Utbildning i mikrobiologisk provtagning Vlkommen till denna Eutbildning

Utbildning i mikrobiologisk provtagning Välkommen till denna E-utbildning i mikrobiologisk provtagning. Vi kommer att gå igenom vad man ska tänka på när man tar mikrobiologiska prover och vad det egentligen gör för skillnad om man tar provet på ett bra eller mindre bra sätt. Utbildningen går att göra ensam eller i grupp. Den är uppdelad i sex delar: urin-, sår-, luftvägs- och avföringsodlingar, samt odling för multiresistenta bakterier. På slutet finns också ett avsnitt om blododlingar, vilket kan hoppas över för de som aldrig tar sådana. Varje avsnitt avslutas med några frågor. Utbildningen tar c: a 20 -30 min. Laboratoriemedicin Dalarna 2020 -12 -06 1

Provtagninsanvisningar • För vissa av frågorna behöver du gå in och läsa på våra provtagningsanvisningar. Du kan hitta dit genom Take Care. I listen längs upp välj: Jordgloben>Laboratoriemedicin(Lm. D)>Provtagningsanvisningar Lab 2020 -12 -06 2

Urinodling 2020 -12 -06 3

Urinodling - beställning Överväg om odling skall tas. Odling av urin är oftast bara indicerat om det finns tydliga symtom på en urinvägsinfektion. Det är inte ovanligt att ha asymtomatisk bakteriuri(ABU), dvs bakterier i urinen som inte ger symtom och som inte bör behandlas (förutom hos gravida). Särskilt hos äldre är detta vanligt och i en undersökning av äldre på särskilt boende utan symtom på urinvägsinfektion, hade ändå 42% riklig mängd av bakterier i urinen. Ospecifika symtom som förvirring och trötthet utan nytillkommen feber eller symtom från urinvägarna beror sällan på en urinvägsinfektion, och är sällan skäl för att ta en urinsticka eller odling. En KAD kan skava och ge upphov till sveda och andra symtom som påminner om en urinvägsinfektion. En KAD är dessutom ofta koloniserad av bakterier. Det är därför oftast bara vid feber som det är meningsfullt att odla från KAD-urin. 2020 -12 -06 4

Urinodling - beställning Uppge på remissen • Symtom (exempelvis feber, miktionssveda) eller vad som är anledning till odlingen. Det påverkar hur odlingen tolkas. • Antibiotikabehandling Mikrobiologen kan då styra vilka antibiotika som testas. Doseringen av antibiotika behöver inte uppges. • Om patienten är gravid så tittar mikrobiologen också efter Streptokocker grupp B - de ger sällan upphov till UVI, men kan ge allvarlig sjukdom hos det nyfödda barnet. 2020 -12 -06 • Uppge också om patienten har KAD - om katetern har satts in precis då odlingen tas uppges ”nyinsatt kateter” - i annat fall ”äldre kateter”. Uppgifterna på remissen styr alltså hur odlingen tolkas. För lite uppgifter ger ofta upphov till odlingssvar som inte tar hänsyn till den kliniska situationen. Det kan i sin tur ge upphov till fel eller onödig antibiotikabehandling. Fråga om du inte själv har uppgifterna som ska fyllas i på remissen. 5

Urinodling - provtagning Vanligt urinprov tas som mittstråleprov. Se instruktioner för att undvika kontamination (se länk under Provtagning på provtagningsanvisningarna) Förvara provet kylt och skicka till mikrobiologilab så snart det går. Om det finns en större mängd bakterier i urinprovet talar det för en UVI, men om det bara är en mindre mängd talar det för att urinen kontaminerats på vägen ut. Om urinprovet förvaras för varmt förökar sig bakterierna och provet kan feltolkas. 2020 -12 -06 Vid odling från KAD: Byt katetern om den suttit två veckor eller längre. Urinkatetrar blir snabbt koloniserade med bakterier och det blir därför svårt att säga om bakterierna i urinprovet kommer från urinblåsan (Och kan ge infektion) eller från katetern. Det är därför bäst om det går att byta kateter och sätta in en ny. Odlingen tas sedan från den nyinsatta katetern. Ta aldrig urinprov från kateterns uppsamlingspåse. Se instruktioner för hur du ska gå tillväga under ”Mer om analysen” på provtagningsanvisningar. 6

Urinodling - frågor Skriv ned dina svar på papper innan du går vidare till nästa bild där svaren finns. Du kan behöva använda provtagningsanvisningar för att hitta svaren. • Om en KAD har suttit mer en viss tid bör den bytas innan prov tas. Efter hur lång tid? • Ska du uppge dos och behandlingstid på i antibiotikarutan på remissen? • Hur lång tid tar det innan man får svar på en urinodling? 2020 -12 -06 7

Urinodling - svar • Om en KAD har suttit mer en viss tid bör den bytas innan prov tas. Efter hur lång tid? Det kan alltid vara bra att byta en KAD innan prov tas för att minska risken förorening. Rekommendationen är att alltid byta en KAD som har suttit två veckor eller längre. • Ska du uppge dos och behandlingstid i antibiotikarutan på remissen? Nej, detta har oftast inget värde. Däremot är det viktigt vid alla odlingar att uppge namnet på det antibiotika patienten behandlas eller kommer att behandlas med • Hur lång tid tar det innan man får svar på en urinodling? Vanligen lämnas svar inom 1 -2 vardagar. 2020 -12 -06 8

Nasopharynx- och sputumodling 2020 -12 -06 9

Nasopharynx- och sputumodling - beställning När ska nasopharynx- eller sputumodling göras? Vid misstänkt lunginflammation kan nasopharynxoch sputumodling göras. Nasopharynxodling kan också vara aktuellt vid öroninflammation, akut sinuit, eller vid andra infektioner i luftvägarna. Vilken typ av odling ska tas? Bakterier som kan ge upphov till lunginflammation kan relativt ofta hittas i nasofarynx även på friska personer. Det är särskilt vanligt hos barn. Vid misstanke om lunginflammation är därför en sputumodling att föredra. 2020 -12 -06 Uppge på remissen Varför odlingen tas. Nasofarynxodling kan t ex tas med frågeställning om pneumoni, bihåleeller öroninflammation. Uppge vilken diagnos som misstänks, då olika bakterier kan vara viktiga vid olika diagnoser Observera att man inte ska beställa nasofarynxodling vid andra odlingar från näsan. Detta gäller till exempel odling från sår i näsan (sårodling) eller screening för MRSA (särskild beställning). Tidigare sjukdomar av vikt. Immunnedsatta eller patienter med vissa lungsjukdomar kan bli sjuka av bakterier som normalt inte ger upphov till sjukdom. 10

Nasopharynx- och sputumodling - provtagning Nasofarynxodling För pinnen till rätt plats och försök att inte vidröra näsväggen. Staphylococcus aureus - som i vissa fall kan ge lunginflammation finns i näsmynningen hos många personer. Sputumodling sputumodling avspeglar bättre bakterier som finns i lungorna, men det förutsätter att patienten kan få till en bra upphostning. Ibland kan patienten behöva andas in Na. Cl före provtagning (s. k. inducerat sputumprov), och ibland behövs även hjälp av sjukgymnast för att mobilisera slem. 2020 -12 -06 Bildkälla: Vårdhandboken: tillvägagångssätt nasofarynxodling (reviderar 2019 -03 -21) 11

Nasopharynx- och sputumodling - frågor Skriv ned dina svar på papper innan du går vidare till nästa bild där svaren finns. Du kan behöva använda provtagningsanvisningar för att hitta svaren. • Vilka är de vanligaste bakterierna som ger upphov till lunginflammation hos vuxna? • Ska jag alltid ta en odling innan patienten får antibiotika för en öroninflammation? • Vad kan jag göra för att patienten lättare ska kunna hosta upp sputum? 2020 -12 -06 12

Nasopharynx- och sputumodling - svar • Vilka är de vanligaste bakterierna som ger upphov till lunginflammation? Pneumokocker (Streptococcus pneumoniae) är den absolut vanligaste orsaken till samhällsförvärvade lunginflammation. Den näst vanligaste är Hemophilus influenzae. (Mycoplasma pneumoniae och Chlamydiophila pneumoniae kan också vara vanligt vissa perioder, dess hittas inte vid odling utan kräver särskilt prov tas för PCR) • Ska jag alltid ta en odling innan patienten får antibiotika för en öroninflammation? Vid en vanlig otit utan komplicerande faktorer behövs sällan en odling, men vid perforation eller vid recidiv är det oftast klokt att odla. • Vad kan jag göra för att patienten lättare ska kunna hosta upp sputum? Om det finns möjlighet till det så kan patienten först få andas in Na. Cl i en nebulisator. Man kan också ta hjälp av en sjukgymnast. 2020 -12 -06 13

Sårodling 2020 -12 -06 14

Sårodling - beställning Överväg om man ska ta en sårodling. - I många fall kan bakterier som kan ge sårinfektioner också hittas i sår som inte är infekterade. I en undersökning av bensår utan några tecken på infektion hittades Staphylococcus aureus i 80% av såren. Staphylococcus aureus är också den vanligaste bakterien vid sårinfektioner. Om man odlar från sår som inte är infekterade kan det lätt leda till onödig antibiotikabehandling. Uppge var på kroppen som odlingen är tagen. Olika bakterieflora och andra förutsättningar gör att det skiljer vilka bakterier som kan ge sårinfektion beroende på var på kroppen såret sitter. Vilken typ av sår Exempelvis operationssår, venöst bensår, trycksår eller diabetessår. Djupt eller ytligt. Vid exempelvis djupa sår eller diabetessår kan ofta fler bakterier vara relevanta. Bakomliggande sjukdomar ex diabetes eller immunnedsättning Dessa sjukdomar/tillstånd ger en ökad sårbarhet så att man kan få infektioner även av andra bakterier än de som normalt ger upphov till sårinfektioner. 2020 -12 -06 15

Sårodling - provtagning Rengör alltid såret noggrant innan odling - Sår är ofta förorenade av bakterier som inte ger upphov till infektionen. Dessa bakterier kan lätt komma med vid provtagningen och det blir då svårt att tolka vilka som ger upphov till infektionen. Genom att rengöra såret kan man få bort de bakterier som bara förorenar och det finns ingen risk att man tvättar bort de som ger infektionen. Ta provet i övergången mellan frisk och sjuk vävnad - bakterierna som ger sårinfektionen oftast hittas där. Om såret ej är rengjort kan det ofta växa väldigt många olika bakterier i odlingen och att veta vilka som ger infektionen kan vara svårt. 2020 -12 -06 16

Sårodling - frågor Skriv ned dina svar på papper innan du går vidare till nästa bild där svaren finns. Du kan behöva använda provtagningsanvisningar för att hitta svaren. • Varför ska man först bedöma att såret är infekterat innan man tar en sårodling? • Vilken särskild bakterie måste man ange att det finns misstanke om när man skickar en sårodling? • Hur många dagar tar det innan du får svar på en negativ odling om du inte, respektive har, begärt svampodling? (Se provtagningsanvisningar) 2020 -12 -06 17

Sårodling - svar • Varför ska man först bedöma att såret är infekterat innan man tar en sårodling? Även sår som inte är infekterade kan vara koloniserade med bakterier som kan ge sårinfektioner. Man kan sällan utifrån svaret på odlingen säga om det behövs antibiotikabehandling eller ej. • Vilken särskild bakterie MÅSTE jag ange det finns misstanke om? Harpest (Francisella tularensis) kan ge upphov till smitta hos labpersonalen och ska därför tas omhand på ett särskilt sätt. Om man har misstanke om den diagnosen måste det därför uppges på remissen. • Hur många dagar tar det innan du får svar på en negativ odling om du inte, respektive har, begärt svampodling? (Se provtagningsanvisningar) En bakterieodling tar normalt 2 -3 vardagar. Eftersom en del svampar växer långsammare kan vi, om svampodling också är begärd, inte svara ut att odlingen är negativ förrän efter tidigast 5 dagar. Därför, och för att det medför extra kostnad och arbete, är det klokt att endast begära svampodling vid särskild misstanke. 2020 -12 -06 18

Faecesodling 2020 -12 -06 19

Faecesodling - beställning När ska man ta en faecesodling? Bakterien Clostridioides difficile kan också ge Faecesodling tas vid misstanke om gastroenterit upphov till infektion med diarré, särskilt i samband med som orsakas av någon av bakterierna Salmonella antibiotikabehandling. Även friska kan vara bärare av bakterien men den kan bara ge sjukdom om den bär Shigella, Yersinia och Campylobacter. på särskilda toxin. Vid analysen detekteras därför Det finns också andra bakterier som kan ge bakterier som producerar detta toxin. upphov till gastroenterit av olika allvarlighetsgrad. Enterohemorragiska E coli (EHEC) kan ge upphov Vid sådan misstanke tas ett särskilt prov. Kontrollprov till blodiga diarréer. Vid misstanke om EHEC ska inte tas på patienter som inte längre har diarré. prov också skickas till externt laboratorium för annan analys. Uppge på remissen: Symtom - exempelvis blodiga diarréer och feber kan vara symtom som gör att man misstänker särskilda bakterier Nylig utomlandsvistelse eller kontakter med smittade - Detta kan också ge misstanke om särskilda bakterier och styr smittspårningsarbete vid fynd 2020 -12 -06 20

Faecesodling - provtagning Provtagningspinnen doppas i faeces eller roteras i ändtarmen direkt efter avföring. Det är viktigt att det kommer med avföring på pinnen, annars är det stor risk att sjukdomsgivande bakterier inte kommer med i provet. Ge instruktioner om patienten ska ta prover själv hemma. Patientinstruktioner finns att skriva ut här från provtagninsanvisningar. Kolad pinne används för provtagning faecesodling Prov för Clostridioides difficile tas i en särkskild burk. Burk för Clostrioides difficile 2020 -12 -06 21

Faecesodling - frågor Skriv ned dina svar på papper innan du går vidare till nästa bild där svaren finns. Du kan behöva använda provtagningsanvisningar för att hitta svaren. • När ska man beställa analysen Salmonella-Shigella (utan Campylobakter och Yersinia)? • Vad är viktigt att tänka på vid EHEC-misstanke? • Vilka månader var det flest salmonellafall i Sverige under 2018? 2020 -12 -06 22

Faecesodling - svar • När ska man beställa analysen Salmonella-Shigella (utan campylobacter och yersinia)? Endast då prov tas enligt livsmedelslagen. Kan ibland också användas vid smittspårning och vid kontrollprov. • Vad är viktigt att tänka på vid EHEC-misstanke? Fullständig EHEC-diagnostik görs inte i Falun. Ett extra prov för EHEC-diagnostik måste därför tas utöver vanlig faecesodling, och skickas till externt laboratorium. • Vilka månader var det flest salmonellafall i Sverige under 2018? Januari och augusti, troligen på grund av att många då nyligen kommit hem från utlandsresa. 2020 -12 -06 23

Odling för multiresistenta bakterier 2020 -12 -06 24

Multiresistenta bakterier - beställning Odling för multiresistenta bakterier(MRB) görs för att se om patienten är bärare av: • ESBL (Extended Spectrum Beta. Lactamases, enzymer hos gram-negativa tarmbakterier) • VRE (Vancomycin. Resistenta Enterokocker) • MRSA (Meticillin. Resistenta Staphylococcus Aureus) Multiresistenta bakterier kan ge svårbehandlade infektioner och besvärliga utbrott på sjukhus och vårdinrättningar. Vanligtvis provtar man patienter som har ökad risk att vara bärare, vilket gäller patienter som vårdats på sjukhus utanför Norden de senaste sex månaderna, eller patienter som vårdats på sjukhus med pågående utbrott av multiresistenta bakterier. 2020 -12 -06 Beroende på vilken bakterie man letar efter så ska odlingen tas från olika lokaler VRE och ESBL – • Feces • Urin – endast om patienten har KAD. • För ESBL bör också odling från sår, dränage eller liknande tas. MRSA • Näsa • Svalg • Perineum, • Sår eller eksem -om det finns • Urin– endast om patienten har KAD. 25

Multiresistenta bakterier - provtagning Feces: Provtagningspinnen doppas i faeces eller roteras i ändtarmen direkt efter avföring. Näsa: Tag provet med pinne som fuktats i koksalt alt. med substrat från odlingsröret. Rotera provtagningspinnen i vardera näsöppningen. Svalg: Provtagningspinnen roteras mot bakre svalgväggen. Perineum: Stryk med provtagningspinne, fuktad med koksalt alt. med substrat från odlingsröret, i perineum, dvs området mellan anus och vagina/pung. Provtagninspinne används för näsa, sår, perineum. Sår, eksem eller annan hudskada: Torka först bort eventuellt sekret i såret. Rotera därefter provtagningspinnen i sårkanten/sårbotten. Om såret är torrt används provtagningspinne fuktad med koksalt alt. med substrat från odlingsröret 2020 -12 -06 26

Multiresistenta bakterier - frågor Skriv ned dina svar på papper innan du går vidare till nästa bild där svaren finns. Du kan behöva använda provtagningsanvisningar för att hitta svaren. • Kan man avskriva ett bärarskap hos en tidigare känd ESBL-bärare? • När ska jag ta prov från urin vid screening för VRE? • Vilka provtagningslokaler ingår alltid vid en MRSA-screening? 2020 -12 -06 27

Multiresistenta bakterier - svar • Kan man avskriva ett bärarskap hos en tidigare känd ESBL-bärare? Nej, i dagsläget finns ingen avskrivning för ESBL. • När ska jag ta prov från urin vid screening för VRE? Endast om patienten har KAD • Vilka provtagningslokaler ingår alltid vid en MRSA-screening? Prov från näsa, svalg och perineum ska alltid vara med i MRSA-screening. 2020 -12 -06 28

Resurser • För information om våra analyser samt för information och remisser för prov som skickas vidare till andra lab så gå in på Provtagningsanvisningar. Du hittar lättast dit genom jordgloben i Take Care. • För information om vilka uppgifter som bör uppges på remissen se denna lathund som går bra att skriva ut. • Hör gärna av dig till mikrobiologen på telefon 92412. • Vid mindre brådskande ärenden går det också bra att maila till info. laboratoriemedicin@regiondalarna. se 2020 -12 -06 29

Blododling Nu följer en till modul om blododlingar – om du aldrig arbetar med blododlingar så kan du sluta här, fortsätt annars till nästa bild. Tack för din uppmärksamhet! Hör gärna av dig till mikrobiologen om du har frågor eller funderingar 2020 -12 -06 30

Blododling - beställning Syftet med blododlingen är att hitta bakterier och svampar i blodet. Om man misstänker jästsvamp eller en endokardit så måste det uppges på remissen, då flaskorna odlas under en längre tid. Uppge pågående eller planerad antibiotikabehandling då laboratoriet kan anpassa vilka antibiotika man resistenstestar mot. 2020 -12 -06 31

Blododling - förberedelser Desinfektera noggrant huden över insticksstället för provtagning med klorhexidinsprit. Tork/kompress ska vara genomblöt och gnuggas mot huden minst 5 sekunder. Låt sedan lufttorka i 30 sekunder så att spriten får tid att verka. Desinfektera även membranet till blododlingsflaskan under minst 5 sekunder och låt lufttorka. Kärlkatetrar så som CVK blir ofta koloniserade av bakterier, och om man tar blododling därifrån växer dessa bakterier, trots att de inte finns i blodet. Om man misstänker infektion utgående från kärlkatetern ska blododling tas både från katetern och ett nytt stickställe. - Detta för att minimera risken att bakterier från huden/utsidan av blododlingsflaskan följer med in i blododlingsflaskan och växer till, något som kan ge ett falskt positivt svar och leda till felaktig eller onödig antibiotikaanvändning. 2020 -12 -06 32

Blododling – provtagning Fyll flaskan upp till FULL-strecken Även vid allvarliga blodbaneinfektioner kan det ofta finnas ett litet antal bakterier i blodet. Ju mer blod man tar till odlingen desto större chans är det att man hittar dem. Det är därför viktigt att fylla flaskan upp till strecket och att så långt det är möjligt ta minst två flaskpar. Såhär kan stafylokocker i en blododling se ut i mikroskopet. 2020 -12 -06 33

Blododling - frågor Skriv ned dina svar på papper innan du går vidare till nästa bild där svaren finns. Du kan behöva använda provtagningsanvisningar för att hitta svaren. • Varför räcker det inte med att bara ta två blododlingsflaskor? • Hur ska man förvara blododlingsflaskorna om man inte genast kan skicka upp dem på lab? • Vad innebär differentialtid till detektion? Det här är blododlingsskåpen där blododlingsflaskorna matas in när de kommer upp på lab. De larmar sedan automatisk om det växer bakterier i flaskan. • Varför ska man fylla den aeroba blododlingsflaskan innan man fyller den anaeroba? 2020 -12 -06 34

Blododling - svar • Varför räcker det inte med att bara ta två blododlingsflaskor? Det kan ofta finnas små mängder bakterier i blodet och det är större chans att hitta dem om man tar fler flaskor med större mängd blod. • Hur ska man förvara blododlingsflaskorna om man inte genast kan skicka upp dem på lab? De ska stå i rumstemperatur. Bakterierna kan börja växa i flaskorna ändå, men det är viktigt att flaskorna ändå kommer till lab så snart som möjligt. • Vad innebär differentialtid till detektion? Vid misstanke om en infektion utgående från en CVK ska man ta en odling både från CVK: n och från ett perifert kärl. Flaskorna följs åt och tiden tills de detekteras som positiva mäts. Om odlingen från CVK: n blir positiv >120 min tidigare än den perifera odlingen talar detta för att infektionen utgår därifrån. • Varför ska man fylla den aeroba blododlingsflaskan innan man fyller den anaeroba? Luft kan finnas i tappningsslangen och genom att ta den aeroba flaskan först undviker man att den syrefria miljön i anaerobflaskan förstörs. 2020 -12 -06 35

Slut på utbildningen Tack för din uppmärksamhet! Hör gärna av dig till mikrobiologen om du har frågor eller funderingar 2020 -12 -06 36