Proteine SR Famiglia di fattori di splicing che

Proteine SR § Famiglia di fattori di splicing che hanno uno o due RRM seguito da un dominio RS

Mutazioni possono alterare lo splicing samesense mutation

Proteine SR § Possono legare gli enhancer di splicing (ESE) e interagire con altre componenti dell’apparato di splicing

Ruolo dele proteine SR

Definizione dell'esone

Mutazioni possono alterare lo splicing

Transcription termination • RNA polymerase I terminates transcription at an 18 base terminator sequence. • RNA polymerase III terminates transcription in poly(U)4 sequence embedded in a G·C-rich sequence. • In pol II transcripts the sequence AAUAAA is a signal for cleavage to generate a 3 end of m. RNA that is polyadenylated.

RNA polymerasi II termination • The reaction requires a protein complex that contains a specificity factor, an endonuclease, and poly(A) polymerase. • The specificity factor and endonuclease cleave RNA downstream of AAUAAA. • The specificity factor and poly(A) polymerase add ~200 A residues processively to the 3 end.

Fosforilazione della coda CTD Watson et al. , BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S. p. A. Copyright © 2005

Fosforilazione della coda CTD Watson et al. , BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S. p. A. Copyright © 2005

“Fabbrica dell’RNA” (RNA factory) • Interdipendenza trascrizione e modificazioni post-trascrizionali • Pol II senza CTD inibisce splicing, terminazione e poliadenilazione • CPSF e Cst. F legano il CTD • CPSF si trova associato a TFIID

Splicing del gene Dscam Watson et al. , BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S. p. A. Copyright © 2005

Complessità genoma-proteoma • Percentuale di geni con splicing alternativo varia tra 35 e 59 • Il gene Dscam di Drosofila (recettore per la guida degli assoni) contiene 95 possibili esoni che fanno splicing alternativo per un totale di 38000 isoforme proteiche possibili • Il 15% delle mutazioni che causano malattie genetiche provocano difetti di splicing

Watson et al. , BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S. p. A. Copyright © 2005

Watson et al. , BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S. p. A. Copyright © 2005

tra sxl dsx

Alternative splicing • Specific exons may be excluded or included in the RNA product by using or failing to use a pair of splicing junctions. • Exons may be extended by changing one of the splice junctions to use an alternative junction. • Alternative splicing may depend on SR proteins or specific factors

Ruolo della poliadenilazione alternativa • stabilità dell'm. RNA • localizzazione dell'm. RNA • espressione di proteine diverse • regolazione della traduzione

Figure 2. Regulation of Immunoglobulin Expression Low affinity binding of Cst. F to the upstream ms site is indicated by a hatched pattern.

Scelta del sito di poliadenilazione • Sequenze cis-agenti che definiscono il sito di taglio • Concentrazione o attività dei fattori costitutivi di poliadenilazione • Espressione di fattori specifici di poliadenilazione e fattori di splicing

Poro nucleare • Il complesso del poro nucleare (NPC) è grande 125 MDa (66 MDa in lievito) • 2000 NPC nei vertebrati (200 in lievito) • NPC è composto da circa 1000 proteine di 30 -50 tipi diversi (di ciascuna almeno 8 copie) • Molecole fino a 9 nm (30 -40 k. Da) diffondono liberamente attraverso l’NPC • Molecole fino a 25 nm vengono attivamente trasportate attraverso l’NPC

Substrato Carrier

Transport through the nuclear pores • The NLS and NES consist of short sequences that are necessary and sufficient for proteins to be transported through the nuclear pores. • Transport receptors have the dual properties of recognizing NLS or NES sequences and binding to the nuclear pore. • The direction of transport is controlled by the state of the monomeric G protein, Ran. • The nucleus contains Ran-GTP, which stabilizes export complexes, while the cytosol contains Ran-GDP, which stabilizes import complexes. • The mechanism of movement does not involve a motor.