Shell Equipe ID Bioinformatics Training Course June 2014

Shell z. Le shell est le langage de commande standard du système UNIX z. Bourne shell z. Korn shell z. C-shell z. Bash-shell.

Shell Scripts $ more example. sh #!/bin/bash while true do cat somefile > /dev/null echo. done File example. sh must have executable rights bash example. sh. /example. sh

Shell n Interprété n Vrai langage de programmtion : test, itérations, récursion, variables, environnement, alias, variables typées, opérateurs logiques, arithmétiques et binaires, variables locales, gestion des tâches, historique et édition des commandes

Shell : variables n Identificateur n n n Valeur : toujours une chaine de caractères Opérateur d’affectation : « = » Evaluation d’une variable : n Affichage de la valeur d’une variable : Une suite quelconque de : - lettres minuscules ou majuscules - chiffres - _ (underscore) - ne commençant pas par un chiffre $variable echo $variable

Shell : compléments syntaxiques n Commentaire # la fin de la ligne est ignorée n Les commandes doivent être séparées par des retours chariot ou des points virgules n Séparateur implicite du shell = caractère espace

Shell : redirection des entrées-sorties n Entrée commande > fichier commande 1> fichier Associe le fichier au descripteur 1 (implicitement) commande 2> fichier # erreur redirigée vers fichier commande >&2 # stdout associé à stderr commande 2>&1 # stderr associé à stdout n Ex : commande 2>/dev/null 1>&2 commande 1>/dev/null 2>&1

Shell : saisie n Commande << EOF n Ex: # la commande lit l’entrée standard jusqu’à la reconnaissance d’une ligne constituée de la chaîne EOF Cat > compile << FIN if [ $# -ne 2 ] ; then exit 1 fi if [ -r $1 ] then cc $1 –o $2 -0 ; size $2 else exit 2 fi FIN

Shell : lecture de la valeur d’une varaible dans un script shell n Lecture de la valeur d’une variable : read Variable 1 …. Variablen Val 1 … Valn Vali est liée à Variablei n Protection des variables préalablement readonly Variable 1 …. Variablen

Shell : délimiteurs de chaines de caractères 'chaine' : la chaîne est prise littéralement sans substitution n "chaine" : la chaîne est prise littéralement après substitution des caractères $ (évaluation des variables) et . n ‘commande`: la chaine complète est remplacée par la valeur de la commande (la sortie standard de celle-ci). n

Shell : délimiteurs de chaines de caractères (exemple) x=toto echo $x toto echo ' $x echo " $x " toto X=pwd echo $x pwd echo " $x = ‘$x` « pwd=/usr/vous

Shell : évaluation des variables n n n $var : valeur de var; rien si var indéfinie ${var} : idem ${var: -val} : valeur de var si définie, val dans le cas contraire; var inchangée ${var: =val} : valeur de var si définie, val dans le cas contraire; var devient val si indéfinie ${var: ? message} : valeur de var si définie, sinon la valeur de message est affichée et le shell se termine ${var: +val} : valeur de var si définie, rien sinon.

Shell : visibilité des variables n Les variables sont locales à un shell n Les variables du père ne sont pas implicitement transmises à ses fils (export) n Le fils ne peut pas modifier les variables du père.

Shell : l’environnement de l’utilisateur n Certaines variables sont initialisées au début de la session par le shell luimême qui exécute deux commandes : /etc/profile $HOME/. profile (ou $HOME/. bashrc) n ENV

Shell : principales variables d’environnement n n n n HOME : répertoire initial PATH : chemin de recherche des exe (login) TERM : le type de terminal MAIL : la boite aux lettres SHELL : le type de shell LOGNAME : nom de connexion HISTSIZE : le nombre de lignes d’historique PWD : le répertoire courant

Shell : paramètres de procédure La valeur des paramètres est transmise à la procédure de la façon suivante : $0 : le nom de la procédure $i : le ième paramètre $* : la liste de tous les paramètres $# : le nombre paramètres fournis à la procédure n Opérateurs liés aux paramètres : shift[n] : décale de n positions vers la gauche la liste des paramètres et décrémente $# de n set paramètres : range de nouveaux paramètres dans l’environnement n

Shell : paramètres de procédure (exemple) set ‘who am i` echo "Utilisateur : $1 " echo " Terminal : $2 " echo " Connexion : $4 $3 $5 "

Shell : case n Le choix multiple : case <chaine> in <constante>) <liste de commandes>; ; … esac La constante peut-être de la forme : constante 1| constante 2 | … |constante. N

Shell : case (exemple) # la commande « qui » avec la date en français set ‘who am i` echo "Utilisateur : $1 " echo "Terminal : $2 " case $3 in Jan) m=Janvier; ; Feb) m=Fevier; ; … Dec) m=Decembre; ; esac echo " Connexion : $4 $m $5 "

Shell : for <var> in <chaine 1> … <chaine. N> do <liste de commandes> done for <var> in $* do <liste de commandes> done Exemple : #affichage des arguments de la ligne de commande for arg in $* do echo $arg done

Shell : expr n La commande expr : effectue des opérations sur les expressions passées en paramètre chaque paramètre est une expression ou un opérateur Opérations arithmétiques entre chaînes numériques : + - / * % n Opérations de comparaions : = != < > <= >= n n Sélection d’expression expr 1 | expr 2 vaut expr 1 si non nul et n’est pas une chaine vide, expr 2 sinon expr 1 & expr 2 vaut expr 1 si mes 2 expressions ne sont ni nulles ni vides, 0 sinon

Shell : autres variables n Autres variables initialisées par le shell numéro du processus courant Numéro du dernier processus background Code retour de la dernière commande exécutée n Le code retour d’une liste de commande est le code retour de la dernière commande de la liste $$ $! $? 0 : OK !=0 : Problème Ce code retour peut être utilisé dans les structures de contrôle à la manière d’un booléen Initialisation explicite du code retour dans uns sipt shell exit : le code retour de la procédure sera celui de la dernière commande exécutée avant exit n exit valeur : le code retour de la procédure sera valeur

Shell : if L’alternative : if if <expression> then <liste de commandes> else <liste de commandes> fi n Exemple : if cc _0 *. c then pack *. c else rm *. o fi

Shell : || et && Exécution conditionnelle : || et && Pour éviter l’usage explicite du if n Exemple : rm xx ls –l xx || echo Echec ls –l xx && echo Reussite echo Reussi || ls –l xx echo Pas de la && ls –l xx

La commande test n La commande test permet : n 2 formes D’exprimer des conditions sur des fichiers D’effectuer des comparaisons Test expression [ expression ] n Le résultat d’un test 0 si la condition est remplie et différente sinon. En shell, 0 est équivalent à vrai

La commande test n Conditions sur des fichiers n Comparaison de chaines expr option nom option : -f : vrai si nom est un fichier -d : vrai si nom est un répertoire -r : vrai si nom est un fichier lisible -w : vrai si nom est un fichier modifiable -x : vrai si nom est un fichier exécutable string 1 = string 2 string 1 != string 2 -n string égalité inégalité vraie si longueur de string != 0

La commande test n Comparaisons nmériques n Connecteurs logiques ! : non -a : and -o : or ( … ) : pour associer des expressions n 1 -eq n 2 -ne -lt -ge vrai si n 1 = n 2 vrai si n 1 != n 2 vrai si n 1 < n 2 vrai si n 1 >= n 2

Shell : while et until n While : tant que la condition est vraie while <expression> do <liste de commandes> Done n Until : itération tant que la condition est fausse until <expression> do <liste de commandes> done