ASAM AMINO PROTEIN Unit dasar struktur protein Asam

ASAM AMINO & PROTEIN

Unit dasar struktur protein Asam -amino: asam organik yang mengandung: • gugus amino • gugus karboksil. • atom hidrogen dan • gugus R (rantai samping) pembeda Keempat substituen tsb terikat pada atom karbon (atom C yang letaknya berdekatan dengan gugus karboksil)

Contoh:

Struktur 3 D asam -amino Penulisan asam -amino

Asam amino dengan satu C asimetrik dapat menghasilkan 2 senyawa enansiomer. Alanin memiliki enansiomer L dan D. Dua isomer optis aktif ini memiliki arah yang berlawanan dalam memutar bidang cahaya terpolarisasi.

Asam amino standar: • asam amino penyusun protein dalam makhluk hidup • berbentuk L-asam - amino • jumlahnya 20 buah

Karakter 20 asam amino standar

PDI 2 molekul sistein dapat bereaksi membentuk ikatan/jembatan disulfida ikatan silang (cross link)

Asam amino merupakan molekul amfoter • Memiliki p. K 1, p. K 2 dan p. KR • Pada p. I: semua molekul berbentuk zwitter ion • Pada p. H netral atau > p. I: dominan bentuk anion • Pada p. H < p. I: dominan bentuk kation

Kenaikan p. H

Pembentukan ikatan peptida Gugus peptida Ikatan peptida

• Unit asam amino dalam rantai polipeptida= residu • Konsensus : – ujung amino = residu asam amino awal – ujung karboksil = residu asam amino akhir

ü Ikatan peptida berkarakter parsial ganda akibat adanya delokalisasi elektron dari oksigen gugus COO- ke ikatan C-N ü Gugus amidanya planar, dan berada dalam konfigurasi Trans. ü Rotasi hanya dapat terjadi pada dua ikatan yang dekat C di setiap residu asam amino.

Empat tingkat organisasi struktur dalam protein

Empat tingkat organisasi dalam protein Struktur primer: menunjukkan jumlah, jenis dan urutan asam amino dalam protein Struktur sekunder: • terjadi akibat pembentukan ikatan H antara gugus karboksil dan gugus amino pada residu asam amino tertentu, dan pembatasan rotasi bidang peptida di sekitar atom C • menunjukkan pembentukan konformasi khas dalam rantai polipeptida molekul protein, meliputi: - heliks, -turn -sheet, random coil

-Heliks -Sheet

Sheet antiparalel

Sheet paralel

Struktur tersier: Menunjukkan pembentukan lipatan (folding polypeptide), yang disebabkan oleh adanya interaksi antar gugus pada R. Jenis interaksi tersebut meliputi: ikatan H, ikatan elektrostatik, interaksi hidrofobik antar rantai samping non polar, interaksi dipol-dipol, dan pembentukan ikatan disulfida (ikatan kovalen). Struktur kuartener: Menunjukkan penggabungan 1 rantai polipeptida / subunit penyusun protein. Contoh protein yang memiliki beberapa rantai polipeptida adalah Hemoglobin.