Scientific computing in Biology Scientific Computing G Valle
Scientific computing in Biology Scientific Computing G. Valle, Padova, 19. 12. 2007 Padova – 19. 12. 2007
La biologia è una materia complessa Scientific Computing Padova – 19. 12. 2007
L’approccio “riduzionistico” L’approccio riduzionistico ci consente di semplificare lo studio della biologia Scientific Computing Padova – 19. 12. 2007
Un organismo biologico ha un programma L’informazione genetica è nel DNA ed è essenzialmente un programma di autoreplicazione Lo studio della biologia ha molte affinità con l’ingegneria inversa (reverse engineering) … 1: Leggere l’informazione 2: Annotare le diverse parti 3: Separare dati e logica, quando possibile 4: Cercare di capire il funzionamento delle parti e dell'insieme Scientific Computing Padova – 19. 12. 2007
Systems biology e circuiti di regolazione genica Scientific Computing Padova – 19. 12. 2007
Leggere l’informazione genetica: il sequenziamento del DNA Scientific Computing Padova – 19. 12. 2007
Scientific Computing Padova – 19. 12. 2007
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Cosa facciamo a Padova ? Scientific Computing Padova – 19. 12. 2007
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Grape genome Genome sequencing Udine: Genome assembly Padova: Gene prediction and annotation Scientific Computing Padova – 19. 12. 2007
Nicola Vitulo Alessandro Albiero Claudio Forcato Alessandra Bilardi Davide Campagna Ivano Zara Erika Feltrin Chiara Rigobello Elisa Caniato Micky Del Favero Prof. A. Sperduti Scientific Computing Padova – 19. 12. 2007
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CUDA compatible GPU cards as efficient hardware accelerators for Smith-Waterman sequence alignment Manavski and Valle, BMC-Genomic, in stampa Scientific Computing Padova – 19. 12. 2007
Silvio Tosatto e Stefano Toppo Scientific Computing URL: http: //protein. bio. unipd. it/ Padova – 19. 12. 2007
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Hardware disponibile Diversi server che operano in ambiente Unix tra i quali 1 server quadriprocessore Opteron con 16 Gby RAM 4 server con 4 Gby RAM 1 server con quadriprocessore Intel con 2 schede GPU Nvidia 8800 Un cluster di circa 16 computer (U 1) ospitato al CRIBI e condiviso con il gruppo Toppo/Tosatto Alcuni terabytes di disco Scientific Computing Padova – 19. 12. 2007
End Scientific Computing Padova – 19. 12. 2007
Dove sono le istruzioni per il montaggio ! … e le informazioni per l’uso ? Scientific Computing Padova – 19. 12. 2007
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