Predikce gen Syrov sekvence DNA Identifikace a anotace

Predikce genů

„Syrové“ sekvence DNA Identifikace a anotace genů a proteinů

Gen 5´ ATG STOP 3´

Gen DNA 5´ RNA Protein ATG Met STOP

Gen DNA 5´ RNA Protein ATG Met STOP

Predikce genů kódujících proteiny • Prokaryotické geny Nepřerušované úseky DNA mezi startovním kodonem (ATG, GTG, TTG, CTG) a stop kodonem (TAA, TGA, TAG). • Úsek kóduje protein, který je podobný již dříve popsanému proteinu (prohledávání DATABÁZÍ pomocí ALIGNMENTU).

Překlad DNA sekvence • Ex. PASy http: //www. expasy. org/tools/dna. html • ORF Finder (NCBI) http: //www. ncbi. nlm. nih. gov/gorf. html

Překlad DNA sekvence

Překlad DNA sekvence ATG N-konec NH 2 STOP ATG TCG CAT GCC Met Ser His Ala Met STOP C-konec COOH

ATGTCGCATGCC A AT ATG TCG CAT GCC Met Ser His Ala TGT CGC ATG CC Cys Arg Met GTC GCA Val Ala TGC C Cys Čtení tripletů závisí na tom, u kterého nukleotidu stanovíme počátek čtení.

ATGCGCAGGAATGCATAG Met His ? sekvence DNA Protein 2 ATGCGCAGGAATGCATAG Met Arg Asn Ala Stop Protein 1

Překlad DNA sekvence – reverzní čtecí rámce 5´ 3´ ATGCGCAGGAATGCATAG TACGCGTCCTTACGTATC 3´ 5´ Překlad DNA sekvence – od 5´konce 5´ ATGCGCAGGAATGCATAG 3´ 5´ CTATGCATTCCTGCGCAT 3´ A-T G-C

Opravdu ORF kóduje protein? • ORF kóduje protein, který je podobný již dříve popsanému proteinu (prohledávání DATABÁZÍ pomocí ALIGNMENTU) = nejspolehlivější ověření. • Nástroje pro překlad DNA jsou propojeny s prohledáváním databází.

Polynukleotidový řetězec 5´-P-C-A-G-3´-OH 5´ ATGCGTTGACGTTGCACGTGCAA GTCGCAGTCGATGCTGAC GTACGTGCGTACGATGCGTCGTA CGTGCTGACGTCGTACGT 3´ 5´ 3´

Translační a transkripční signální sekvence Promotor TATA box Pribnowův box Shine-Dalgarnova sekvence Prokaryota