VIRUSOLOIJA VRUSI UN RPUSHROMOSOMU ENTISKIE ELEMENTI Vrusu miskais
- Slides: 91
VIRUSOLOĢIJA (VĪRUSI UN ĀRPUSHROMOSOMU ĢENĒTISKIE ELEMENTI) Vīrusu ķīmiskais sastāvs un uzbūve. Vīrusu klasifikācija.
Vīrusu ķīmiskais sastāvs un uzbūve. • Vīrusu nukleīnskābes • Vīrusu proteīni • Vīrusu morfoloģija • Vīrusu taksonomija un nomenklatūra
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: NUKLEĪNSKĀBE ĢENĒTISKĀ METABOLISKĀ PROTEĪNS STRUKTŪRAS kapsomeru, peplomeru, matriksa proteīni NE-STRUKTŪRAS replikācijai vajadzīgie fermenti citi fermenti transkripcijas/replikācijas faktori
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: LIPĪDI Ārējā apvalka (superkapsīda) sastāvā, tiek ņemti no saimniekšūnas membrānas POLISAHARĪDI Ārējā apvalka proteīnu - glikoproteīnu un morfoloģisko struktūrvienību (peplomeru) sastāvā, sintēzi nodrošina saimniekšūnas metabolisma ceļos
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: NUKLEĪNSKĀBE DNS
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: NUKLEĪNSKĀBE DNS Šaurā rieva (minor grove) Platā rieva (major grove) 3’ 5’ 20 Å 3’ 5’ Bāzu pāris Spirāles solis (helical turn) 10, 5 b. p, 34 angstrēmi (Å)
DNS UZBŪVE Dž. Vatsons (1928. ) un F. Kriks (1916. -2004. ) 1953. gadā pie DNS molekulas struktūras modeļa Dž. Vatsons 2014. gadā Krievijas ZA prezidents Fortovs atdod Vatsonam viņa NP medaļu, 2015. g. 17. jīnijs. Newsweek Ališers Usmanovs, Wikipedia
DNS UZBŪVE DNS struktūras 50 gadi. Ervīns Čargafs (1905. – 2002. ) DNS bāzu pāru kvantitatīvo attiecību likums: A=T G=C
DNS UZBŪVE Rozalinda Franklina (1920. -1958. ) Moriss Vilkins (1916. -2004. )
DNS UZBŪVE
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: NUKLEĪNSKĀBE
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: NUKLEĪNSKĀBE APZĪMĒJUMI GĒNI gag; pol; SEKVENCES ELEMENTI att; ori; cos; lox
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: NUKLEĪNSKĀBE
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: NUKLEĪNSKĀBE
DNS replikācijas mehānismi DNS replikācijas teta (Q) mehānisms: vīrusi un plazmīdas
DNS replikācijas mehānismi DNS replikācijas ripojošā gredzena mehānisms: vīrusi
DNS replikācijas mehānismi Adenovīrusa replikācijas mehanisms
DNS replikācijas mehānismi
Gredzenveida DNS molekulas superspiralizācija (-) superspirāle relaksēta CCC forma OC forma (+) superspirāle CCC forma
Gredzenveida DNS molekulas superspiralizācija Plektonēmiska superspiralizācija – vīrusi un plazmīdas
Gredzenveida DNS molekulas superspiralizācija Plektonēmiska superspiralizācija – vīrusi un plazmīdas
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: NUKLEĪNSKĀBE DNS topoloģiskās formas iespējams sadalīt ar elektroforēzes palīdzību
DNS topoloģisko formu sadalījums elektroforēzē hlorakīna klātbūtnē, 1 D
DNS topoloģisko formu sadalījums elektroforēzē hlorakīna klātbūtnē, 2 D
DNS kodējošās kapacitātes izmantošana Bakteriofāga f X 174 vienpavediena DNS
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: NUKLEĪNSKĀBE RNS
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: NUKLEĪNSKĀBE RNS Cilpas un matatadatas (loops and hairpins)
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: NUKLEĪNSKĀBE RNS
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: NUKLEĪNSKĀBE
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: PROTEĪNS PROTEĪNU APZĪMĒJUMI: p 7 gp 41 INT Pol
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: PROTEĪNS STRUKTŪRAS PROTEĪNI
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: PROTEĪNS ATGRIEZENISKĀ TRANSKRIPTĀZE: REVERTĀZE, HETERODIMĒRS RETROPEPSĪNS-PROTEĀZE, MONOMĒRS NE-STRUKTŪRAS PROTEĪNI: ENZĪMI
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: PROTEĪNS NE-STRUKTŪRAS: TRANSKRIPCIJAS FAKTORI
Vīrusu ķīmiskais sastāvs: PROTEĪNS Augstākie eikarioti, dzīvnieki Primitīvi eikarioti, piem. , sēnes PROTEĪNU GLKOZILĒŠANA
Vīrusu morfoloģija
VĪRUSU UZBŪVE (MORFOLOĢIJA) STRUKTŪRA SIMETRIJA BEZ ĀRĒJĀ KUBISKA APVALKA AR ĀRĒJO SPIRĀLISKA APVALKU Ārējais apvalks = Superkapsīda; Peploss Kubiska simetrija = Ikosaedriska
VĪRUSU UZBŪVE NUKLEOKAPSĪDS – kapsīds kopā ar tā saturu (nukleīnskābi, nukleoproteīnu, koru). KAPSĪDS – vīrusa nukleīnskābes un ar to cieši saistīto proteīnu (nukleoproteīna, kora) proteīna ietvars; var būt vienslāņa vai daudzslāņu kapsīdi. APVALKS (SUPERKAPSĪDS) saimniekšūnas citoplazmas membrānas un vīrusa proteīnu veidots viriona ārējais aizsargslānis.
Vīrusu morfoloģija KAPSĪDA MORFOLOĢISKĀS VIENĪBAS: KAPSOMERI (Viena vairākas proteīna subvienības) APVALKA MORFOLOĢISKĀS VIENĪBAS: PEPLOMERI (Viena vairākas proteīna subvienības) PROTEĪNA SLĀNIS STARP APVALKU UN KAPSĪDU: MATRIKSS (TEGUMENTS)
VĪRUSU UZBŪVE (TERMINI) Vīrusa kapsīdu veido proteīna daļiņas – KAPSOMERI. Tie sastāv no vienas vairākām proteīna molekulām – subvienībām. Vīrusa apvalka (apmetņa=PEPLOSA) membrānā atrodas proteīna daļiņas – PEPLOMERI. Tie sastāv no vienas vairākām proteīna molekulām – subvienībām. VIRIONS – inficēt spējīgs vīruss (vienā vairākās daļiņās: mono-, di- un tripartiti virioni). Vairumam augu, baktēriju un sēņu vīrusu apvalka nav. Izplatītākajiem dzīvnieku vīrusiem ir apvalki, taču ir arī labi pazīstami dzīvnieku vīrusi bez apvalka.
Vīrusu morfoloģija KAPSĪDA SIMETRIJAS TIPI: SPIRĀLISKA SIMETRIJA (NŪJIŅA, PAVEDIENS) IKOSAEDRISKA (KUBISKA) SIMETRIJA (REGULĀRS DIVDESMITSKALDNIS, LODE) SALIKTA SIMETRIJA (SPIRĀLISKĀS + KUBISKĀS KOMBINĀCIJA)
Vīrusu morfoloģija: SPIRĀLISKA SIMETRIJA PIRMĀS KĀRTAS SIMETRIJAS ASS Kapsīda diametrs 5 -20 nm, garums 100 - 2000 nm
Vīrusu morfoloģija: SPIRĀLISKA SIMETRIJA
Vīrusu morfoloģija: SPIRĀLISKA SIMETRIJA
Vīrusu morfoloģija: SPIRĀLISKA SIMETRIJA
Vispārējas spirālveida nukleokapsīdu īpašības TMV Polimorfiskas, var būt izliektas Kartupeļu vīruss Y Ebola
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA Caspar & Klug (1962) formulē teorētiskos pamatus par kubiskās simetrijas uzbūves principiem: identiski elementi aptuveni vienlīdzīgā sakārtojumā. Poliedri no to veidojošo subvienību kompozīcijas viedokļa. Ikosaedru veido 20 T struktūrvienības, kur T = TRIANGULĀCIJAS SKAITLIS
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA regulāri daudzskaldņi (poliedri)
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA Regulārs divdesmitskaldnis: 12 virsotnes, 30 šķautnes Kapsīdas diametrs: 20 - 150 nm
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA Kā no sešstūru plaknes iegūt ikosaedru? Plaknē dažu sešstūru vietā ievietojot piecstūrus plakne sāk liekties
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA Ja piecstūrus izvieto regulāros attālumos, veidojas ikosaedrisks objekts No K. Tāra lekcijas
Piecstūrus var regulāri izvietot daudzos veidos No K. Tāra lekcijas
h k h=2; k=1 No K. Tāra lekcijas
k T=h 2+hk+k 2 h=1; k=1 T=3 h h=2; k=0 T=4 h=1; k=2 T=7 Ja h k, h 0 un k 0, tad ir iespējami divi risinājumi – labais un kreisais , piemēram T=7 L (h=1 ; k=2) and T=7 D (h=2 ; k=1) Dažiem lieliem T skaitļiem ir vairāk nekā divas alternatīvas T=49 var uztaisīt no (h, k)=(3, 5) vai (h, k)=(5, 3) vai (h, k)=(7, 0) No K. Tāra lekcijas
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA
T=7 l and d (režģi veido viens otra spoguļattēlus) k k h (h, k)=(2, 1) (h, k)=(1, 2) h No K. Tāra lekcijas
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA Richard Buckminster Fuller (1895 – 1983)
Apvalka proteīnu monomēru struktūra Daudzu (ja ne lielākās daļas) ikosaedrisko vīrusu kapsīda proteīnu monomēriem ir b-mucas topoloģija
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA Mazo RNS vīrusu kapsomeru veidojošo proteīnu uzbūve
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA Mazo RNS vīrusu kapsomers, kuru veido trīs identiskas proteīna subvienības (kvaziekvivalence)
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA Augu (tomātu pundurslimības) vīrusa daļiņas uzbūves modelis
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA Mazo RNS vīrusu (Picornaviridae) kapsomeri, kurus veido trīs dažādu proteīna subvienības (pseidoekvivalence)
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA Mazo RNS vīrusu kapsomeru veidojošo proteīnu uzbūve
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA Poliovīrusa uzbūves shēma, T 7 simetrija
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA Poliovīrusa kapsomera - pentamera uzbūves shēma http: //pps 00. cryst. bbk. ac. uk/course/section 5/quaternary/virus/virdet. htm
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA Adenovīrusa uzbūves shēma, kapsīdu veido 8 dažādi proteīni, pseido T 25 simetrija 240 heksoni (heterotrimers) 12 pentoni (monomers), 12 dzelkšņa proteīni (homotrimers), trīs saistītie proteīni http: //pps 00. cryst. bbk. ac. uk/course/section 5/quaternary/virus/virdet. htm
Vīrusu morfoloģija: KUBISKA SIMETRIJA Rotavīrusa uzbūves shēma
Vīrusu morfoloģija: SALIKTA SIMETRIJA
Vīrusu morfoloģija: SALIKTA SIMETRIJA
Vīrusu morfoloģija: SALIKTA SIMETRIJA T 4 bakteriofāga bazālās plātnītes struktūra ir analoga adenovīrusa apvalka struktūrai
Vīrusu morfoloģija: APVALKA UZBŪVE Apvalka veidošanās: Sindbis vīruss
Vīrusu morfoloģija: APVALKA UZBŪVE Apvalka veidošanās: gripas vīruss
Vīrusu morfoloģija: APVALKA UZBŪVE Membrānu proteīnu četri tipi
Vīrusu morfoloģija: APVALKA UZBŪVE Alfavīrusa peplomera (dimera) modelis
Vīrusu morfoloģija: APVALKA UZBŪVE Alfavīrusa peplomera (dimera) modelis
Vīrusu morfoloģija: APVALKA UZBŪVE Alfavīrusa viriona modelis
Vīrusu morfoloģija: APVALKA UZBŪVE Gripas vīrusa hemaglutinīna proteīna monomera un peplomera (trimera) modeļi
Vīrusu morfoloģija: APVALKA UZBŪVE
Vīrusu morfoloģija 1 mikrometrs
Vīrusu morfoloģija
VĪRUSU TAKSONOMIJA UN NOMENKLATŪRA Vīrusa suga ir politeiska vīrusu kopa ar vienu replikācijas veidu, kura aizņem noteiktu ekoloģisko nišu “. . . polythetic class of viruses constituting a replicating lineage and occupying a particular ecological niche” van Regenmortel MHV. Applying the species concept to plant viruses. Arch Virol. 1989; 104: 1– 17
VĪRUSU TAKSONOMIJA UN NOMENKLATŪRA Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses (Nov. , 2011) Redaktori: A. M. Q. King , E. Lefkowitz , M. J. Adams , E. B. Carstens 1327 lpp, USD 400 http: //www. ictvonline. org/index. a
VĪRUSU ĶĪMISKĀ KLASIFIKĀCIJA Vīrusu iedalījums augstākajās sitemātiskajās kategorijās (tipos) ir balstīts uz to nukleīnskābes tipu un replikācijas īpatnībām. Ķīmiskās klasifikācijas autors: viens no revertāzes atklājējiem, 1975. g. Nobela prēmijas laureāts, vēlēk poliovīrusu pētnieks Deivids Baltimors (1938. )
VĪRUSU KLASIFIKĀCIJA
VĪRUSU KLASIFIKĀCIJA. Klasifikācijā izmantojamās pazīmes: NS tips, uzbūve NS replikācija Viriona morfoloģija Fizikāli ķīmiskās īpašības Imunoloģiskās īpašības Saimnieku loks Pārnesēji
VĪRUSU NOMENKLATŪRA
VĪRUSU NOMENKLATŪRA
VĪRUSU NOMENKLATŪRA
- Vrusi
- Petras doveika
- Miskais ateina ruduo rasinys
- Elementi i kriteriji za upis u srednju školu
- Formula potenza elettrica
- Biće kaznenog djela
- Elemento poetico
- диспозиција
- Sezione longitudinale e trasversale nave
- Causa del contratto
- Petrica kerempuh nigdar ni bilo
- Hipermedija
- Kompozicija dramskog djela
- Quotatura geometrica
- Klima hrvatske
- Catene anaforiche
- Bromovodonik
- Mis elementi
- Linya sa isang tula
- Proprietà periodiche
- Osnovni elementi klase
- Tektonska jezera
- Mappa concettuale contratto
- Blokshēma
- Elementi e composti scuola primaria
- Focalizzazione interna fissa
- Amonijak periodni sistem
- Elementi proizvodnje
- Elementi 16 grupe periodnog sistema
- Hemiski elementi
- Elementi elektronskog poslovanja
- Gli elementi della comunicazione
- Vrste prozora u windowsu
- Elementi costitutivi dell azienda
- Elementi della parabola
- Osnovni elementi projekta
- Simona e pasquino analisi
- S p d f chimica
- Elementi ponude
- Oznaka fi za precnik
- Nosivi elementi zgrade
- Elementi multimedije
- Halkogeni
- Art 595
- Prenosivi memorijski medijumi
- Plastidi
- Immagini del teatro greco
- Znakovi na geografskoj karti
- Oma likums ķēdes posmam
- Elementi kaznenog djela
- Dalla forma implicita alla forma esplicita
- Carboidrati funzione
- Elementi di puericultura
- Misure di protezione passive
- Kas ir algoritma viennozīmīgums?
- Au elementi
- Quali sono gli elementi fondamentali dello stato
- Ekonomičnost formula
- Elementi multimedije
- Prirodni i antropogeni elementi
- Prelazni metali
- Podela karata prema razmeri
- Crtanje navoja
- Ciclo di hutton
- Grafički i dodatni elementi prezentacije
- Aktivni elektronski elementi
- Indici di dispersione
- Kompozicijski elementi
- Svetislav polovina
- Biogeni elementi
- Elementi strutturali coperture
- Schema riempimento orbitali
- Elementi biznis plana
- Elementi di logica matematica
- Asse di simmetria della parabola
- Elementi prava
- Elementi strojeva i konstruiranje
- Hlor simbol
- Vrste klima u europi
- Elementi mrezne konfiguracije
- Glissosimmetria equazione
- Ritmotvorni elementi
- Elementi costitutivi del reato
- Quotatura in parallelo
- Mjerilo 1 1000 u cm
- Permutacije sa ponavljanjem
- Jedinjenja bora
- Elementi multimedije
- Angazovanje sredstava
- Osnovni geometrijski oblici
- Elementi refleksnog luka
- Elementi di una fiaba