SISTEMATIKA BAKTERI Sistematika ilmu yang mempelajari keanekaragaman mahluk

SISTEMATIKA BAKTERI

Sistematika? ilmu yang mempelajari keanekaragaman mahluk hidup serta hubungan kekerabatan antar sesamanya

KAJIAN SISTEMATIKA Taksonomi ilmu yang mempelajari teori klasifikasi yang mencakup dasar, prinsip serta aturan klasifikasi. Klasifikasi • praktek taksonomi yaitu proses penataan organisme ke dalam suatu kelompok (takson) berdasarkan hubungan kemiripan (similaritas) atau hubungan kekerabatan (evolusioner). Identifikasi • proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan Tata Nama • cara pemberian nama ilmiah mahluk hidup menurut kode tatanama

SEJARAH KLASIFIKASI MAKHLUK HIDUP Aristoteles (mid 1800 -san) • Plantae • Animalia E. Haeckel (1866) • Plantae • Animalia • Protista E. Chatton (1937) • Prokaryotae • Eukaryotae R. H Whittaker (1969) • Plantae Fungi • Animalia Monera • Protista

SEJARAH KLASIFIKASI MAKHLUK HIDUP Carl Woess (1978) • Bakteria • Archaea • Eukarya Carol J Bult (1996) • sequencing genom Methanococcus janashii (Arkhaea) Solomon (1999 -2002) • Plantae • Animalia • Protista Fungi Bacteria Archaea

DASAR KLASIFIKASI (KARAKTER) § Aristoteles ( 400 SM – 1800 -an) kenampakan morfologi luar § E. Haeckel (1866) morfologi (mikroskopis) dan fisiologi § E. Chatton (1937) struktur organisasi interna sel (prokaryotik & eukaryotik) § R. H. Whittaker (1969) a. organisasi internal sel b. Nutrisi c. struktur d. organisasi selular § Carl. Woese (1978) molekul RNA ribosomal (biologi molekular) 16 S r. RNA (Arkhaea & Bakteria) 18 S r. RNA (Eukarya)

SISTEM KLASIFIKASI FENETIK berdasarkan kemiripan sifat FILOGENETIK berdasarkan hubungan evolusi

DASAR (Pendekatan) SISTEM KLASIFIKASI Klasifikasi klasik monotetik Klasifikasi numerik-fenetik- politetik Klasifikasi kimiawi (khemotaksonomi) Klasifikasi molekular (taksonomi molekular) Taksonomi polifasik

KLASIFIKASI DAN HIERARKI TAKSONOMIS Domain Eukarya Dunia Plantae Phylum Anthophyta Classis Monocotyledoneae Ordo Familia Genus Species Commelinales Poaceae Zea mays Bakteria Proteobacteria Gamma Proteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae Salmonella S. dysenteriae Arkhaea Crenarcheota Thermoprotei Sulfolobales Sulfolobaceae Sulfolobus Slf. Metallicus

KONSEP SPESIES Nomenspecies share the same type strain Taxospecies similarity index 70 (numerical taxonomy) Genospecies genetic exchage Genomic species DNA relatedness value 70%

KLASIFIKASI Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology ( ed, 8, 1978) Kingdom Divisio Ordo Familia Genus Spesies : Procaryotae : Cyanobacteria : akhiran - ales : akhiran - aceae : : Contoh: Ordo Familia Genus Spesies : Actinomycetales : Mycobactericeae : Mycobacterium tuberculosis

NOMENCLATURE (TATA NAMA) § International Code of Bacterial Nomenclature (Sneath, 1992). § Sistem binomial nama spesies terdiri dari dua kata § Bahasa Latin atau diperlakukan sebagai bahasa Latin § Nama genus diawali dengan huruf kapital Bacillus § Penunjuk spesies ditulis dengan huruf kecil subtilis § Nama spesies Bacillus subtilis

NUMERIC TAXONOMY • Taksonomi numerik menunjukan suatu persamaan, kemiripan dan perbedaan • Karekteristik bakteri seperti yang tersebut dibawah ini: 1. Jaccard similarity coefficient (Sj) menyatakan sifat yang positif saja. 2. Simple matching coefficient (SSM) menyatakan sifat positif atau negatif 3. Koeffisien – koefisien tersebut menggambarkan persentase sifat-sifat yang sama diantara organisme -organisme

Strain Species • biakan murni bakteri yang tersusun dari kelompok bakteri yang merupakan keturunan bakteri dari satu isolat. • Contoh: Staphylococcus aureus strain Oxford, merupakan bakteri standard untuk keperluan di laboratorium • Bakteri mengandung strain-strain (galur) mikroorganisme yang sifat-sifatnya secara garis besar sama tetapi memiliki perbedaan-perbedaan. • Biovar (Biotip) merupakan strain yang dipilih sebagai strain yang terbaik untuk mewakili satu spesies, meskipun strain biovar tidak dapat memperlihatkan semua sifat strain-strain dalam satu spesies, • Untuk menemukan bentuk-bentuk tertentu pada variasi strain digunakan penentuan subspesies seperti serotip (serovar), pathotip (phatopar), morphotip (morphovar), fagatip (phagophar)

Identifikasi • Spesies suatu jenis mikroorganisme yang sudah ditentukan. • Spesies bakteri ini ditentukan berdasarkan: 1. Sifat-sifat struktural 2. Sifat-sifat biokimia dan kebutuhan akan nutrisi 3. Sifat-sifat fisiologisnya 4. Sifat Ekologi 5. Komposisi basa DNA, Homolog dan sifat-sifat genetik

Identifikasi Struktural • • • Bentuk Besar Cara pergerakan Reaksi tehadap pewarnaan Pertumbuhan koloni pada media pembiakan Biokimia • Produk akhir metabolisme • Susunan biokimia komponensel dan metabolit-metabolitnya Fisiologi • • Oksigen Temperatur p. H respons terhadat zat-zat antibakteri

9 PHYLUM BAKTERI • • • Aquiflex Cyanobacteria Chlorobi Proteobacteria Firmicutes Actinobacteria Chlamidae Spirochaetes Bacteriodetes

Aquiflexa § Aquiflexa terdiri dari 2 genus Aquiflex and Hydrogenobacter § Anggota Phylum ini memperoleh energi dari hdrogen melalui jalur chemolithotropic

Cyanobacteria • bakteri yang dapat melakukan fotosintesis secara aerob Chlorobi • bakteri yang dapat melakukan fotosintesis secara anaerob

Proteobacteria § kelompok besar bakteri gram negative § Terdiri dari 5 Class, 400 genus, 1300 species § Class dalam Proteobacteria : ü Alphaproteobacteria ü Betaproteobacteria ü Gammaproteobacteria ü Deltaproteobacteria ü Epsilonproteobacteria

Firmicutes § kelompok bakteri gram positif § memiliki jumlah G+C yang rendah (<60%) § Plasmid exchange across species and genera of this phyla § dibagi dalam 3 Class: Clostridia, Mollicutes, Bacilli

Anggota Class Mollicutes adalah bakteri yang tidak mampu menyintesis Peptidoglikan dan tidak memiliki dinding sel yaitu Mycoplasma, Ureaplasma, dll Anggota Class Bacilli § genus Bacillus § Lactobacillus § Streptococcus § Lactococcus § Enterococcus § Staphylococcus, dll Anggota Class Clostridia: § genus Clostridiium § Desulfotomaculatum

Actinobacteria § Actinobacteria : merupakan kelompok bakteri gram positif yang memiliki G+C dalam jumlah besar. § Meliputi genus Actinomyces, Streptomyces, Corynebacterium, Micrococcus, Mycobacterium, Propionibacterium § Chlamidiae : phylum kecil yang hanya terdiri dari genus Chlamydia Chlamidiae § phylum kecil yang hanya terdiri dari genus Chlamydia

Chlamidiae

Penyebab TBC dan Lepra

Spirochaetes § memiliki karakteristik sel yang fleksibel, berbentuk heliks, dengan modifikasi membran luar dan flagella § Anggota kelompok ini adalah genus Treponema, Borrelia dan Leptospira Bacteroidetes meliputi genus Bacteroides, Flexibacter dan Cytophyga Flavobacterium,

Spirochaetes Flavobacterium

TERIMA KASIH