THLTLAB LIMS koulutuspilotointi Sirkku Valkama 23 1 2017

THL/TLAB LIMS koulutus/pilotointi Sirkku Valkama 23. 1. 2017

TLAB LIMS Koulutus/pilotointi Koulutuksen ja pilotoinnin sisältö o Yleistä projektista o Yleistä järjestelmästä o Perusprosessin läpikäynti: Projektit, tilaukset, näytteet, rekisterit • tarvitaanko näihin muutoksia o Tutkimukset • Parametrit, parametrilistat, testit, spesifikaatiot o Laskukaavat 3/6/2021 THL TLAB LIMS Koulutus 2

TLAB LIMS: Yleistä o Labvantage LIMS v. 8. 1. 3 -> v. 8. 2 o Testiversio ja tuotantoversio (tulossa) o Oracle-tietokanta • Tietokannan backup varmistettava o Linux-sovelluspalvelimet, joilla Labvantage pyörii • Käytetään selaimella (IE 11, Chrome, Safari) o Uudet kehityspiirteet ja virhekorjaukset kerätään kehityspaketteihin (KP). KP siirretään aina ensin testiin, josta testauksen jälkeen tuotantoversioon • Hallinnointiin JIRA o Kun suunnittelette ja toteutatte esim. uusia analyysejä ja testejä, aina ensin kannattaa varmistaa toimivuus testipuolella • Testauksessa tärkeä muistaa testata myös virhetilanteita, esim. käyttää tarkoituksellisia virhesyötteitä 3/6/2021 3

TLAB LIMS: Yleistä projektista Projektissa sovittu toteutettavaksi liittymät: o Järjestelmäliittymä Samwise-näytehallintajärjestelmään • testattavissa o LDAP-käyttäjäautentikointi • liittämättä -> yhteyshenkilö? o Laiteliittymät • • • Agilent GC 6890 / alkamassa Agilent 7800 ICP-MS Agilent HPLC 1260 Architect ci 8200 / tiedostopohjaisena testattavissa ehkä: Thermo Varioskan Flash o Tulosten raportointiin BO, raporttien sisältöä ei ole määritelty eikä kuulu projektiin 3/6/2021 4

TLAB LIMS: Yleistä, liikkuminen 3/6/2021 5

TLAB LIMS: Yleistä, liikkuminen o Metrokartan pysäkit ovat linkkejä eteenpäin – klikkaamalla ”tramstoppia” avautuu seuraava sivu tai toiminnallisuus o Listasivu • • Hakupalkki Järjestäminen (nouseva/laskeva) Ryhmittely Toimintopainikkeet o Ylläpitosivu • • 3/6/2021 Muokkaus, yksi tai useita kerrallaan Tietueiden valintajärjestys vaikuttaa ylläpitosivun tietueiden järjestykseen Matriisilomakkeella (useita tietueita kerrallaan) ei voi muokata tietueeseen liittyviä lisätietoja Voidaan valita aukeaako listasivun rinnalle vai tilalle 6

TLAB LIMS: Yleistä, liikkuminen • Nuoli yläkulmaan -painike: • Avautuu haku toisesta rekisteristä Voi myös kirjoittaa suoraan kenttään (jos vihreä ohut kehys) • Nuoli alas: Alasvetovalikko, tyypillisesti järjestelmässä ylläpidettävä valintalista (Reference Typ) • Kalenterivalinta: • Voidaan käyttää lyhenteitä n=now, t=today, t+1=tomorrow, t+7=next week, t-100 jne. • Linkit tietueisiin sinisellä • Pakolliset kentät keltaisella pohjalla/merkitty tähdellä* 3/6/2021 7

TLAB LIMS: Yleistä, liikkuminen o Edit Set Navigator 3/6/2021 8

TLAB LIMS: Yleistä järjestelmästä, käyttäjähallinta Järjestelmän käyttöoikeudet o Jokainen käyttäjä luodaan omaksi käyttäjäkseen (User) • LDAPin kautta salasanat o Käyttäjätyyppi (User Type) Full Concurrent User • Lisenssitiedosto määrää kuinka monta yhtäaikaista sisäänkirjautunutta sallitaan o Oikeudet operoida järjestelmässä perustuvat rooleihin (Roles), joita kootaan yhteen työtehtäväkokonaisuuksiksi (Job. Types) o Yhdellä käyttäjällä voi olla 1 -4 työtehtävää • Administrator, Lab. Manager, Analyst, Register. Admin 3/6/2021 9

TLAB LIMS: Yleistä järjestelmästä, käyttäjähallinta o Jokaiselle käyttäjälle tulee asettaa tarvittavat moduulioikeudet • System Admin -> Users -> Manage Modules o Uusi käyttäjä kannattaa luoda kopioimalla olemassaoleva, jolloin moduulivalintakin kopioituu 3/6/2021 10

TLAB LIMS: Yleistä järjestelmästä, käyttäjähallinta o Job. Type Administrator on tarkoitettu järjestelmän pääkäyttäjille • Vain tämä Job. Type sallii pääsyn järjestelmän System Admin Menu metrokartalle • Muualla täydet oikeudet o Job. Type Register. Admin pääsee ainoastaan Lab Admin Menu metrokartalle • Job. Typeilla Lab. Manager ja Analyst on pääsy Lab Admin Menuun, mutta ainoastaan tietojen katselumahdollisuus Tests ja Registers metroraiteista aukeavilla sivuilla. Add/Edit/Delete – toimintoja ei ole näkyvissä. 3/6/2021 11

TLAB LIMS: Yleistä järjestelmästä, käyttäjähallinta o LIMS Menu on järjestelmän pääsivukartta, joka avautuu aina kirjautuessa • Poikkeus: Register. Admin Job. Typella kirjautuessa aukeaa Lab Admin Menu • Lab. Managerilla ja Analystillä on erilaiset kombinaatit rooleja, jotka on kytketty toimintoihin tai tietoihin. Review-toiminto on mahdollinen vain Lab. Managerille. Ø Testatkaa ja kirjatkaa tarvittavat muutokset Lab. Managerille tai Analystille sallittuihin toimintoihin tai tietoihin o Käyttäjälle tallennetaan Default Job Type, jolla hän tavallisesti sisäänkirjautuu. • Jos käyttäjällä on monta työtehtävää, sen voi vaihtaa oikean alakulman valinnan kautta 3/6/2021 12

TLAB LIMS: Projektit ja tilaukset o Tutkittavien näytteiden tulee aina kuulua tiettyyn projektiin, sen tiettyyn tilaukseen. o Projektiin voi liittyä monta tilausta o Projektin tilat: Active, In. Active, Closed o Tilauksen tilat: Open ja Completed 3/6/2021 13

TLAB LIMS: Projektit ja tilaukset, liitteiden käsittely Liitteet = Attachments o Listasivuilla sarake ja liiteikoni-linkki o Muokkaussivulla Attachment-tab • Ylläpitoon Attachment Manager 3/6/2021 14

TLAB LIMS: Projektit ja tilaukset, liitteiden käsittely o Attachment Managerin kautta lisätään tai poistetaan liitteitä • Liitteiden muokkaustarve? Toimii vain IE. o Kaksi vaihtoehtoista liitteen tyyppiä • URL-linkki Ø Avaa ko. osoitteen • Upload&Store Ø Tiedosto valitaan esim. paikalliselta työasemalta tai verkkolevyasemilta, joihin pääsy Ø Tiedosto ladataan ensin välimuistiin Labvantage-palvelimelle ja sen jälkeen tallennetaan Labvantagen tietokantaan 3/6/2021 15

TLAB LIMS: Kansiot, kategoriat, Ad. Hoc-haku Kansiot / Folders o Kansio näkyy vain käyttäjälle itselleen o Työkalut, joilla nimetä kansio, poistaa jne. • Tietue voi olla monessa kansiossa yhtäaikaa • Kansion poisto ei poista tietueita, ainoastaan kansion itsensä Kategoriat / Categories o Kategoriat näkyvät kaikille, uusia voi lisätä • Kategorioiden poisto: System Admin Menu -> Configuration -> Categories o Tulossa Project, Request: • kategorioiden hallintatyökalu listasivulle, aukeaa listasivun painikkeesta List Control: Manage Categories • muokkaussivulle kategoriat näkyviin omalle tabille 3/6/2021 Ad. Hoc o Hakutyökalu, jolla käyttäjä voi itse laatia hakuja • • Voi aiheuttaa suorituskykyongelmia, jos liian laajaksi laadittu haku Sovitaan tämän käyttötavasta myöhemmin: voidaan rajoittaa vain Administratorin julkaisemiin hakuihin 16

TLAB LIMS: Näytteiden käsittely, kirjaaminen o Näytteiden luonti yleensä csv-tiedostosta • luodaan näytteet ennakkoon Samwise: n näytetunnuksien perusteella • Näytteet kirjautuvat näyte-eteiseen odottamaan vastaanottoa / Receive o Näytteiden luonti mahdollista myös käsin, jolloin apuna voi käyttää mallipohjia (Template) 3/6/2021 17

TLAB LIMS: Näytteiden käsittely, vastaanotto o Näytteiden kuittaus vastaanotetuiksi • Tieto, että näytteet ovat laboratoriossa • Samwise-liityntä täyttää saatavilla olevat näytetiedot (näytetyyppirekisterin vastaavuus!) o Viivakoodien luku • LV 8. 2 uusi Scan find and select • Edelleen käytettävissä nykyinen haku viivakoodin perusteella o Viivakooditarrojen tuottamistarve? • Bartender-integraatio? • Tarrapohjien teko • Tarrakirjoittimien asennus 3/6/2021 18

TLAB LIMS: Näytteiden käsittely, näytteiden tila Näytteiden tila vs. listasivut: o Listasivujen tarkoitus on jakaa näytteet työvaiheen mukaan helpommin löydettäviksi • Receive – Initial tai In. Progress, joilla ei ole vastaanottokuittausta • Manage – Received, In. Progress, Completed • Review – Completed • Historical – Reviewed, Disposed • Cancelled – Cancelled o Näytteiden raportointitieto ei ole erillinen tila. Näytteen voi raportoida usempaan kertaan. 3/6/2021 Huom. Samples Marked for Dispose – ei erillinen tila, vaan sivu listaa näytteet, joiden Disposal. Status on ‘Marked for Disposal’. Kun näyte on kuitattu hävitetyksi (Dispose Now), sen Disposal. Status päivittyy ‘Disposed’. 19

TLAB LIMS: Näytteiden käsittely, testit ja analyysit o Näytteille kirjattuja testejä ja analyysejä voi lisätä missä vaiheessa tahansa, ja poistaa jos tuloksia ei ole vielä syötetty. 3/6/2021 20

TLAB LIMS: Näytteiden käsittely, testit ja analyysit Tutkimusrekisteri muodostuu useasta osasta: o Parameter = mitattavat suureet, tutkittava muuttuja esim. Hb, Peak. Area, Abs, Chol o Parameter List, Analyysi = yhden analyysin tai esikäsittelyn perustiedot o Testi = yksi tai useita analyysejä, käytetään tutkimusten kirjaukseen näytteille o Units, Mittayksiköt, esim. µg/l o Menetelmä on analyysin lisätieto, esim. tekniikan kuvaus, viite standardimenetelmään o Spesifikaatiot, laadulliset raja-arvot o Limits, järkevyysrajat, muotoilurajat (LOD, LOQ) o Approval Types, analyysikohtainen hyväksyntä 3/6/2021 21

TLAB LIMS: Näytteiden käsittely, testit ja analyysit Tutkimukset näytteillä: Test -> Test (Workitem) Parameter. List -> Data Set / instanssinumero kertoo monesko saman parametrilistan toisinto (esim. uusinta) Parameter -> Data Item / voi olla monta replikaattia (Replicate) 3/6/2021 22

TLAB LIMS: Näytteiden käsittely, testit ja analyysit 3/6/2021 23

TLAB LIMS: Analyysit o Menetelmä vakiolauserekisterin avulla • Menetelmän valintamahdollisuus vakiolauserekisteristä: tunnistaa Method. Phrase tyyppiset fraasit (shortcut tai teksti) o Uusi parametrityyppi Final Result • Parametrityypillä on merkitystä, kun tuloksia raportoidaan • Raporttien laatijan on tiedettävä raportoitavat tulostyypit (BO Universessä) 3/6/2021 24

TLAB LIMS: Analyysit Muita tietoja analyysistä • Approval Type: edellytetäänkö analyysitason hyväksyntää. Hyväksyjällä oltava hyväksynnän salliva rooli (esim. Lab. Manager ok) • Modifiable: saako näytteelle lisättyä analyysiä muokata • Analyst Training Required/Overrides: edellytetäänkö järjestelmässä ylläpidettävää pätevyyttä ja saako sen tarvittaessa ohittaa. Käytännössä tarkistus toimii tulostensyötön yhteydessä. o Versiointi on käytössä 3/6/2021 25

TLAB LIMS: Analyysit Parametritason määrittely • Data: parametrin tunnus, tyyppi, tietotyyppi, rinnakkaiset, pakollisuus, oletusarvot • Display: desimaalit/merkitsevät numerot, yksikkö • Display Width, jos halutaan tulokselle normaalia suurempi tulostensyöttösolu • Transformation Rule, jos tarvitaan monimutkaisempia tuloksen muotoilusääntöjä • Reference: valinnat, jos tulos valitaan rekisteristä (SDC) tai valintalistalta (Reference Type), Calculation Rule, Instrument Field 3/6/2021 26

TLAB LIMS: Analyysit Parametritason määrittely • Manage • tarjoaa valmiit perusmäärittelyt yleisille laskennoille ja raja-arvoille • Limits • Näyttää koosteena raja-arvotiedot • Ylläpito joko Manage-toiminnolla tai Limits välilehdeltä alempaa • Uncertainty • Mittausepävarmuustetojen ylläpito • Aliases • Nimi (FIN) tai Nimi (ENG). Voidaan hyödyntää raportoinnissa. 3/6/2021 27

TLAB LIMS: Tulosten syötön toimintoja o Release/Unrelease • Kun tulos on syötetty, se tulee tallentaa mutta lisäksi “julkaista”, “vapauttaa” = Release • Laiteliittymien toiminnot säädetään laitekohtaisesti o Detail-elementti sisältää paljon hyödyllistä informaatiota o Notes-toiminnot • Tulosten syötössä vakiolauseen oltava Result. Phrase-tyyppinen • Näytesivuilta Phrasetyyppinen 3/6/2021 28

TLAB LIMS: Tulosten syötön toimintoja o Uusinnat • Vaihtoehtoina uusia testi / Retest tai datasetti / Remeasure • Retest toimintoon vaikuttaa testin määrittely Force New • Voi lisätä rinnakkaisia / Add Replicate o Peruutus • Datasetin voi perua / Cancel, jos se on parametrilistarekisterissä merkitty sallituksi perua • Varo, jos tuloksia käytetty laskennoissa! 3/6/2021 29

TLAB LIMS: Tulosten syötön toimintoja o Report Operation • Datasettien merkitseminen eiraportoitaviksi • Jos tehty toistoja, joiden tulokset tasa-arvoisia keskenään, käyttäjän on valittava niistä raportointiin käytettävä tulos • Uusintatoiminnoilla luodut datasetit merkitään taustalla automaattisesti uusintatiedoin. Tietoa voi hyödyntää raportoinnissa. 3/6/2021 30

TLAB LIMS: Laskukaavat Tulosten syöttö: painike Data entry -> Calculation Report • Parametrilista LDL-Chol, alkuperäinen laskukaava: 3/6/2021 31

TLAB LIMS: Laskukaavat • Parametrilista LDL-Chol, korjattu laskukaava: Ø Laskukaavasta puuttui viittaus parametrilistaan, jolta parametria haetaan Ø Laskukaavan rakentamisen apuna kannattaa käyttää Param Helper, Paramlist. Helper työkaluja kaavaeditorissa 3/6/2021 32

TLAB LIMS: Laskukaavat Syntaksi [SDI|PL; PLV; Var; DS|P; PT; R; DI] SDI = SDI Reference = Yksi rivi tietokantataulussa esim. näyte S-16 -0000171 PL = (Parameter List) Analyysi PLV = (Parameter List Version) Versio Var = (Parameter List Variant) Variantti DS = (Data Set Number) Instanssi (monesko analyysi näytteellä) P = (Parameter) Parametri PT = (Parameter Type) Parametrin tyyppi R = (Replicate) Rinnakkainen DI = (SDIData. Item Column) Jokin tietty kenttä Hb parametrien keskiarvo: avg( [#|#; #; #; #|Hb; Raw Value; *; #] ) => avg( [Hb; Raw Value; *] ) • = Kaikki # = Sama • Huom! Kaavaeditorissa numerot on annettava käyttäen desimaalipistettä 3/6/2021 33

TLAB LIMS: Spesifikaatiot 3/6/2021 34

TLAB LIMS: Spesifikaatiot Jos spesifikaatio on oikein rakennettu o tulos itsessään vaihtaa väriä. Jos Pass -> vihreä, jos Warning -> oranssi ja jos Fail -> punainen o tulostensyöttönäkymissä joissa nimessa ’. . with Specs’ näytetään spesifikaatiorajat, jos rajat ovat yksiselitteiset (samaan tulokseen voi kohdistua useampi Spec jolloin näyttäminen tässä suoraan ei mahdollista): o tulostensyöttöön voi avata alas Detail-näkymän, jossa rajat näytetään Limits-välilehdellä o näytelistasivulla symboli, jossa värisymbolit spesifikaatiosta 3/6/2021 35

TLAB LIMS: Spesifikaatiot 3/6/2021 36

TLAB LIMS: Spesifikaatiot 3/6/2021 37

TLAB LIMS: Rekisterit o Näytetyypit / Sample Types • Liittyy Samwise-järjestelmään, joten huolehdittava näiden pysymisestä synkronissa keskenään o Vakiolauseet / Phrases • Shortcut ja teksti ovat haettavissa, kun täytetään • parametrilistan menetelmä / Method. Phrase • Näytteen Notes / Phrase • Tulokset / Result. Phrase 3/6/2021 38

TLAB LIMS: Rekisterit o Reagenssit / Reagents • Tästä jatketaan seuraavalla kerralla… 3/6/2021 39