Tema 1 Bsquedas bibliogrficas en bases de datos

Tema 1 Búsquedas bibliográficas en bases de datos Fran González Universidad de Salamanca Búsquedas bibliográficas

Etapas de una búsqueda bibliográfica 1. Elegir las bases de datos adecuadas 2. Desglosar la pregunta de investigación en palabras clave 3. Combinar las palabras clave correctamente (AND, OR, NOT) y tomar precauciones para no perder palabras claves equivalentes (ej. array, microarray, biochip) 4. Usar filtros adecuados para encontrar un número de citas más ajustado (Human, All child (0 -18 years), Clinical Trials, etc) Búsquedas bibliográficas

Bases de datos generalistas Entidad (Empresa) Base de datos NCBI Medline (National Center Biotechnology) Acceso a través de: http: //www. ncbi. nlm. nih. gov/pubmed (Pub. Med) Cumulative Index to Nursing and Allied Helath Literature CINAHL http: //bibliotecas. usal. es WEB OF SCIENCE FECYT Bibliotecas de la Universidad de Salamanca Current Contents IPA (International Pharmaceutical Abstratcs (Ovid)) http: //bibliotecas. usal. es SCOPUS SCINCE DIRECT (ELSEVIER) OVID Búsquedas bibliográficas EMBASE (Medline + 1800 rev. ) http: //www. sciencedirect. com/ http: //www. embase. com

Bases de datos bibliográficas • Generalistas • Especializadas Búsquedas bibliográficas

Bases de datos especializadas en Medicina Basada en la Evidencia (1/2) Portal Cochrane (español) Base datos Cochrane plus Acceso a través de: http: //www. cochrane. es (Centro Cochrane Iberoamericano) Cochrane (Inglés) (Cochrane collaboration) Evidence. Matters (Pago) Wolters Kluver (Pago) Búsquedas bibliográficas Cochrane library Evidence. Matters Wolterskluwerhealth http: //www. cochrane. org/ http: //www. evidencematters. com http: //www. wolterskluwerhealth. com/

Bases de datos de Medicina Basada en la Evidencia (2/2) Portal Clinical Evidence in BMJ Centre for Reviews and Dissemination Centre for evidence based medicine NHS Evidence (UK) Critical Appraisal Skills Programme Español Trip Database Búsquedas bibliográficas Base datos Acceso a través de: Clinical Evidence http: //www. clinicalevidence. com CRD http: //www. york. ac. uk/inst/crd CEBM NHS Evidence CASPE Trip http: //www. cebm. net https: //www. evidence. nhs. uk/ http: //www. redcaspe. org/ http: //www. tripdatabase. com/

Elegir las bases de datos adecuadas Búsquedas bibliográficas

¿Qué es Medline? • Es la base de datos electrónica de citas bibliográficas de la U. S. National Library of Medicine. • Fue creada en 1971 a partir de varios índices médicos ya existentes en papel (Index Medicus (1879), Index to Dental Literature, etc. ). • Indexa citas desde 1966 hasta la fecha, con un total de aproximadamente 27 millones de referencias hasta Agosto 2017. • En la actualidad captura 600000 citas al año de más de 4800 revistas en 30 idiomas. • Contiene principalmente trabajos de investigación en Medicina, Farmacia, Biología, Salud Pública, etc. • Reside en el NCBI (National Center for Biotechnology Information) Búsquedas bibliográficas

¿Cómo es Medline? • Cada registro de Medline es la cita bibliográfica de un artículo científico publicado en una revista. • El proceso de indexación de los artículos se hace en base a una tabla que recoge en diferentes “campos” (columnas de la tabla) las características de los artículos: campos PMID registros Autores Título Revista Año Volumen páginas MESH 1243456 Smith F “Study on re. . ” Int. J. Biochem 2006 25 234 -245 Epistaxis ------ ------ Búsquedas bibliográficas

¿Cómo se accede a Medline? Hay varios sitios e interfaces de acceso Incluye: Pub. Med (Gratuito) Old Medline (1950 -1965) Pre. Medline (indexados inicialmente) Medline (1966 - fecha) Publisher Supported (Artículos en prensa) Buscador excelente Muchas referencias con texto completo Para cada referencia muestra “referencias relacionadas” Guarda búsquedas en My. NCBI http: //www. ncbi. nlm. nih. gov/pubmed Medline (OVID) Incluye: (Suscrito por USAL) Old Medline (1950 -1965) Pre. Medline (indexados inicialmente) Medline (1966 - fecha) http: //bibliotecas. usal. es/ Buscador bueno Medline (Wo. S) (Suscrito por USAL) Búsquedas bibliográficas Incluye: Old Medline (1950 -1965) Pre. Medline (indesados inicialmente) Medline (1966 - fecha) Buscador bueno http: //bibliotecas. usal. es/

Página de inicio de Pub. Med Ejecuta búsqueda Caja para escribir los términos en “Búsqueda básica” Abre la pantalla de “Búsqueda avanzada” Ayudas Búsquedas específicas: por autor, por clínica. . Búsquedas por MESH, ensayos clínicos…… Búsquedas bibliográficas

Búsqueda basica en Pub. Med Filt ers Demasiadas Búsquedas bibliográficas

Módulo 1 Eligiendo los filtros (Customize) Búsquedas bibliográficas

Búsqueda básica en Pub. Med (escribiendo palabras en la caja de búsqueda) Nota previa: Pub. Med no distingue entre mayúsculas y minúsculas • Por términos o palabras claves leukemia imatinib microarrays Pubmed hace un “mapeo” interno optimizando la búsqueda: ("leukaemia"[All Fields] OR "leukemia"[Me. SH Terms] OR "leukemia"[All Fields]) AND ("imatinib"[Substance Name] OR "imatinib"[All Fields]) AND microarrays[All Fields] (este “mapeo” interno se puede ver en pestaña “ Search Details”) • Por nombre del autor Bardsley WG Sin signos de puntación (no vale Bardsley, W. G. ) Vale con una inicial o sólo apellido: Bardsley W o Bardsley Si apellido es palabra reservada MESH: Gene[Author] • Por revista Búsquedas bibliográficas J Biol Chem Journal of Biological Chemistry

Búsquedas en Pub. Med (algunas estrategias generales) • Uso de “comillas” Fuerza la búsqueda de la frase entera como está escrita: “Philadelphia chromosome” • Conviene usar “guiones” cuando la palabra se escriba así: Marine-aquaculture • Uso de truncamientos mediante signo Bacter* * : (cogería: bacteria, bacterias, bacterium, bacteriophage, etc. ) (importante para capturar singulares y plurales pero puede ser peligroso y encontrar citas excesivas) Búsquedas bibliográficas

Ejemplo de búsqueda básica Filt ers • Una búsqueda básica del fármaco DASATINIB arroja 1291 citas. • Son excesivas y se impone delimitar la búsqueda usando algún filtro. Búsquedas bibliográficas

Uso de filtros para acotar una búsqueda en Pub. Med Búsquedas bibliográficas

Formas de listar las referencias (“Format” y “Sort by”) Búsquedas bibliográficas

Listado en formato “Abstract” 1 2 3 Búsquedas bibliográficas

Presentación en formato “Abstract” de solo 1 referencia seleccionada Related citations Búsquedas bibliográficas

Opciones de “guardar como” (“send to”) Salva un archivo que importaremos al gestor Ref. Works Búsquedas bibliográficas

Búsquedas en Pub. Med (combinación de palabras claves) • Uso de operadores booleanos AND OR NOT • El uso de paréntesis es muy recomendable: (atovaquone AND proguanil) OR (Malarone) AND (malaria) AND (prophylaxis OR prevention) (los operadores se suelen escribir con mayúsculas ) Búsquedas bibliográficas

Búsqueda avanzada en Pub. Med Búsquedas bibliográficas

Resultados búsqueda avanzada anterior Búsquedas bibliográficas

Búsqueda avanzada (aprovechando “historia”) Búsquedas bibliográficas

Búsqueda avanzada (aprovechando “historia”) Búsquedas bibliográficas

Búsquedas específicas en Pub. Med • Buscar citas concretas (Single citation matcher) • Buscar por términos médicos MESH (MESH base) • Buscar por aspectos clínicos (Clinical queries) • Buscar ensayos clínicos en curso (Clinical trials) Búsquedas bibliográficas

Búsqueda de citas concretas (Single citation matcher) Búsquedas bibliográficas

Resultado del “Single citation matcher” anterior Búsquedas bibliográficas

Búsqueda por términos médicos Me. SH (1/4) • Por términos MESH (búsqueda por conceptos médicos estandarizados y jerarquizados) nosebleed epistaxis Búsquedas bibliográficas

Búsqueda por términos MESH (2/4) Se escribe término deseado: Por ej. nosebleed Búsquedas bibliográficas

Búsqueda por términos MESH (3/4) Aparecerá esta pantalla: Se marca algún subheading (e. g. mortality) Pulsar en Add search builder Pulsar en Search Pub. Med Búsquedas bibliográficas

Búsquedas por términos MESH (4/4) Aparecerá el listado de referencias Búsquedas bibliográficas

consultas Búsqueda por aspectos clínicos (“Clinical queries”) 1/2 Búsquedas bibliográficas

Búsqueda por áreas clínicas (“Clinical queries”) 2/2 Búsquedas bibliográficas

Búsqueda por ensayos clínicos en curso (“Clinical trials”) 1/4 Búsquedas bibliográficas

Búsqueda por ensayos clínicos en curso (Clinical trials) 2/4 Resultados búsqueda imatinib Búsquedas bibliográficas

Búsqueda por ensayos clínicos en curso (Clinical trials) 3/4 Búsquedas bibliográficas

Búsqueda por ensayos clínicos en curso (Clinical trials) 4/4 Imatinib AND Salamanca Búsquedas bibliográficas

Como guardar búsquedas de Pub. Med usando el botón “Send to” o “create alert” Búsquedas bibliográficas

El “guardar” desde Pub. Med es “send to” Búsquedas bibliográficas

Para guardar búsqueda en My. NCBI con el botón “Create alert” Búsquedas bibliográficas

Botón “create alert ” (Guardar) Todo esto se guarda en My. NCBI Búsquedas bibliográficas

Primero darse de alta en “My. NCBI” Búsquedas bibliográficas

Búsquedas bibliográficas

Gestores de citas bibliográficas (Programa Ref. Works) Búsquedas bibliográficas

Gestores de citas bibliográficas (Programa Ref. Works) 1) Darse de alta dentro WIFI USAL (gratis) 2) Crear carpetas 3) Importar citas Búsquedas bibliográficas

Incorporando citas a un documento (MS Word y Ref. Works a la vez: Write-N-Cite) Búsquedas bibliográficas

Incorporando citas a un documento (Documento definitivo (guardar con otro nombre) Búsquedas bibliográficas

Haciendo la bibliografía de forma automática con Ref. Works Bibliografía Able. Bits (2008) Add-in tools for excel. WWW document. URL: http: //www. ablebits. com/about-us. php. ASTERIAS (2008) Applications for the analysis of genomic data. WWW document. URL: http: //asterias. bioinfo. cnio. es/. Bardsley, W. G. (2009) SIMFIT statistical package. university of manchester (U. K. ). WWW document. URL: http: //www. simfit. man. ac. uk. Bax, L. , Yu, L. M. , Ikeda, N. & Moons, K. G. (2007) A systematic comparison of software dedicated to meta-analysis of causal studies. BMC Medical Research Methodology, 7, 40. Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995) Controlling the false discovery rate: A practical and powerful approach to multiple testing. J. R. Statis. Soc. B. 57, 289300. Breitling, R. & Herzyk, P. (2005) Rank-based methods as a non-parametric alternative of the T-statistic for the analysis of biological microarray data. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 3, 1171 -1189. Breitling, R. , Armengaud, P. , Amtmann, A. & Herzyk, P. (2004) Rank products: A simple, yet powerful, new method to detect differentially regulated genes in replicated microarray experiments. FEBS Letters, 573, 83 -92. Búsquedas bibliográficas

Estrategia global para manejar citas bibliográficas Búsquedas bibliográficas

Estrategia para manejar bibliografía Pub. Med (Medline) Imatinib AND microarray* My. NCBI Búsqueda_Imatinib(21 -9 -08) Ref. Works Word + Ref. Works Búsquedas bibliográficas Citas_Imatinib_trabajo. doc

Sitios web de interés en Farmacia Búsquedas bibliográficas

SITIOS WEB DE INTERES EN FARMACIA Europa Medicines Agency Agencia Española del Medicamento http: //www. ema. europa. eu/ http: //Agencia Española del Medicamento/ U. S. Food and Drug Administration http: //www. fda. gov/ Ministerio de sanidad y consumo http: //www. msc. es/ Consejería de Sanidad Castilla y León http: //www. saludcastillayleon. es/es Organización Mundial de la Salud (OMS) http: //www. who. int/es/ Vademecum http: //www. vademecum. es/ Portalfarma http: //www. portalfarma. com/ Correo farmacéutico Bandolier (Evidence Based Med. ) Búsquedas bibliográficas http: //www. correofarmaceutico. com/ http: //www. medicine. ox. ac. uk/bandolier//

Gracias Búsquedas bibliográficas