Project Materials Studio project Materials Visualizer 1 D

一. 生成一个Project 目的: 介绍Materials Studio 中 project 概念 模块: Materials Visualizer 1. 建立一个新文件夹D: MS teach class 1 2. 运行 Materials Studio，生成名称为My quickstart 的Project 在桌面双击快捷方式 或从运行菜单中运行：所有程序 Accelrys Materials Studio 4. 4 Materials Studio

这样就产生了新的 Materials Studio project，开始了Materials Studio 运行 选择此文件夹存放数据 写入My quickstart 生成了名称为My Quickstart 的Project

这个 3 D Viewer 显示通常的 zeolite Theta-1 单胞。 文件 TON. xsd 是Project Explorer 中My quickstart project 的一部分。注意文件的扩展名已由. msi 变为. xsd， 这是 3 D 结构的 XML-based native Materials Studio 格式。 msi ?

2. 调整显示方式 在 3 D Viewer 上按右键，出右键菜单，选 Display Style ，Display Style 对话 框中的各选项的意义如下： Atom 栏： Display Style: Line：线状模型。 Stick：棍状模型。 Ball and stick：球棍模型。 CPK：球堆砌模型。 Polyhedron：多面体堆积模型（晶体）。 Atom 栏：用 Line、Stick、Ball and stick、 CPK和 Polyhedron display styles 显示 zeolite Theta-1 的结构。最后将显示方式改为 CPK 。 Line Stick Ball and stick CPK Polyhedron

Lattice 栏： Display style: 显示单个晶胞或者原胞。 Range：显示在X、Y、Z 方向上晶胞的数量。 Lattice: 显示晶胞边界的风格。 用 None、Dashed line、Line和 Stick styles显 示zeolite Theta-1 的结构。 注意 3 D Viewer边框 的变化 。 将显示固定在Line。 None Dashed line Line Stick

2. 设置球棍模型为默认显示方式 从菜单栏中选择 Modify / Default Atom Style ，打开 Default Atom Style 对 话框。在Display Style中选择Ball and stick 。单击 Close button 关闭 Default Atom Style 对话框。 这样在本project 中，默认显示方式被设置为 ball and stick。

8. 将分子的凯库勒式转化为共轭结构 Materials Studio的 Bond Calculation 具很方便地进行 Kekulé 和 resonant 两 种 bonding representation 之间的转换(在共轭结构和凯库勒式之间进行转化)。 * 选择 Build /Bonds ，打开Bond Calculation 对话框。 * 在 Bonding Scheme栏中的选项 部分，确定Convert representation to 被选中，并在 右侧的下拉菜单中选择Resonant (默认为 Kekule 结构) 。 * 单击Calculate 按钮。则苯基环 的成键显示为resonant bonding representation。 * 单击关闭按钮 ，关闭Bond Calculation 对话框。 * 选择 Edit | Undo Calculate Bonds 或单击 Undo按钮 ，苯基环的成 键恢复为Kekulé 表示。 resonant Kekulé

* 可以用Materials Studio窗口左侧的Properties Explorer 看分子的信息

1. 建立 －石英晶体 * File / New. . . ，在出现的对话框中，选 3 D Atomistic ，然后单击 OK 按钮，打开一个 新的3 D Viewer 。 * 在Project Explorer 中，新的3 D Viewer 是 3 D Atomistic. xsd 。选中 3 D Atomistic. xsd， 按右键， 选择 Rename ，键入 my_quartz_alpha ，按ENTER 完成命名。 1 3 2 4 5 6

4 1 5 2 3 10 6 7 8 9 空 晶 胞

3. 对比 －石英晶体结构的两种版本 下面对比Materials Studio结构数据库中的Alpha石英晶体和自构造的Alpha石英晶体。 按下列路径输入数据库中的Alpha 石英晶体， File / Import. . . / Examples / Documents / 3 D Model / quartz_alpha. msi，单击import按钮。 Project Explorer中出现 quartz_alpha. xsd文档。 1 3 2 6 7 4 5

* 在 Project Explorer中，选中 my_quartz_alpha. xsd ，单击右键，选择 Insert Into 。则my_quartz_alpha. xsd 结构出现在 3 D Atomistic Collection. xod中。 对 quartz_alpha. xsd重复此操作。这样my_quartz_alpha. xsd和quartz_alpha. xsd 两个结构都出现在 3 D Atomistic Collection. xod中。 * 在 3 D Atomistic Collection. xod中， 可用键盘上的上、下、左、右键转动这个重 叠结构，从多个角度观察二者是否重合。由下图可见，两个版本的结构一致。

* 同样，将my_quartz_alpha. xsd和TON. xsd两个结构都放在 3 D Atomistic Collection. xod中。由下图可以看出，二者结构不重合。 * 保存文件 File / Save Project 关闭窗口 Window / Close All

1. 构造全同立构PMMA * 选择Build 菜单中Build Polymers 下的Homopolymer。均聚物对话框出现。 * 在Polymerize 栏单击Library 下拉菜单，找到acrylates。在Repeat Unit 下拉菜单选 择methyl_methacrylate， * 现在检查Tacticity 下拉菜单。 注意：在立构规正度(Tacticity)中包括了等 规立构(Isotactic)、间规立构(Syndiotactic) 和无规异构(Atactic)三种。此时选择等规立 构(Isoactic)。 * 接下来在Chain Length 中输入 20。

八. 保存Project 并结束 现在你已经产生了你的第一个Project 文件。 1. 保存Project 在Project Explorer 中逐个双击以下文件：my_benzamide. xsd、urea. xsd、 my_quartz_alpha. xsd、 Polymethyl_methacrylate. xsd，这些文件会在主窗口上打开。 选择 Window / Tile Horizontally ，四个文件的3 D views在主窗口中平铺开。 选择 File / Save Project 。 这样 project 的设置和全部文件都保存在 my quickstart中。现在可以去产生新的 project，或调用 已有的 project ，也可退出 Materials Studio。 2. 要退出MS Modeling，请从File 菜单选择Exit。