Sla dit Power Point bestand nu eerst onder

  • Slides: 10
Download presentation
Sla dit Power. Point bestand nu eerst onder je groepsnaam op (rechtsklik>End Show, dan:

Sla dit Power. Point bestand nu eerst onder je groepsnaam op (rechtsklik>End Show, dan: File>Save As) Opdracht 1 1 Om DNA te knippen en te kunnen bekijken in een agarose-gel, knipt men veelal een paar honderd nanogram DNA met een paar units restrictie-enzym in 10 tot 25 microliter van een (voor het enzym optimale) bufferoplossing. Onderstaande zes pipetteerschema’s zijn bedoeld voor de volgende knipreactie: 0, 5 microgram DNA moet worden geknipt met 5 u Eco. R I in een volume van 20 microliter (Eco. R I heeft Buffer 1 nodig voor optimale werking). De hieronder afgebeelde schema’s 1 t/m 6 zijn niet allemaal correct. . Welke van de schema’s is/zijn wél goed voor het inzetten van deze reactie? (zie ook Info over de gebruikte eenheden) Vul je antwoord in op je antwoordformulier.

2 Hulp bij Opdracht 1 • Hoe zat het ook alweer met die eenheden

2 Hulp bij Opdracht 1 • Hoe zat het ook alweer met die eenheden en afkortingen? Terug naar Opdracht 1? Klik hier.

Opdracht 2 3 Zie hieronder een onvolledig kaartje (links) van een fictief plasmide en

Opdracht 2 3 Zie hieronder een onvolledig kaartje (links) van een fictief plasmide en een nep-gelfoto (rechts) met het bandjespatroon van digesties daarvan. Bekijk de twee onderstaande afbeeldingen, probeer ze te begrijpen en vind uit, welke van de herkenningsplaatsen I t/m IV in het kaartje geknipt kunnen worden door welke van de restrictie-enzymen x, y en z. Op welke van de posities 01 t/m 08 in de gel bevinden zich fragmenten a, b, c en d (of combinaties daarvan). Invullen in op je antwoordformulier. (z) (x) (y)

Over p. BR 15 p. BRl 15 DNA, het recombinante plasmide dat gecontroleerd moet

Over p. BR 15 p. BRl 15 DNA, het recombinante plasmide dat gecontroleerd moet worden, is opgestuurd door een bevriende onderzoeker. Het is een recombinant plasmide: een klein, circulair DNA uit een bacterie, met een stukje DNA van een ander organisme, in dit geval een bacterie-virus (een bacteriofaag Lambda) , erin. De collega meldt ons: “het kleine Eco. RI - Bam. HI fragment in p. BR 322 is vervangen door het Eco. RI (positie 26104) - Bam. HI (positie 27972) - fragment uit Lambda” en vermeldt ook nog, dat hij niet helemáal zeker weet of het opgestuurde DNA inderdaad het juiste is. Wij zijn daar mooi klaar mee. . We moeten dus controleren of de DNA-oplossing, die we gekregen hebben inderdaad p. BR 15 DNA bevat. Dat doen we door dit DNA te knippen met de drie restrictie-enzymen, die we tot onze beschikking hebben: Bam. H I, Eco. R I en Pst I. Van zowel het plasmide p. BR 322 als de bacteriofaag Lambda is de hele basenvolgorde bekend, en dus ook alle restrictie-enzym-herkenningsplaatsen, die erin voorkomen. Reken uit, nu je weet hoe p. BR 15 in elkaar gezet is, en m. b. v. de informatie op de volgende dia’s, - hoe groot het p. BR 15 plasmide is, - wáar de Eco. R I, de Bam. H I en de Pst I herkenningsplekken in dat plasmide zitten, en hoevér van elkaar. Deze informatie bij elkaar vormt een restrictie-kaart van het plasmide, en kan als een plaatje weergegeven worden. 4

Info over p. BR 322 Nog even ter herinnering: over p. BRl 15 was

Info over p. BR 322 Nog even ter herinnering: over p. BRl 15 was het volgende vermeld: “het kleine Eco. RI - Bam. HI fragment in p. BR 322 is vervangen door het Eco. RI (positie 26104) - Bam. HI (positie 27972) - fragment uit Lambda” Restrictiekaartje van p. BR 322 met de posities van de Bam. H I, Eco. R I en Pst I herkenningsplaatsen: 5

Info over Lambda DNA Nog even ter herinnering: over p. BRl 15 was het

Info over Lambda DNA Nog even ter herinnering: over p. BRl 15 was het volgende vermeld: “het kleine Eco. RI - Bam. HI fragment in p. BR 322 is vervangen door het Eco. RI (positie 26104) - Bam. HI (positie 27972) fragment uit Lambda” Bacteriophage Lambda DNA omvat 48502 baseparen, en is lineair. Het bevat de volgende Bam. H I, Eco. R I en Pst I herkenningsplaatsen: 5 Bam. H I knipplaatsen: op posities 5505 22346 27972 34499 41732 5 Eco. R I knipplaatsen: op posities 21226 26104 31747 39168 44972 28 Pst I knipplaatsen: op posities 2560 2824 3629 3644 3860 4374 4713 4913 5124 5218 5686 8524 9617 9781 11767 11839 14298 14385 16085 16235 17394 19837 20285 22425 26932 32009 32256 37005 6

Opdracht 3 Gebruik de info van de vorige dia’s om zelf een schetsje te

Opdracht 3 Gebruik de info van de vorige dia’s om zelf een schetsje te tekenen van p. BRl 15. Doe aan de hand van je schetsje het volgende: Reken uit en vul verder in (op je antwoordenformulier) : wáar zitten wélke knipplaatsen, als we plek I (zie hieronder) een Pst I plaats laten zijn. Vul II t/m IV in: I = Pst I herkenningsplaats (hp) II = Eco. R l hp III = Pst l hp IV = Bam H l hp Vul lengtes (aantal baseparen) in a = 3332 b = 654 c = 827 of 1041 d = 1041 of 827 7

Opdracht 4 Welk bandenpatroon verwacht je van je digesties, die je op dit moment

Opdracht 4 Welk bandenpatroon verwacht je van je digesties, die je op dit moment in hebt staan? “Teken” de DNA-bandjes in de gel hiernaast: Ga over naar Edit. View (rechtsklik>End Show). Gebruik onderstaand witte rechthoekje (uit Autoshapes>Basic. Shapes>Rectangle) om “bandjes” te maken in de gelfoto (laan 8 is al ingevuld; zie voor de groottes van de markerfragmenten je infoblaadje). Ctrl-sleep het blokje om een nieuw bandje te maken; Shift-sleep om gemakkelijk precies horizontaal of verticaal te slepen. . Vergeet niet tussendoor je wijzigingen op te slaan! Vergeet niet, na het maken van de “bandjes”, deze presentatie op te slaan, en ga dan de ingevulde gel foto van hiernaast vergelijken met die van een paar andere groepjes, en zorg ervoor dat jullie het eens worden over de correcte voorspelling …. Ga dan een foto maken van je échte gel en vergelijk die met de 8

9 Je p. BR 15 digestie Voor als je je infoblaadje niet bij de

9 Je p. BR 15 digestie Voor als je je infoblaadje niet bij de hand hebt: Even ter herinnering: als het goed is, heb je je gel “geladen” met de volgende knipreactiemengsels: (B = Bam. H I, E = Eco. R I, P = Pst I) ( x = geknipt met) 1. p. BR 15 x B 2. p. BR 15 x E 3. p. BR 15 x P 4. p. BR 15 x BE (= geknipt met Bam. H I én tegelijk met Eco. R I 5. p. BR 15 x BP 6. p. BR 15 x EP 7. p. BR 15 x BEP 8. Een mengsel DNA fragmenten van bekende grootte en hoeveelheid (is al afgebeeld op de in te vullen gel. . ) 9. Terug naar opdracht 4

Tijd over? Als je tijd over hebt, kun je hieronder een restrictiekaartje van p.

Tijd over? Als je tijd over hebt, kun je hieronder een restrictiekaartje van p. BR 15 tekenen, zoals in dia Opdracht 3, maar deze keer op de juiste schaal… (zorg, dat je via View>Toolbars>Drawing onderaan je scherm de attributen om te kunnen tekenen beschikbaar hebt) 10