Structure determination by NMR principles Data acquisition Spectra

Structure determination by NMR principles Ø Data acquisition Ø Spectra process Ø Ø xwinnmr、nmrpipe、nmrview Assignment Ø Data Analysis Ø Structure determination Ø Ø Insight. II、Xplor Ø Structural analysis Ø Procheck、Molmol

Structure determination and analysis Steps : 1. How to Run X-PLOR 2. Starting Structure 3. PSF file

Structure determination and analysis 1. How to Run X-PLOR程式在各個主機的路徑如下： Hybrid : /disk 2/programs/xplor BTK : /disk 3/programs/xplor Biosym : /disk 2/programs/xplor

Structure determination and analysis 欲執行X-PLOR� 只需在自己帳號下的. cshrc file 內加入下列 script。 以hybrid為例： alias Xplor '/disk 2/programs/xplor/Xplor. exe' 在 unix 環境下鍵入 Xplor <input_filename> output_filename &

Structure determination and analysis 在 unix 環境下鍵入 Xplor <input_filename> output_filename & input_filename : 執行檔，這些檔案通稱為 input file，其檔名皆 為 *. inp。(Ex. sa. inp、psf. inp、average. inp、refine. inp…) output_filename : X-PLOR可將 input file 執行的狀況寫入另一 檔案內，以便了解問題所在，此檔案稱為output file� 我習 慣命名為 *. out & : 此記號可將此次作業轉為幕後執行，並給你執行序號。 終止幕後執行的指令是：kill 執行序號

Structure determination and analysis 2. Starting Structure Insight 97

Structure determination and analysis 2. Starting Structure – way 1 n 1. 先按住左上角msi的mark, 選 Biopolymer, 便出現如上 圖之視窗 n 2. Residue --> Append Enter the Molecular Name choose the Residue (from N-terminal to C-terminal) choose the way to append (we choose "Extended". )

Structure determination and analysis n 3. Protein Cap C-terminus COO- 、N-terminus NH 3 <註> 給N和C端正確的帶電性及原子數 n 4. Modify Hydrogens Set_p. H = 7. 0 Capping_Mode Charged <註> 給Sidechain正確的帶電性及原子數 n 5. Molecule Put File Type XPLOR Mulecule Name

Structure determination and analysis 2. Starting Structure – way 2 n 文字指令指令內容：build. log n 執行方式：File Source File ，choose build. log

Structure determination and analysis 2. Starting Structure – way 2 n build. log #Running: /disk 2/msi/970/irix 6 m 3/biosym_exe/insight. II #Log Created: Tue May 26 17: 56: 06 1998 # #Insight II Version 97. 0 - Molecular Modeling System m: Biopolymer m: Append Residue test ALA Extended r: Append Residue test LEU Extended r: Append Residue test SER Extended m: Cap Protein TEST C_Terminus COO- N_Terminus NH 3 m: Hydrogens TEST set_p. H 7 -Lone_Pairs Charged -Assign_IUPAC_Names m: Put Molecule XPLOR TEST test. pdb -Transformed -XPLOR_PSF

Structure determination and analysis 3. PSF file n PDB File ：定義蛋白質結構的空間座標 n PSF File (Protein Structure File：記錄所有原子的電性, 質量 和各個鍵結及鍵角等資料。 指令：Xplor <psf. inp> psf. out &

Structure determination and analysis n psf. inp linux下鍵入 vi psf. inp ，內容如下 topo @topallhdg. pro end para @parallhdg. pro end segment name=" " chain @toph 19. pep coor @cap. D. pdb end end coor @cap. D. pdb end write structure output=cap. D. psf end stop

Structure determination and analysis n Trouble Shooting： TEST： 將所有TEST刪掉。 ALAN：將ALAN改為 ALA。 HN 1：將HN 1改為 HT 1。 HN 2：將HN 2改為 HT 2。 HN 3：將HN 3改為 HT 3。 SERC：將SERC改為 SER。 OXT：將OXT改為 OT 1。 O：將O改為 OT 2。 END： 將END刪掉。