséminer dans les eaux artificielles (réseaux d’eau chaude, circuit des tours aeroréfrigerantes par voie humide) si les conditions physico-chimiques leur sont favorables. 28/11/2020 Simone STEHLY formatrice IFAS Bischwiller

Température de l’eau • Ces bactéries peuvent survivre dans une large gamme de températures, mais leur développement est optimal dans des eaux dont la température est comprise entre 25 et 45°C 28/11/2020 Simone STEHLY formatrice IFAS Bischwiller

Durée de vie en fonction de la température en milieu expérimental : Température Durée de vie entre 5 et 24°C 35°C entre 45 et 50°C 1 an 2 mois quelques heures 55°C quelques minutes 60°C quelques secondes 28/11/2020 Simone STEHLY formatrice IFAS Bischwiller

Caractéristiques chimiques de l’eau • Les legionelles ont besoin, pour leur développement et leur multiplication, de conditions chimiques particulières : • une concentration suffisante en oxygène dissous • les dépôts de tartre : niches écologiques qui en outre peuvent limiter l’action des désinfectants • la corrosion des canalisations : la présence de fer et de zinc dissous semblent favoriser leur développement. • la présence d’un biofilm : il s’agit d’une couche fine, constituée d’éléments nutritifs et de micro-organismes, recouvrant les parois des canalisations, notamment au niveau des zones corrodées et entartrées. 28/11/2020 Simone STEHLY formatrice IFAS Bischwiller

Le mode de contamination Les legionelles infectent l’homme par la voie pulmonaire, suite a l’inhalation d’aérosols contamines (microgouttelettes d’eau). En France, la surveillance de la légionellose s’est intensifiée a partir de 1987, avec l’obligation, pour les médecins réalisent le diagnostic, de déclarer les cas au médecin inspecteur de santé publique de la DRASS. En 2006, 1443 cas de légionellose ont été déclares en France. 28/11/2020 Simone STEHLY formatrice IFAS Bischwiller