Yoann Beausse Journe Bioinformatique des Gnopoles Dveloppement doutils

Yoann Beausse Journée Bioinformatique des Génopoles Développement d’outils informatiques d’analyse structurale de familles protéiques Mercredi 22 Octobre 2003

IBCP, Lyon Equipe Pro. Dom Daniel Kahn Emmanuel Courcelle Sébastien Carrère Yoann Beausse Gilbert DELEAGE Christophe GEOURJON IGBMC, Strasbourg Olivier POCH Julie THOMPSON EBI, Hinxton Soutiens Financiers Rolf APWEILER Programme Bioinformatique Inter Organismes Génopole EU FP 4 et FP 5 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

La base de données Pro. Dom www. toulouse. inra. fr/prodom. html • Pro. Dom : base de familles de domaines protéiques • Génération automatique de la base à partir des banques de données Swiss. Prot et Tr. EMBL • Initiation de la construction par des domaines expertisés • Extraction de chaque domaine par recherche de similitudes et regroupement en familles domaines • Mise à disposition via un serveur web graphique Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

Plan 1. Utilisation des structures 3 D pour le choix des domaines expertisés 2. Intégration d’outils de visualisation des domaines 3. Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3 D 4. Serveur pour la génomique structurale : Pro. Dom-SG Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

1. Utilisation des structures 3 D pour le choix des domaines expertisés SCOP : Structural Classification of Proteins SCOP 1. 61 7 classes 701 repliements Structure 2 ndaire (all a, all b, ) Structure 2 ndaire: Topologie et arrangement 1100 superfamilles 1940 familles 44327 domaines <=> 17406 entrées PDB Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Structure (Fonction? )similaires - Identité Séquence > 30% - Structure/Fonction identique Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

1. Utilisation des structures 3 D pour le choix des domaines expertisés SCOP : Structural Classification of Proteins SCOP 1. 61 7 classes 701 repliements Structure 2 ndaire (all a, all b, ) Structure 2 ndaire: Topologie et arrangement 1100 superfamilles Structure (Fonction? )similaires 1940 familles - Identité Séquence > 30% 44327 domaines <=> 17406 entrées PDB - Structure/Fonction identique Filtres : SCOP 1. 61 1155 familles Pro. Dom 2003. 1 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées - < 500 résidus - familles non uniques - homogénéité de longueur - homogénéité de séquence Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

Plan 1. Utilisation des structures 3 D pour le choix des domaines expertisés 2. Intégration d’outils de visualisation des domaines 3. Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3 D 4. Serveur pour la génomique structurale : Pro. Dom-SG Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

2. Intégration d’outils de visualisation des domaines Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

2. Intégration d’outils de visualisation des domaines Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

2. Intégration d’outils de visualisation des domaines Rasmol/Ras. Win Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

2. Intégration d’outils de visualisation des domaines Chime VRML Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

2. Intégration d’outils de visualisation des domaines PNG / PS Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

2. Intégration d’outils de visualisation des domaines PNG / PS Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

Plan 1. Utilisation des structures 3 D pour le choix des domaines expertisés 2. Intégration d’outils de visualisation des domaines 3. Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3 D 4. Serveur pour la génomique structurale : Pro. Dom-SG Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

3. Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3 D Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

3. Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3 D Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno 3 D Génopole Lyon Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

3. Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3 D Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno 3 D Génopole Lyon Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

3. Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3 D Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno 3 D Génopole Lyon Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

Plan 1. Utilisation des structures 3 D pour le choix des domaines expertisés 2. Intégration d’outils de visualisation des domaines 3. Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3 D 4. Serveur pour la génomique structurale : Pro. Dom-SG Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

4. Serveur pour la génomique structurale : Pro. Dom-SG Objectif : Proposer les meilleures protéines candidates pour une détermination de structure - Protéines mono-domaine - Aucune information structurale Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

4. Serveur pour la génomique structurale : Pro. Dom-SG Sélection de protéines mono-domaine • Sélection des familles Pro. Dom sur la qualité des alignements multiples - Utilisation de la fonction objective nor. MD Génopole de Strasbourg • Prise en compte des relations d’homologie entre ces familles • Identification des familles possédant des structures 3 D connues • Recher les protéines mono-domaines dans les familles n’ayant pas de lien avec la PDB Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

4. Serveur pour la génomique structurale : Pro. Dom-SG Critères de sélection Filtres Espèces Recherche des familles Pro. Dom sans liens PDB filtres Affichage des protéines mono-domaine Mots clés Affinage Suggestion de protéines pour une détermination structurale Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

Conclusion Intégration d’outils de visualisation Couplage analyse en domaine / modélisation 3 D Chime VRML Pro. Dom-SG : serveur pour la génomique structurale SCOP pour domaines expertisés 7 classes 701 repliements 1100 superfamilles 1940 familles 44327 domaines <=> 17406 entrées PDB Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003

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