QMMM A QMMM Interface between CHARMM and TURBOMOLE
QM/MMインターフェイスに関する論文について • いくつかの論文が知られている。 – A QM-MM Interface between CHARMM and TURBOMOLE: Implementation and Application to Systems in Bulk Phase and Biologically Active Systems M. J. Loferer, H. H. Loeffler, K. R. Liedl, J. Comput. Chem. 24, 1240 (2003) • • • 印刷： 6/6/2021 Introduction Methods – 教科書的なQM/MMの説明。 Implementation – 簡単にほとんど文章だけで説明。 Results and Discussion – 水二量体・水とイオン・リンク原子のある系・遷移金属のある系について。 – B 3 LYP、AM 1などと実験値（安定構造の形やエネルギー）との比較。 Study of Chemical Reactions in Condensed Phase: The Menshutkin Reaction – メンシュトキン反応がこの論文の主題か？ Summary 3
– The Implementation of a Fast and Accurate QM/MM Potential Method in Amber R. C. Walker, M. F. Crowley, D. A. Case, J. Comput. Chem. 29, 1019 (2008) • • • 印刷： 6/6/2021 Introduction Capabilities of the Code The Hybrid QM/MM Potential QM/MM Long Range Electrostatics QM/MM Generalized Born The QM/MM Boundary – 多くの式と文章とフローチャートを用いて、Amberの実装に関わる理論を詳しく説明。 Energy Conservation and Testing – 文章は長くはないが、表を大きく使ってさまざまな分子についてテストしている。 Performance Conclusions and Planned Development 5
qm 2_energy() qm 2_get_qm_forces() エネルギーの計算 力の計算 qm 2_gaussian_energy() qm 2_gaussian_forces() エネルギーにコア-コアエネルギーを加える end エネルギーに生成熱を加える peptide_cor r . true. ペプチド結合に関する補正 qm 2_get_qmmm_forces() 力の計算 qm 2_gaussian_get_qmmm_forces() end 印刷： 6/6/2021 end 8
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