Travaux pratiques de mycologie Veronica RODRIGUEZNAVA Aymeric MENARD

Travaux pratiques de mycologie Veronica RODRIGUEZ-NAVA – Aymeric MENARD – Frédéric LAURENT Patrick BOIRON Laboratoire de Mycologie Faculté de Pharmacie, Lyon, France

Classification Spores Asexuée Sexuée Zygospores Zygomycètes Endospores Conidies Deutéromycètes Ascospores Ascomycètes Basidiospores Basidiomycètes

Champignons inférieurs Classe des Zygomycètes

Les Zygomycètes • Les champignons de la Classe des Zygomycètes sont caractérisés par : • Un mycélium non cloisonné (= siphonné = cœnocytique) • Une multiplication asexuée par endospores : sporocystospores • Une reproduction sexuée : zygospore

Intérêts des Zygomycètes • Moisissures communes : agents de pourritures et d’altérations alimentaires (Mucor, Absidia, Rhizopus, Rhizomucor, …) • Mycoses humaines, peu fréquentes mais graves : mucormycoses (Rhizopus, …) • Industries agro-alimentaires : • • Fermentation de l’amidon en anaérobiose : alcool de riz, de pomme de terre, … (choum, whiskys, vodkas, schnaps, …) • Affinage de certains fromages (Cantal), galettes de soja (Tempeh) Industries chimiques et pharmaceutiques : • • Production d’acides aminés, acide lactique, présure, vitamine A, … Bioconversion des stéroïdes

Absidia glauca Sporocyste Absidia Aspect macroscopique Apophyse Columelle Mucor Sporocystophore

Zygorhynchus heterogamus Suspenseurs

Les Rhizopus (non vu en TP)

Les Rhizopus (non vu en TP) • • • Cosmopolites et ubiquitaires Environ 12 espèces de Rhizopus Allergies de type I et III Mycoses : mucormycoses Industries agro-alimentaires (fromages, fermentations diverses), chimiques (alcool, acides organiques) et papetières

Les Mucor (non vu en TP)

Les Mucor (non vu en TP) • • Cosmopolites et ubiquitaires • • Allergies de type I et III • Industries agro-alimentaires (fromages) Environ 50 espèces de Mucor Mycoses (rares) : mucormycoses

Champignons supérieurs Classe des Ascomycètes

Les Ascomycètes • Les champignons de la Classe des Ascomycètes sont caractérisés par : • Un mycélium cloisonné (= septé = articulé) • Une multiplication asexuée par conidies : modes de conidiogénèse très variés • Une reproduction sexuée : ascospores dans les asques

Intérêts des Aspergillacées Les Aspergillus Les Penicillium • Moisissures très communes : bois, pain, confiture, fruits, … • • Biodétérioration : textiles, papiers, cuirs, matières plastiques, matériels électroniques et optiques, … Industries agro-alimentaires : affinage de fromages (roqueforts, bleus, camemberts, …) • Pourriture des fruits : agrumes, pommes • Mycotoxicoses : aflatoxines, ochratoxine, … • • Mycotoxicose : patuline • • Industrie chimique : acide citrique, … • Mycoses souvent graves : API, aspergillome, ABPA, AAE, … • Industrie chimique : acides (citrique, gluconique, oxalique, fumarique, gallique, …), dextranes, amylases, … Industrie pharmaceutique : antibiotique (pénicilline), antifongique (griséofulvine) Mycose tropicale : pénicilliose à Penicillium marneffei

Aspects macroscopiques

Aspergillus flavus Phialoconidies Phialides Métules Vésicule Conidiophore (stipe) Aspérités

Aspergillus ochraceus Zones concentriques

Aspergillus niger (non vu en TP)

Aspergillus versicolor (non vu en TP)

Penicillium frequentans Phialoconidies Phialides Conidiophore (stipe)

Complexité du conidiophore

Complexité du conidiophore Penicillium

Chaetomium globosum Ascocarpe : périthèce Asques Ascospores

Les Chaetomium • • Cosmopolites et ubiquitaires, très communs • • • Mycoses (rares) : onychomycose Environ 80 espèces de Chaetomium Intérêt industriel : production de cellulase Mycotoxines : chaetomine, sterigmatocystine chez quelques espèces de Chaetomium, chaetoglobosines chez Chaetomium globosum Allergie de type I ? Phytopathogènes

Champignons supérieurs « Classe » des Deutéromycètes

Aspergillus fumigatus (non vu en TP)

Aspergillus fumigatus • Un des 3 principaux agents responsables de mycoses profondes (avec Candida albicans et Cryptococcus neoformans) • Responsable de 95 % des aspergilloses, notamment de l’aspergillose pulmonaire invasive (API), mais également d’aspergilloses allergiques (ABPA, AAE)

Fusarium oxysporum

Les Fusarium • Cosmopolites et ubiquitaires, très communs • 50 à 70 espèces de Fusarium • Phytopathogènes • Mycotoxines : trichothécènes, toxine T-2, zéaralénone (= toxine F-2), vomitoxine, déoxynivalénol, fumonisine, … • Mycoses graves (kératites, endophthalmies, onychomycoses, mycétomes), notamment chez les patients immunodéprimés (fusariose profonde, résistante aux antifongiques) et chez les grands brûlés • Allergies de type I • Intérêt vétérinaire : zéaralénone (stimulant de croissance animale, anabolisant, contraception)

Alternaria alternata

Les Alternaria • Cosmopolites et ubiquitaires, très communs • • 40 à 50 espèces d’Alternaria • Mycotoxines : alternariol, alternariol monométhylether (AME), acide tenuazonic, altertoxines (mutagénique) Phytopathogènes Allergies de type I et III Mycoses (rares) : lésions souscutanées, onychomycoses

Stemphylium botryosum

Les Stemphylium • Cosmopolites et ubiquitaires • 6 espèces de Stemphylium • Phytopathogènes • Allergies de type I • Mycoses (très rares) : sinusites

Cladosporium herbarum

Les Cladosporium • Cosmopolites et ubiquitaires, extrêmement communs • • 28 à 40 espèces de Cladosporium • Mycotoxines : cladosporine, émodine (toxicité ? ) • Intérêt pharmaceutique : bioconversion de précurseurs stéroïdiens en progestérone et pregnenolone Phytopathogènes Allergies de type I et III Mycoses tropicales : chromoblastomycoses ( Cladiophialophora carrionii, C. bantiana)

Aureobasidium pullulans

Les Aureobasidium • • • Cosmopolites et ubiquitaires 15 espèces d’Aureobasidium Phytopathogènes Allergies de types I et III Mycoses (rares) : lésions cutanées, kératites, abcès splénique Intérêt industriel (préparation de textiles) et agro-alimentaire (pullulane : polysaccharide biodégradable, utilisé pour la protection d’aliments) Anthracnose

Scopulariopsis brevicaulis

Les Scopulariopsis • Mycoses (rares) : onychomycoses, lésions cutanées, mycétomes, sinusites, kératites, … • Arsine (gaz mortel) à partir de l’arsenate des colorants de papiers muraux (historique)

Trichothecium roseum

Les Trichothecium • 2 ou 3 espèces de Trichothecium ? • Phytopathogène • Mycotoxines : trichothécine (toxicité ? ) • Parasite de macromycètes Nodule noir du prunier