PROPIEDADES DE CIDOS NUCLEICOS Transferencia de material gentico

PROPIEDADES DE ÁCIDOS NUCLEICOS Transferencia de material genético II

DNA n n La extensión de DNA que tiene cada organismo no es la misma. El DNA a pesar de su extensión tiende a formar una estructura helicoidal compacta.

Estructura del DNA n n n Doble hélice Estabilizada por puentes de hidrógeno En la célula generalmente superempacada o superenrollada

Conformaciones de un plásmido n n n Linealizado: Es decir cuando se ha cortado ambas cadenas del DNA sólo una vez. Parcialmente linealizado: Cuando se ha cortado el DNA en una de las cadenas DNA relajado circular. DNA que no se ha empacado. Superenrrolado: Covalentemente cerrado y muy empacado Superenrollado desnaturalizado. Parecido al anterior pero un poco menos empacado

Superenrollamiento plásmido n n Existen varias conformaciones de los plásmidos en el estado superenrollado. Por lo que pueden migrar en un campo eléctrico de manera muy diferente cada uno a pesar de tener el mismo peso molecular

DNA se puede desnaturalizar n n n El calor, p. H, la concentración de iones, influyen en la estabilidad de la doble hélice. En la desnaturalización se deshace su estructura nativa, es decir se eliminan sus puentes de hidrógeno. Dos hebras separadas que se pueden volver a unir.

Temperatura de fusión: Tm n n Temperatura a la cual el 50% del DNA se encuentra en la forma desplegada. Al monitorear su absorbancia a 260 nm se observa que hay un aumento en está conforme alteramos o despegamos la doble hélice EFECTO HIPERCRÓMICO

Plásmido n Determinación de concentración

Plásmido n n Determinación de pureza Determinación de integridad (corrimiento electroforético)

COMO SE SEPARAN LAS DIFERENTES FORMAS DEL PLÁSMIDO EN UN GEL?

Supercoiled: the normal state of plasmids inside coli cells. Carefully done preps contain mostly supercoiled plasmid. These run faster on a gel than the cut linear plasmid fragment. Nicked plasmid: results from damage to the supercoiled DNA resulting in loss of supercoiling. Often this is nicking a single strand. Runs more slowly than a linear DNA of the same length. Produced by ligating DNA into a circular plasmid when the vector has been treated with CIP or SAP. Relaxed or covalently closed DNA: Can be produced by using topoisomerase I enzyme acting on supercoiled plasmid DNA. This is the form produced on ligating DNA into a circular plasmid. Runs at a similar speed as nicked plasmid. Linear DNA: result of double strand nick or restriction enzyme cutting of supercoiled or relaxed plasmid. Denatured plasmid: strands are not paired over the full length. Runs more slowly than linear or relaxed plasmid.