TRAVAIL DE GENETIQUE Carte des QTL des Traits

TRAVAIL DE GENETIQUE Carte des QTL des Traits Fonctionnels dans la population bovine Holstein allemande Renson Julie Robat Cécilia Rondeaux Charlotte

INTRODUCTION -Importance croissante des caractères fonctionnels: -durée de vie productive -santé du pis -fertilité -Caractère fonctionnel: caractère utilisé en génétique pour augmenter l’efficience et diminuer le coût de production

INTRODUCTION - Corrélation génétique négative entre caractères de production laitière et les caractères fonctionnels - Possession de données subjectives ou même absentes pour ces caractères fonctionnels > utilisation de données indirectes - Héritabilité faible > progression difficile dans le domaine

INTRODUCTION - MAS (Sélection Assistée par marqueurs): certains QTL influencent les caractères de production laitière - QTL: emplacement au niveau du génome correspondant à un caractère quantitatif

ETUDES REALISEES - Recherche de QTL contribuants à la variation génétique concernants différents caractères fonctionnels: -facilité du vêlage -fréquence des avortements cliniques - TNR 90 j -durée de vie productive du troupeau -taux cellulaire du lait

ETUDES REALISEES -Mise en place d’un système de cartographie génétique -Etudes sur 16 familles avec liens de parenté (872 taureaux au total avec 54, 5 fils/famille) -Séquençage des autosomes (BTA) et des régions pseudoautosomales des chromosomes sexuels (BTA x/y)

ETUDES REALISEES -Détermination de l’ordre des marqueurs et des distances cartographiques pour analyser ces QTL -Etude de différents traits phénotypiques: -avortements cliniques(effet mère-effet veau) -dystocie( effet veau-effet mère) -TNR 90 j(effet père-effet mère) -caractères fonctionnels du troupeau -taux cellulaire du lait( données indirectes de la santé du pis)

ETUDES REALISEES -Carte QTL pour chaque caractère -Tests statistiques >détermination des QTL

RESULTATS QTL DYSd SCC DYSm. STIm 7 8 10 x x 18 x x/yp s x

RESULTATS QTL non confirmés 2 Durée vie productive SCC STId TNR 90 j -effet père -effet mère x 6 7 10 13 18 27 x/yps x x x x

RESULTATS -Pour 5 chromosomes( 7 -8 -10 -18 x/yps), + d’un QTL pour les caractères fonctionnels déterminés -DYS et STI sont très proches

DISCUSSION -Effet mère sur la difficulté de vêlage et les avortements cliniques: -QTL détecté au niveau de BTA 8 -au même endroit: QTL pour la taille et la stature de la mère >taille et stature de la mère ont un impact sur la mise bas du veau

DISCUSSION - Au niveau de BTA 8: locus à impact sur la force et largeur du bassin >affecte aussi la facilité du vêlage - DYSm et STIm sont très proches sur le BTA 8

DISCUSSION -Effet mère sur le TNR 90 j: -fertilité diminue si dystocie et mammites >QTL pour TNR 90 j sur BTA 18?

DISCUSSION -Effets directs sur difficulté vêlage et sur l’avortement clinique -QTL pour avortement sur BTA 6 -QTL pour la taille et caractère laitier aussi sur BTA 6 -QTL non confirmés: -STId sur BTA 6 -QTL pour le poids à la naissance sur BTA 6

DISCUSSION -SCC -QTL sur BTA 18 -QTL sur BTA 27 pour la résistance aux mammites et pour la profondeur du pis > corrélation importante avec le QTL pour SCC

DISCUSSION -Durée de vie productive -QTL sur BTA 2 et BTA 18 mais résultats variables car définition de la durée de vie productive non standardisée -QTL sur BTA 2 pour: -l’attachement du pis -la rapidité de la traite >corrélation entre vitesse de traite et attachement du pis et entre les mammites et SCC

DISCUSSION - Forte corrélation entre caractères du pis (attachement, profondeur) et durée de vie productive > + on a de mammites, plus la durée de vie productive est courte en raison d’une réforme précoce (corrélation locus pour SCC et durée de vie productive)

DISCUSSION En ce qui concerne la corrélation génétique négative et les caractères fonctionnels et les performances laitières, rien dans cette étude ne montre des “chevauchements” des QTL; DONC: pas de preuves de cette corrélation mais des études sont encore en cours

CONCLUSION -Mise en place du MAS: infos nécessaires sur la prévalence, la position et l’effet des QTL pour les caractères cibles -QTL non confirmés pour: -dystocie -avortements cliniques -TNR 90 j -SCC -durée de vie productive

CONCLUSION -5 chromosomes possèdent + d’un QTL pour les caractères fonctionnels -Corrélation entre caractères du pis et durée de vie productive dans le troupeau -Grâce à la détection des QTL, on va pouvoir utiliser la MAS pour la sélection génétique de ces carctères fonctionnels dans la population Holstein allemande

REMARQUE la MAS n’est bien sur pas appliquable pour toutes les exploitations vu les coûts et les contraintes requises. Son application doit dès lors être réservée au cheptel de grande valeur, comme les animaux de reproduction (IA ou saillie naturelle).

BIBLIOGRAPHIE -Kühn Ch, Bennewitz J, Reinsch N, Xu N, Thomsen H, Looft C, Brockmans GA, Schwerin M, Weimann C, Hiendleder S, Erhardt G, Medjugoras I, Föester M, Brenig B, Reinhardt F, Reents R, Russ I, Averdunk G, Blümel J, Kalm E. 2003. Quantitative Traits Loci Mapping of Functional Traits in the German Holstein Cattle Population. J. Dairy Sci. 86: 360 -368