Genov exprese II Posttranslan osud protein Protein folding
- Slides: 36
Genová exprese II: Posttranslační osud proteinů Protein folding Protein sorting Protein processing (modifikace) Regulace proteinové aktivity Degradace, turnover
Genová exprese = syntéza funkčního proteinu podle sekvence DNA
Co zaručuje funkčnost proteinu? 1) správná konformace (folding) 2) asociace všech podjednotek (kvarterní struktura) 3) správná lokalizace v buňce (sorting) 4) posttranslační modifikace (irreverzibilní ) 5) vazba kofaktorů (koenzymy) 6) regulace aktivity (reverzibilní modifikace) Degradace proteinů: 1) Špatně složené, poškozené proteiny 2) Reakce na podněty (regulace) 3) Běžný obrat (turnover)
4. 1 Protein folding Interakce postranních řetězců AMK, disulfidické můstky (ER) Motivy (α helix, β list, smyčky) x domény Nesbalené proteiny: hydrofobní AMK na povrchu Probíhá i kotranslačně Chaperony (a chaperoniny) - asistující proteiny
Chaperony • Hsp 70 family (monomer) • Hsp 60 family (barel) Spotřeba ATP Hsp = heat shock protein
*Amyloidy (Priony) • • Špatně složené proteiny (nezničitelné) Uvádějí další proteiny do špatné konformace Bovine spongiform encephalopathy (BSE) Prusiner - NC 1997
4. 2 Protein sorting • Cílování do správného kompartmentu: A) Transmembránový transport (ER, mtch, plastidy, peroxizómy) B) Vesikulární transport (povrch, Golgi, lysozómy, sekrece) C) Gated transport (jádro) • Membránové proteiny (přes ER) • Signální sekvence
Zásadní rozcestí
První rozcestí: Translace Ribozómy: 1) volné (cca 50 %) 2) vázané (drsné ER) (cca 50 %) N koncová signální sekvence nascentního proteinu
4. 2. 1 Endoplazmatické retikulum • • • Kotranslační transport "Signal recognition particle" se váže na signální sekvenci Signál → SRP receptor → translokátor Translace se zastaví, dokud není komplex naveden na receptor Nascentní protein se protlačuje do lumen ER, odštěpení SS VIDEO
Membránové proteiny • Plasmatická membrána = kotevní + stop transfer sekvence • Membrána ER, Golgi, lysozómů, endosomů VIDEO
Sekreční dráha (Váčky) Směry: ER → Golgi → Lysozómy Golgi → Plasmatická membrána (sekrece) Golgi → ER (retrográdní dráha) Plasmatická membrána → Endozóm (Endocytóza) Váčky: plášťový protein, vesicle a target SNARE, další enzymy COPI, COPII, clathrin, calveolin VIDEO
VIDEO • • • Clathrinové váčky Receptorové proteiny Clathrinový obal: triskelion Dynamin - odškrcení SNARE (soluble NSF attachment receptor), t-S. , v-S. Rab pomáhá fúzi (GTP) NSF - protein rozplétá SNARE komplexy (ATP) VIDEO
Retence v ER • C koncová sekvence: KDEL (lys, asp, glu, leu) • Návrat do ER z Golgi • KDEL - receptor - návrat (retrográdní dráha) • Role p. H
Sekrece • Opačný proces než endocytóza (fúze membrán) 1) Konstitutivní x 2) Regulovaná (signálem řízená) Transcytóza (endo + exocytóza, polarizované buňky) Ig. G (mateřské mléko)
Lysozómy • Golgi → Lysozóm (Clathrinové váčky) • Fosforylace manózy (man-6 -P), receptor, transport, disociace • Hydrolytické enzymy
Endocytóza • Pohlcování látek z vnějšího prostředí • Clathrinové (a calveolinové) váčky • Receptor - Clathrin - Odškrcení váčku • Early endosome late endosome (p. H 5) →lysozóm • Uvolní se kargo, regenerace receptoru • Častý vstup virů do buňky Savci: VIDEO Souvislosti: Transport látek přes membrány
4. 2. 2 Mitochondrie a chloroplasty • • • Přestože se jedná o SAO, většina proteinů kódovaná v jádře Připomíná transport do ER, ale posttranslačně N koncová signální sekvence Transport přes translokátorové komplexy Další signály rozhodující o sublokalizaci Protein je nesložený
Mitochondrie Klasická dráha: • Rozpoznání signálu • Receptor, TIM a TOM komplexy • Matrix: Odštěpení SS, folding Energie: ATP (Hsp 70), protonový gradient VIDEO
Mitochondrie II • Sublokalizace: • 2 cesty do membrány • Intermembránový prostor
Plastidy • Analogicky k mitochondriím • Navíc subkompartment (lumen thylakoidů) - 2 SS
Peroxizómy C koncová sekvence (SKL) (i internální sekvence) Protein v nativním stavu Klasický postup: signál - s. receptor - m. receptor - transport
4. 2. 3 Jádro • Jaderný pór: importní/exportní receptor (gated) do 5 k. Da - volná difuze 17 k. Da - malá překážka od 60 k. Da - nemohou projít
Jádro II Ran - regulace (Ran-GTP v jádře, Ran-GDP v cytosolu) Importin (importní receptor) (import proteinů) Exportin (exportní receptor) (export m. RNA, ribozómů, proteinů)
4. 3 Protein processing A) B) C) D) Chemické modifikace (připojování skupin) Tvorba disulfidických (cysteinových) můstků Proteolytický sestřih (štěpení) Membránové kotvy (GPI, farnesylace, myristylace) Úpravy přímo ovlivňují: konformaci (folding), chemické a fyzikální vlastnosti Biologická role: katalytická aktivita, molekulární interakce, lokalizace
Chemické modifikace Irreverzibilní (maturace) x Reverzibilní (regulace) 1) 2) 3) 4) 5) 6) 7) 8) Glykosylace (Asn, Thr, Ser) Tvorba disulfidických můstků Acetylace (N konec) Methylace (His) Fosforylace (Tyr, Ser, Thr, His) Karboxylace (Glu, Asp) Hydroxylace (Pro, His) Alkylace Souvislosti: Proteinové regulace
Glykosylace (cukerné řetězce) Glykosyl transferázy, membránové proteiny (povrch) O-glykosylace (Thr, Ser) - Golgi (méně známá): oligosacharidy, připojování monosacharidů N-glykosylace (Asn) - ER (kotranslačně) + Golgi: větší řetězce, připojování větších jednotek N-G: pouze eukaryota
Disulfidické můstky • • Vazba S-S cysteinů na různých místech řetězce Probíhá pouze v ER (vhodné redoxní prostředí) + bakterie PDI (protein disulfid izomeráza): korekce S-S můstků Redukční prostředí - rozpad S-S
Membránové kotvy • GPI (Glykosyl fosfatidyl inositolová) kotva (C konec) • Kotvení v membráně (směr do lumen ER, tj. ven z buňky) x hydrofóbní ocásky kotvící protein směřující do cytosolu Cytosol: Myristylace Farnesylace Palmitylace
Sestřih proteinu • Štěpení peptidového řetězce • Proteázy (trypsin) • Bakterie a nižší E. : autokatalytické štěpení
4. 4 Regulace proteinů Reverzibilní změny ovlivňující aktivity proteinů: 1) Fosforylace - vazba [-] skupiny, změna vlastností 2) Vazba GTP/GDP 3) Allosterická regulace Souvislosti: Regulace genové exprese Signalizace
Fosforylace proteinů Ser/Thr (nejčastější), Tyr (signalizace), His (bakterie) Protein kinázy (ATP→ADP) a protein fosfatázy Fosforylace aktivuje nebo deaktivuje protein
GTP/GDP vazebné proteiny Již zmíněné příklady: IF-2, EF-Tu, RF-3, Rab, NSF, Ran Vazba GTP/GDP mění vlastnosti GAP - GTPase activating protein GEF - GTP/GDP exchange factor VIDEO
Allosterická regulace Vazba inhibitoru/aktivátor - vliv na katalytickou aktivitu Vazba molekuly - změna kvarterní struktury Pozitivní regulace Negativní regulace Protein kináza A (c. AMP dependentní)
4. 5 Degradace proteinů Důvody: 1) běžný obrat (turnover) 2) nepotřebný protein (regulace) 3) poškozený protein (špatně složený) Proteazóm: degradace proteinů Polyubikvitinylace: připojení malých peptidů, degradační signál Probíhá v cytoplazmě: transport proteinů z ER pro degradaci VIDEO Souvislosti: Regulace genové exprese
Maturace a osud proteinu: shrnutí Peptidový řetězec je dále upravován (SS můstky, fční skupiny. . . ) Složení do správné konformace je řízeno chaperony Protein (gen) obsahuje informaci o cílové lokalizaci (signální s. ) Část proteinů (cca 50 %) je kotranslačně transportována do ER Vesikulární transport: váčky pohybující se mezi kompartmenty Sekreční dráha: ER→ Golgi → plasmatická membrána Nejčastějšími úpravami membránových proteinů je glykosylace a vazba hydrofóbní kotvy (do membrány) Regulace proteinové aktivity (fosforylace, GTP/GDP vazba) Ubikvitin dependentní degradace v proteazómech
- Manon je můj osud text
- Tilen genov
- Chromozómová mapa
- Expresar en n una fuerza de 200000 dyn
- How do proteins fold
- Sefer baday
- Anfinsen's experiment
- Role of chaperones in protein folding ppt
- Hydrophobic collapse in protein folding
- Garland science
- Example of denatured protein
- Channel vs carrier proteins
- Protein-protein docking
- Sheet metal pittsburgh seam
- Troposphere temp
- Bentuk muka bumi geografi
- Amniotic cavity
- Permanent bending and folding of rocks without melting
- Fold mountains in ireland
- Skill 18 base form verbs after modals
- Lay the napkin face down in front of you
- Cloaca
- Principle of superposition
- Spring mvc project 없음
- Choi
- Folding adc
- Arm architecture logo
- Folding
- Floral design tools and supplies
- Dutchman hose load
- Secondary folding
- Lipatan serbet makan disebut juga dengan
- Neural plate
- Folding geography definition
- John thomas white inventor
- Types of folds
- Branch delay slot