TRANSKRIPCIJA TRANSKRIPCIJA RNAPOLIMERAZA n poput DNApolimeraza enzim koji
- Slides: 9
TRANSKRIPCIJA
TRANSKRIPCIJA RNA-POLIMERAZA: n poput DNA-polimeraza, enzim koji "bira" supstrate prema kalupu; sinteza u 5' 3' smjeru, klizi po kalupu u 3' 5'; procesivan enzim građen od više podjedinica n n inicija transkripcije: vezanjem -faktora terminacija: pomoću signalnog slijeda ili faktora
TRANSKRIPCIJA n NAZIVLJE LANACA: m. RNA kalup kodirajući lanac DNA n n lanac-kalup: lanac na osnovi kojeg se vrši sinteza lanca RNA; komplementaran novosintetiziranoj RNA kodirajući lanac: lanac jednak novosintetiziranom lancu RNA "uzvodno" - prema 5' kraju m. RNA ili kodirajućeg lanca "nizvodno" - prema 3' kraju m. RNA ili kodirajućeg lanca
ZADACI 1. Određene DNA-endonukleaze razgrađuju dvostruku zavojnicu DNA do mono- i dinukleotida, ali ne razgrađuju one dijelove DNA na kojima se nalaze vezani proteini. Kako biste konstruirali pokus u kojem biste odredili položaj promotora u fragmentu DNA koristeći DNA-endonukleazu i RNA-polimerazu? Da li ćete u reakcijsku smjesu dodati ribonukleozid-5'-trifosfate, supstrate RNA-polimeraze? 2. RNA-polimeraza ne posjeduje nukleazne aktivnosti DNApolimeraza. Navedite dva svojstva (dvije aktivnosti) koje posjeduje RNA-polimeraza, a DNA-polimeraze ih nemaju!
ZADACI 3. Slijed baza fragmenta dvolančane molekule DNA je: 5’ ATCGCTTGTACGGA 3’ 3’ TAGCGAACATGCCT 5’ Napišite slijed baza RNA koja nastaje ako je gornji lanac kalup za RNA-polimerazu. Kako se u tom slučaju naziva donji lanac? 4. Neka se niže navedeni segment dvolančane DNA transkribira s desna na lijevo 5’ ATTCGCAGGCT 3’ 3’ TAAGCGTCCGA 5’ Koji je lanac kodirajući? Napišite slijed baza m. RNA nastale transkripcijom tog segmenta.
ZADACI 5. Za očekivati je da analog 5’-ATP-a kojem nedostaje hidroksilna skupina na 3’ ugljikovom atomu riboze (3’-deoksi -5’-ATP) narušava sintezu RNA budući da ne može formirati fosfodiestersku vezu na 3’ položaju. Da li bi mogli iskoristiti navedeni analog ATP-a za određivanje smjera sinteze RNA? Objasnite kako biste to izveli.
ZADACI 6. Naveden je dio nukleotidnog slijeda rekombinantnog plazmida koji sadrži promotor za virusnu T 7 RNA-polimerazu i mjesta za cijepanje restrikcijskim endonukleazama Bam. HI i Eco. RI: 5’ATAGGGAGGAGGATTACCCCTCGAATTCGAGCTCGCCCGGGGATCCTC 3’ 3’TATCCCTCCTCCTAATGGGGAGCTTAAGCTCGAGCGGGCCCCTAGGAG 5’ m. RNA 5’ GGGAGGAGGAUUACCCCUCGAAUU 3’ Gornji lanac je kodirajući, a donji je kalup za sintezu RNA. Prvi nukleotid koji se transkribira označen je strelicom. a) Napišite slijed nukleotida RNA koji nastaje kada se prikazani fragment DNA pocijepa s Eco. RI, a zatim transkribira T 7 RNA-polimerazom. Palindromski slijed kojeg prepoznaje Eco. RI je G|AATTC
ZADACI b) Napišite slijed nukleotida RNA koji nastaje kada se prikazani fragment DNA pocijepa s Bam. HI, a zatim transkribira T 7 RNA-polimerazom. Palindromski slijed kojeg prepoznaje Bam. HI je G|GATCC 5’ATAGGGAGGAGGATTACCCCTCGAATTCGAGCTCGCCCGGGGATCCTC 3’ 3’TATCCCTCCTCCTAATGGGGAGCTTAAGCTCGAGCGGGCCCCTAGGAG 5’ m. RNA 5’ GGGAGGAGGAUUACCCCUCGAAUUCGAGCUCGCCCGGGGAUC 3’
ZADACI 7. Izolirana je molekula RNA koja posjeduje 3’–OH i 5’-fosfat. 5’ p. Np————————p. N-OH 3’ Koju informaciju vam daje taj podatak? 8. Navedite koji je glavni produkt alkalne hidrolize ribonukleotida p. Ap. G. Objasnite mehanizam alkalne hidrolize RNA.
