RNAseq Jie Li Cellranger Step 1 wget O
- Slides: 10
单细胞 RNA-seq 分析 Jie Li
Cellranger 安装 • Step 1. 下载安装包 wget -O cellranger-4. 0. 0. tar. gz "https: //cf. 10 xgenomics. com/releases/cell-exp/cellranger 4. 0. 0. tar. gz? Expires=1597429741&Policy=ey. JTd. GF 0 ZW 1 lbn. Qi. Olt 7 Il. Jlc 291 cm. Nl. Ijoia. HR 0 c. HM 6 Ly 9 j. Zi 4 x. MHhn. ZW 5 vb. Wljcy 5 jb 20 vcm. Vs. Z WFz. ZXMv. Y 2 Vsb. C 1 le. HAv. Y 2 Vsb. HJhbmdlci 00 Lj. Au. MC 50 YXIu. Z 3 oi. LCJDb 25 ka. XRpb 24 i. Onsi. RGF 0 ZUxlc 3 NUa. GFu. Ijp 7 Ik. FXUzp. Fc. G 9 ja. FR pb. WUi. Oj. E 1 OTc 0 Mjk 3 NDF 9 f. X 1 df. Q__&Signature=DEa 71 Hwypi. U 8 kt. Ec-Qy 4 CIc 33 n. Tq 05 Qa 31 THEAy 7 FIs. BS 6 bd. Q 1 p. C 3 iyt~nr. TUf. Cf 0 j. X 9 Ty. Mzouw. GVh. Oa 1 INHb 6 T 43 Zc. Rjt. WRQv. Od. Ai 8 Cwk. Lnsu 6 -ps. T~e. Dxtnl. Fk. MGj. ADm. Y 2 tt. G 7 Rp. UIi. G 5 QTy. Nkm. DE 9 n 2 j. S 8 w. Teb. Ey. Zka. G~VVE 31 ot. MK-s 9 myt 6 Wp 8 BWs. NJmy. Iq 6451 wc. N~CU 60 t. ZTTdg. ZPXOKhs. Mpvpl. Ir. U 9 Go. UJH 73 -N 5 i 1 Ph. UMok 64 GZlsmti 02 U 48 Xwg 5 OKEpg 9 o. Ry. Jy 3 XA 05 PJKZAOLku 1 Yzsa. XL 5 amh. OSYYe. Ff 2 w. Mg. DBHs. RWIf. O 4 Cw. LTUVru. Uodj. ERw__&Key-Pair-Id=APKAI 7 S 6 A 5 RYOXBWRPDA"
Cellranger 构建索引 • 1. 官网下载（人，小鼠的索引） 下载网址：https: //support. 10 xgenomics. com/single-cell-geneexpression/software/downloads/latest
Cellranger 定量 运行命令： cellranger count --id=sample --transcriptome=/xx/ AT --fastqs=/xxx/fastq_path --localcores=8 --localmem=64 参数解释： id：样本名（唯一性） transcriptome：上一步创建的索引的目录名 fastqs：下机数据的目录 localcores：内核 localmem：内存 其它参数可以参考： https: //support. 10 xgenomics. com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/count
Cellranger 定量 结果：
