Real time PCR Taqman Probe 1 5 reporter

Real time PCR – Taqman Probe 1) 5’ 말단은 reporter 형광 dye, 3’ 말단은 quencher 형광 dye로 수식한 oligonucleotide를 이용 2) Annealing step에서 주형 DNA 에 특이적으로 결합하나, Probe 상의 Quencher에 의해 형광 발색 억제(FRET 현상) 3) Extension step에서 Taq pol (5’->3’ exonuclease)에 의해 형광 발현

SLAN real time PCR system Reagents Pre-treatment solution 1 Pre-treatment Solution 2 DNA Extraction Buffer 2 X PCR mixture TB/NTM primer/probe mixture TB/NTM Positive Control TB/NTM Negative Control

SLAN real time PCR system

결 과 판 독 기준 양성 판정 기준 CT 값 TB 35 cycles NTM 35 cycles Internal Control 35 cycles

결과해석 MTB complex NTM Interpretation 1 No CT negative 2 CT값 < 35 No CT TB complex infection 3 No CT CT값 < 35 NTM infection 4 CT값 < 35 “NTM CT값 – TB CT값” ≤ 0 TB & NTM co-infection 0 < “NTM CT값 – TB CT값” TB Complex

결과해석 1 TB complex NTM Interpretation 1 No CT negative 2 CT값 < 35 No CT TB complex infection 3 No CT CT값 < 35 NTM infection 1. Negative 2. TB complex infection 3. NTM infection

결과해석 2 4 TB complex NTM CT값 < 35 Interpretation “NTM CT값 – TB CT값” ≤ 0 TB & NTM co-infection 0 < “NTM CT값 – TB CT값” TB Complex infection 4 -1. TB & NTM infection 4 -2. TB complex infection TB complex - IS 6110을 특이적으로 증폭 NTM & TB complex - rpo. B 유전자를 특이적으로 증폭

Real-time PCR 결과 비교 (SLAN vs Cobas Taqman)

방 기간: 2008년 10월 건수: 132건 대상 – Cobas Amplicor – Cobas Taqman – SLAN 검체 – Sputum: 87건 – Body fluid: 34건 – 그 외: 11건 법

결 과 건수(%) TB NTM No growth/ negative 배양 9 (6. 8) 1 (0. 8) 122 (92. 4) Cobas Amplicor 6 (4. 5) NA 126 (95. 4) Total 132(100) Cobas Taqman 14 (10. 7) NA 118 (89. 3) SLAN 10 (7. 6) 1 (0. 8) 121 (91. 6) * NA : Not Available

결과해석 Cobas Taqman 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 SLAN 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 배양 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Cobas Amplicor 1 2 3 4 5 6 AFB Smear + + + - - 10 20 - - - Cobas Taqman : 32. 4 SLAN : 25. 6 CT값 - 30 SLAN : 25. 7 40 50 Cobas Taqman : 43. 0 -