Protein Yaps Analizi Protein aileleri Protein lokalizasyonu protein

Protein Yapısı& Analizi

Protein aileleri Protein lokalizasyonu protein Protein fonksiyonu Gen ontolojisi(GO): --hücresel komponent --biyolojik süreç --moleküler fonksiyon Fiziksel özellikler

Protein domain, motif & yapılar

Tanımlar Signature-İşaret: • domain veya motif gibi bir protein kategorisi (protein ya da ailesinin tanımlayıcı özelliği) • Protein motifleri α-helikslerin ve/veya β zincirlerin • tekrar organize olmaları ile oluşan yapılardır; genelde sekonder yapıların olası agregatları, (Helix-loophelix, Coiled coil, Helix bundle, βαβ unit Hairpin unit, Hairpin, β Meander Greek key Meander, Greek key, β Sandwich) Protein domainleri büyük proteinlerdeki farklanan bölgelerdir ve birbirlerinden bağımsız olarak katlanırlar(Yapıdan bağımsız üniteler)

Domain tanımı Inter. Pro -EBI (http: //www. ebi. ac. uk/interpro/): Tek başına veya diğer domainlerle-tekrarlarla birlikte bulunan bağımsız yapısal birim, Domainler evrimsel açıdan ilişkilidirler. SMART (http: //smart. embl-heidelberg. de): Belirgin ikincil yapıyla birlikte korunmuş yapısal birime ve hidrofobik çekirdeğe domain denilmektedir. Ortak fonksiyona sahip homolog domainler genellikle dizi Bezerliği gösterirler.

15 sıklıkla görülen domainler (insan) Zn finger, C 2 H 2 tipi Immunoglobulin EGF-like Zn-finger, RING Homeobox Pleckstrin-like RNA-binding region RNP-1 SH 3 Calcium-binding EF-hand Fibronectin, tip III 300 PDZ/DHR/GLGF Small GTP-binding protein BTB/POZ b. HLH Cadherin 1093 protein 1032 471 458 417 405 400 394 392 280 261 236 226

Protein domainlerinin çeşitleri Bir proteinin boyunca uzanan domain Bir protein dizisinin belirli bir bölümünü oluşturan domainler Bir ya da birden fazla bulunan domainler

Domain örnekleri: Methyl Cp. G binding protein 2 (Me. CP 2) MBD TRD Bu protein bir tane methylated DNA bağlanma domain (MBD) ve bir tane de transcriptional repression domain (TRD) sahiptir. Me. CP 2 transkripsiyonel baskılayacıtranscriptional repressor. Me. CP 2 deki bir mutasyon Rett Sendrom denilen ve daha çok kızları etkileyen nörolojik bir hastalığa neden Olur.

Me. CP 2 blastp sonucu: Farklı proteinler methyl-binding domain içermektedir.

Proteinler hem domainlere hem de motiflere sahiptir. Motif Domain (aspartyl protease) Motif Domain (reverse transcriptase)

Can find Uni. Prot accession number within Gen. Bank Entry Human hemoglobin subunit beta NP_000509

The Swiss. Prot entry for any protein provides highly useful information…