POLYMORPHISME GENETIQUE LES DIFFERENTS TYPES DE MARQUEURS GENETIQUES

POLYMORPHISME GENETIQUE

LES DIFFERENTS TYPES DE MARQUEURS GENETIQUES n n n Marqueurs morphologiques Complexité d’analyse Influence de l’environnement Représentation partielle du génome Faible polymorphisme Expression tardifs des caractères Marqueurs biochimiques Complexité d’analyse Influence de l’environnement Représentation partielle du génome Faible polymorphisme Expression tardifs des caractères Marqueurs ADN

Localisation des marqueurs ADN n ADN Chloroplastique n ADN mitochondrial Gène, ADNanonyme n ADN nucléaire

Les diffèrents types de marqueurs polymorphes ADN Polymorphismes de longueur n RFLP n AFLP n RAPD n Minisatellite n Microsatellite Mutation ponctuelle ou SNP

Définition et propriétés des marqueurs n Polymorphisme n Liaison

Polymorphisme Taux 1 à 5% est fonction de: - Environnement - Composition du génome (Hot spot, cite fragile etc. …) - Mutations - Situation de la population (consanguinité, dérive génétique, sélection etc. …)

PIC (polymorphisme information content) - Varie de 0 à 1 - Proportion d’individus informatifs dans une population idéale - Influencé par: Nombre d’allèles Le type de transmission du locus (dominant ou codominant) La composante de la famille en individus (homozygotes ou hétérozygotes)

Liaison n n Absence de recombinaison Distance génétique réduite (<20 c. M) Déséquilibre de liaison SAM Introgression Cartographie génétique Diagnostique génétique

Equilibre de liaison: - - Présence de recombinaison Population en équilibre de H. W (absence de sélection, migration, mutation ou dérive génétique)

ORIGINE DU POLYMORPHISME n n - Mutation ponctuelle Mutation large: Insertion Délétion C. O inégaux Slippage Erreurs dans le système de réparation de l’ADN

INTERÊT D’UN MARQUEUR n n Précocité du typage Rapidité d’utilisation Coût faible Détermination du génotype au marqueur possible chez tout animal Marqueurs ADN

DOMAINES D’APPLICATIONS Marqueurs très polymorphes SAM Marqueurs liés Caractérisation Cartographie Marqueurs liés Clonage positionnelle Lig. Mat. (marq. Mito) Entre espèces différentes (ex. gène Hox) Marqueurs liés Phylogénie Marqueurs non liés Cartographie d’intervalle Pop de la même espèce (marqueurs microsatellites)

Marqueur moyennement polymorphe: - Etude de caractérisation sur populations très réduite en nombre - Etude de caractérisation sur populations consanguines - Etude de caractérisation sur un faible échantillon

Comment palier a un problème d’informativité ? Situation: Région chromosomique importante Problème: Absence de marqueurs polymorphe Solution: Haplotype (marqueur ADN génétiquement très liés)

Stratégie d’établissement des cartes génétiques n n Constitution d’une collection d’ADN génomique de familles de référence 02 parents et 10 à 30 produits 150 à 300 individus au total Recherche de marqueurs ADN par criblage de banque d’ADN génomique Typage des individus du panel de référence pour les marqueurs étudiés Centralisation des résultats et analyse de liaison

RFLP Marqueur ADN Sonde ADN: -Radioactif -Fluorescente Enzyme de restriction

Mécanisme de génération du polymorphisme RFLP n Mutation ponctuelle - Insertion Transposant Virus n Duplication n -

Techniques de mise en évidence n Southern blot n PCR/RFLP

Southern blot n n - Principe de la technique Digestion de l’ADN par enzyme de restriction Electrophorèse sur gel d’agarose Hybridation avec une sonde Mise en évidence Limite de la technique Quantité d’ADN Toxicité Nécessité de connaître la région étudié

PCR/RFLP n n - Principe Amplification de l’ADN Digestion enzymatique Electrophorèse sur gel d’agarose Avantage de la technique Rapidité Automatisation de la technique Pas de toxicité

Caractéristiques n n Nombre d’allèle faible Ne représente qu’une faible proportion de la variabilité génétique Seules mutations qui modifies un cite de restriction sont mise en évidence

Comment en peut palier au problème du polymorphisme? Les Haplotypes