Gestion des exploitations agricoles partie gntique Genetic parameter

Gestion des exploitations agricoles : partie génétique « Genetic parameter estimates of meat quality traits in Duroc pigs selected for average daily gain, longissimus muscle area, backfat thickness, and intramuscular fat content » K. Suzuki, M. Irie, H. Kadowaki, T. Shibata, M. Kumagai, A. Nishida LAHAYE Stéphanie PARMENTIER Damien TESSIER Aymeric Année académique 2005 -2006 (Groupe n° 1) 1

Objectif de l’étude 1) Estimer les paramètres génétiques 2) Fixer, par la sélection, les tendances génétiques des paramètres corrélés en vue de produire une lignée de porcs Duroc utilisable pour augmenter la production de viande et sa qualité. 2

Abréviations GQM: gain quotidien moyen LMA: surface de la section du muscle longissimus BF: épaisseur du lard dorsal IMF: graisse intramusculaire TEND: tendreté PCS et L: couleur et clarté DL: perte d'eau à l'égouttage CL: perte d'eau à la cuisson CL p. H IMP: impédance électrique COLL: contenu en collagène du muscle longissimus 3

Déroulement de l’étude - Critères de sélection: GQM, LMA, BF et IMF - Tests sur 7 générations avec, à chaque génération, 150 (100 femelles et 50 mâles) porcelets utilisés pour les performances-tests. Ces 150 sont sélectionnés sur base de leur poids corporel (30 kg) à 8 semaines. - Full sib-test à partir de 80 autres porcelets (principalement des mâles) pour fixer les gènes pendant la sélection 4

Mesures Entre 30 et 105 kg: mesure quotidienne du GQM sur les 150 porcelets. A 105 kg: mesure de l'épaisseur BF et LMA. Pas de lignée de contrôle (raisons pratiques) Sélection en 1ère et 2ème génération à partir de l'index de sélection basé sur les gains relatifs désirés => performance-tests --> données --> paramètres génotypiques et phénotypiques --> critères de sélection. 5

Mesures Objectifs: GQM: 865 g +135 g LMA: 36, 1 cm² +3, 9 cm² IMF: 4, 3% +0, 7% BF: 2, 34 cm -0, 54 cm L'objectif est donc d'augmenter le GQM, la section du muscle et le contenu musculaire en graisse tout en diminuant le lard dorsal. 6

Mesures I= 0, 038 DG + 1, 38 EM - 15, 10 BF + 12, 63 IMF - 56, 68 (= index de sélection = modélisation de la pression de sélection) Augmenter IMF est impossible si l'épaisseur du lard dorsal diminue TROP => nouvel objectif: ne diminuer le BF que de 0, 34 cm (au lieu de 0, 54). L'épaisseur sera donc de 2 cm et il sera alors possible d'augmenter IMF. NB: il existe une formule qui permet d'obtenir l'estimation économique des gains. 7

Mesures Y=μ+E+G+e = moyenne + effets fixes (environnement) + effets aléatoires (génétiques) + effets résiduels = μi + (Gij + Sik) + (cil + aim) + eijklm 8

Résultats Les objectifs de gains (GQM, LMA et BF) n'ont pas été atteints sauf pour l'IMF dont la réponse a même été plus importante (1, 2% au lieu de 0, 7%). 9

Corrélations génotypiques(r. G) et phénotypiques(r. P) retenues: 1) GQM et IMF (0, 25 et 0, 06) --> faibles 2) LMA et DL (0, 64 et 0, 07) --> élevée 3) LMA et IMF (-0, 26 et -0, 24) --> faiblement corrélés négativement 4) LMA et IMP (-0, 69 et -0, 15) --> et résistance -- ++ LMA => contenu en eau ++ 5) IMF et TEND (-0, 09 et -0, 20) --> il n'existe pas de relation 6) IMF et DL – CL (-0, 70 et -0, 13) - (-0, 42 et -0, 07) --> si IMF ++, capacité de rétention d'eau de la viande fraîche et cuite ++ 10

Corrélations génotypiques(r. G) et phénotypiques(r. P) retenues: 7) IMF et L (0, 42 et 0, 43) --> modérée 8) BF et TEND (-0, 59 et -0, 39) --> BF -- => TEND -- 9) BF et L (0, 55 et 0, 23) --> BF -- => L ++ 10) TEND et L (-0, 59 et -0, 24) --> TEND ++ => L ++ 11) DL et IMP (-0, 60 et -0, 44) --> forte corrélation 12) TEND et COLL (0, 26 et 0, 00) --> COLL++ => TEND + 13) COLL et CL (-0, 64 et 0, 06) 11

Graphe n° 1: traits de sélection GQM et IMF: EBV augmente donc sélection OK Graphe n° 2: traits de qualité de viande L: EBV augmente donc sélection OK DL et TEND: diminuent de la 4ème à la 7ème génération donc sélection OK et augmentation de la capacité de rétention d'eau donc viande plus agréable en bouche. 12

Application pratique Conclusions des auteurs: L'augmentation génétique de la IMF n'est pas reliée à la tendreté de la viande mais plutôt à une capacité de rétention d'eau augmentée (=> génétiquement lié à l'augmentation du contenu en collagène). => mesure de la qualité à partir du collagène et de l'impédance. 13

Application pratique Conclusions pratiques: Parmis toutes les corrélations, seules GQM, IMF et capacité de rétention d'eau (IMP, DL et CL) nous semblent utilisables en pratique. Nous utiliserons donc les corrélations LMA-DL, LMA-IMP, IMF -L, BF-L et CL-COLL. Pour choisir, il faut comparer les héritabilités: IMF (39%), IMP(22%), L (16%), DL (14%), CL (9%). De plus, on observe au cours des générations une fixation correcte des caractères GQM, LMA, IMF, L, DL. 14

Application pratique Conclusions pratiques: En conclusion, à partir de ces données, pour augmenter la productivité, nous conseillerions à l'éleveur de sélectionner sur base du gain quotidien moyen. En ce qui concerne la qualité de la viande, la sélection est plus difficile au point de vue pratique. Néanmoins, sélectionner en fonction de la perte d'eau à l'égouttage et la clarté de la viande semblerait pertinent. 15

Bibliographie Cours de génétique de 1 er Doctorat du Professeur Detilleux 16