Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant

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Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Les grilles, une nouvelle approche des

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Les grilles, une nouvelle approche des sciences de la vie Vincent Breton Chargé de recherches au CNRS-IN 2 P 3 LPC Clermont-Ferrand breton@clermont. in 2 p 3. fr http: //clrpcsv. in 2 p 3. fr V. Breton, LAL, 110607

Introduction Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Les grilles apportent une

Introduction Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Les grilles apportent une nouvelle façon de faire la recherche – Pour l’instant ce n’est pas encore très visible en physique car le LHC n’a pas démarré – Une minorité de physiciens utilise la grille – Elle n’est pas encore vraiment conviviale • Depuis 6 ans, nous explorons au LPC l’utilisation de la grille pour les sciences du vivant – Beaucoup de technologie – De plus en plus de science • Les objectifs du séminaire: – montrer comment les grilles ouvrent de nouvelles approches aux problèmes de la « big science » § Illustration en sciences du vivant – Montrer le rôle potentiel des labos de l’IN 2 P 3 dans cette dynamique § Illustration avec la grille régionale Auvergrid V. Breton , LAL, 110607

Plan de l’exposé Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • A quoi

Plan de l’exposé Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • A quoi peuvent servir les grilles ? L’exemple des maladies tropicales et émergentes – Les enjeux de la lutte contre les maladies émergentes: exemple de la grippe aviaire – Les enjeux de la lutte contre les maladies tropicales: exemple de la malaria • La contribution des grilles pour la recherche de nouveaux médicaments – Qu’est ce qu’une grille ? – Le projet WISDOM: premiers résultats • Autres applications des grilles pour la santé – Partage d’images et de données patients entre médecins et entre hôpitaux – Surveillance épidémiologique à l’échelle mondiale – Aide au développement médical • Grilles et sciences du vivant: quel rôle pour les laboratoires de l’IN 2 P 3 ? • Conclusions et perspectives – Les grilles constituent un outil extraordinaire pour le développement scientifique V. Breton , LAL, 110607

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • A quoi peuvent servir les

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • A quoi peuvent servir les grilles ? L’exemple des maladies tropicales et émergentes – Les enjeux de la lutte contre les maladies émergentes: exemple de la grippe aviaire – Les enjeux de la lutte contre les maladies tropicales: exemple de la malaria • La contribution des grilles pour la recherche de nouveaux médicaments – Qu’est ce qu’une grille ? – Le projet WISDOM: premiers résultats • Autres applications des grilles pour la santé – Partage d’images et de données patients entre médecins et entre hôpitaux – Surveillance épidémiologique à l’échelle mondiale – Aide au développement médical • Grilles et sciences du vivant: quel rôle pour les laboratoires de l’IN 2 P 3 ? • Conclusions et perspectives – Les grilles constituent un outil extraordinaire pour le développement scientifique V. Breton , LAL, 110607

Les maladies émergentes, une préoccupation croissante pour la santé publique Plateforme de Calcul pour

Les maladies émergentes, une préoccupation croissante pour la santé publique Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Plusieurs nouvelles maladies sont apparues au cours dernières années (HIV/SIDA, SARS, Grippe Aviaire) • Elles constituent une menace croissante pour la santé publique à cause de la multiplication des échanges et la libre circulation des personnes Juin 2007: - 2 premiers cas humains au Vietnam depuis 2004 - foyers animaux multiples au Vietnam et au Bangladesh V. Breton , LAL, 110607

La gestion des maladies émergentes Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant •

La gestion des maladies émergentes Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Une collaboration internationale est requise pour: – – – La détection précoce (information aux voyageurs) La surveillance épidémiologique (partage des données) La prévention (mesures communes) La recherche de nouveaux médicaments La recherche de vaccins V. Breton , LAL, 110607

Impact des maladies tropicales Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant V. Breton

Impact des maladies tropicales Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant V. Breton , LAL, 110607

La recherche de nouveaux médicaments, une priorité majeure dans la lutte contre les maladies

La recherche de nouveaux médicaments, une priorité majeure dans la lutte contre les maladies tropicales Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • La recherche de nouveaux médicaments reste une priorité – Anticiper le développement de résistances (Paludisme, HIV/AIDS) – Développer une nouvelle génération de médicaments non toxiques (tuberculose, maladie du sommeil, leishmaniose) • Programme de pré-qualification des Nations Unies – 96 antirétroviraux – 8 antituberculeux – 2 antipaludéens • Le développement de nouveaux médicaments est beaucoup trop cher pour la plupart des maladies du tiers-monde V. Breton , LAL, 110607

Les besoins identifiés Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Maladies émergentes

Les besoins identifiés Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Maladies émergentes – Besoins de calcul: recherche de nouveaux médicaments – Besoins de partage de données § Souches des nouveaux virus § Localisation des animaux et des humains infectés – Besoins de services: épidémiologie moléculaire • Maladies tropicales – Besoins de calcul: recherche de nouveaux médicaments § Aller très vite en cas de pandémie – Besoins de collecte de données § L’OMS ne dispose que de quelques % des données patients – Besoins de services § Supervision des patients sous traitement à vie (SIDA) V. Breton , LAL, 110607

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • A quoi peuvent servir les

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • A quoi peuvent servir les grilles ? L’exemple des maladies tropicales et émergentes – Les enjeux de la lutte contre les maladies émergentes: exemple de la grippe aviaire – Les enjeux de la lutte contre les maladies tropicales: exemple de la malaria • La contribution des grilles pour la recherche de nouveaux médicaments – Le criblage virtuel ou in silico – Qu’est ce qu’une grille ? – Le projet WISDOM: premiers résultats • Autres applications des grilles pour la santé – Partage d’images et de données patients entre médecins et entre hôpitaux – Surveillance épidémiologique à l’échelle mondiale – Aide au développement médical • Grilles et sciences du vivant: quel rôle pour les laboratoires de l’IN 2 P 3 ? • Conclusions et perspectives – Les grilles constituent un outil extraordinaire pour le développement scientifique V. Breton , LAL, 110607

La recherche de nouveaux médicaments Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant •

La recherche de nouveaux médicaments Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Le développement de nouveaux médicaments est un processus long (10 -12 ans) et coûteux (~800 M$) • La recherche in silico ouvre de nouvelles perspectives pour accélérer le développement et réduire les coûts Clinical Trials (I-III) V. Breton , LAL, 110607

Principe simplifié du criblage Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Les

Principe simplifié du criblage Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Les biologistes isolent une protéine jouant un rôle important dans un cycle de vie: la cible – du parasite vecteur de la malaria – du virus H 5 N 1 – d’une cellule cancéreuse • L’objectif est de trouver d’autres molécules qui empêchent l’action de cette protéine: les touches – Accrochage de la molécule sur le site actif de la protéine • Criblage in silico vs criblage in vitro – In silico: calcul d’une énergie de liaison entre les molécules § Docking – In vitro: mesure optique du coefficient de la réaction chimique V. Breton , LAL, 110607

Intérêt du criblage in silico sur grille Plateforme de Calcul pour les Sciences du

Intérêt du criblage in silico sur grille Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Millions de médicaments potentiels à tester sur une cible biologique Criblage à haut débit 1 -10$/composé Trop cher pour les maladies tropicales !! Bases de données de composés: Docking (Flex. X, Autodock) ~1 à 15 minutes ZINC: 4. 3 M Chembridge: 500 000 Data challenge sur EGEE ~ 2 à 30 jours sur ~5000 ordinateurs Cibles: Structures 3 D dans la base de donnée PDB Sélection des meilleures touches Rapide et peu cher! Criblage in vitro Criblage in vivo Têtes de série Essais cliniques Médicaments commercialisés V. Breton , LAL, 110607

Qu’est ce qu’une grille ? Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant •

Qu’est ce qu’une grille ? Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Une infrastructure complètement distribuée, reconfigurable dynamiquement, autonome et de dimension variable fournissant un accès indépendant du lieu, transparent, fiable, sécurisé et efficace à un ensemble coordonné de services intégrant de façon virtualisée des ressources (puissance de calcul, stockage, données, instruments, etc…) pour générer de la connaissance • Comparées à Internet, les grilles sont des environnements dynamiques où l’information peut circuler sans intervention humaine • Utilisations de la grille en sciences du vivant – Les fédérations de base de données permettent de collecter et partager les données (santé) – La grille permet d’intégrer des bases de données hétérogènes (biologie moléculaire, santé) – Les processeurs distribués peuvent être mobilisés sur des tâches communes V. Breton , LAL, 110607

EGEE-II, la plus grande infrastructure de grille au monde Plateforme de Calcul pour les

EGEE-II, la plus grande infrastructure de grille au monde Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant V. Breton , LAL, 110607

EGEE-II, une infrastructure pluridisciplinaire Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • >200

EGEE-II, une infrastructure pluridisciplinaire Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • >200 VOs de plusieurs domaines de recherche – Astronomie & Astrophysique – Chimie moléculaire – Dynamique des Fluides – Fusion – Observation de la Terre – Physique des Hautes Energies – Physique de la Matière Condensée – Protection civile – Recherche Informatique – Sciences du vivant • Nouvelles applications en cours d’évaluation 98 k jobs/day V. Breton , LAL, 110607

Réseau de grilles reliées à EGEE dans le monde Plateforme de Calcul pour les

Réseau de grilles reliées à EGEE dans le monde Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Potentiel à relier ~80 pays en 2008 V. Breton , LAL, 110607

Le projet WISDOM Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • WISDOM signifie

Le projet WISDOM Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • WISDOM signifie World-wide In Silico Docking On Malaria • But: trouver de nouveaux médicaments contre les maladies émergentes et tropicales – Les maladies tropicales souffrent d’un manque de R&D – Les maladies émergentes peuvent requérir des réponses rapides • Méthode: criblage virtuel sur grille – Plus économique les tests in vitro – Plus rapide que les tests in vitro V. Breton , LAL, 110607

Statistiques de déploiement Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Premier Data

Statistiques de déploiement Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Premier Data Challenge: 1 er Juillet – 15 Août 2005 – Cible: malaria – 80 années CPU, 1700 CPUs utilisés en parallèle – 1 TB de données produites – 1 er déploiement de calculs de criblage à l’échelle mondiale sur une infrastructure de grille • Deuxième Data Challenge: 15 Avril – 30 Juin 2006 – Cible: grippe aviaire – 100 années CPU, 1700 CPUs utilisés en parallèle – 800 GB de données produites – Collaboration initiée le 1 er Mars: préparation et déploiement achevés en 45 jours • Troisième Data Challenge: 1 er Octobre – 15 Décembre 2006 – Cible: malaria – 400 années CPU, jusqu’à 5000 CPUs utilisés en parallèle – 1, 6 TB de données produites – Criblage à très haut débit: > 100. 000 composés par heure V. Breton , LAL, 110607

Les objectifs biologiques Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Malaria: trouver

Les objectifs biologiques Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Malaria: trouver des molécules actives – Sur une cible biologique connue ayant muté (DHFR) – Sur des nouvelles cibles: § Plasmepsines § GST § Tubulin • Grippe aviaire N 1 – Etudier l’impact de mutations ponctuelles de l’enzyme N 1 § N 1, cible du tamiflu – Trouver de nouvelles molécules actives sur N 1 H 5 Credit: Y-T Wu (ASGC) V. Breton , LAL, 110607

Les premiers résultats biologiques Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Sélection

Les premiers résultats biologiques Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Sélection des meilleures molécules en 2 étapes – 1ère étape: rejet de 85% sur le score de docking – 2ème étape: reclassement des 15% restants et sélection de 5% • 6 inhibiteurs connus inclus dans l’analyse pour valider le processus – 5 sur 6 dans les 2250 composés sélectionnés N 1 non mutée DAN 35% p. Kd=5. 3 4 AM 13% p. Kd=7. 3 p. Kd=7. 5 GNA 2. 4% Score de docking Coupure à 15% Facteur d’efficacité = (5/6)/(15%x 5%)=111 Credit: Y-T Wu (ASGC) V. Breton , LAL, 110607

Impact considérable des mutations sur l’activité des molécules Plateforme de Calcul pour les Sciences

Impact considérable des mutations sur l’activité des molécules Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant T 01: E 119 A Effets de mutations ponctuelles l ia nt T 05: R 293 K ts i h e t po T 01 E 119 A V. Breton , LAL, 110607

Statut des tests in vitro Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant •

Statut des tests in vitro Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Grippe aviaire – Sur les 2250 composés sélectionnés, 123 ont été achetés et testés à Taiwan § 44$ pour 10 mg de composé § 7 sur les 123, soit environ 6%, sont actifs – Taux de succès moyen de tests in vitro: 0, 1% – Gain d’un facteur 60 à confirmer sur plus de composés – Tests en cours à l’Université de Chonnam (Corée du Sud) • Malaria – Sélection de 100 molécules en 2 étapes § 1000 molécules sélectionnées sur le score de docking § Sélection de 100 molécules par analyse en dynamique moléculaire – Problème d’expression des protéines cibles pour les tests in vitro § Peu d’équipes étudient ces protéines – Tests prévus en Juillet à l’Université de Chonnam V. Breton , LAL, 110607

Evolution de l’environnement WISDOM Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Développements importants:

Evolution de l’environnement WISDOM Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Développements importants: - Amélioration de la gestion des données - Stockage sécurisé des données biochimiques - Migration vers les web services Credit: J. Salzeman, V. Bloch V. Breton , LAL, 110607

Valeur ajoutée de la grille pour la recherche de nouveaux médicaments Plateforme de Calcul

Valeur ajoutée de la grille pour la recherche de nouveaux médicaments Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • • • La grille fournit les siècles de cycles CPU requis pour le criblage virtuel La grille fournit les services de gestion sécurisée des données pour stocker et copier les structures biochimiques en entrée et les résultats en sortie La grille offrira à terme l’environnement collaboratif pour le partage des données dans les communautés de recherche LPC Clermont-Ferrand: Biomedical grid SCAI Fraunhofer: Knowledge extraction, Chemoinformatics CEA, Acamba project: Biological targets, Chemogenomics Univ. Modena: Biological targets, Molecular Dynamics Health. Grid: Biomedical grid, Dissemination ITB CNR: Bioinformatics, Molecular modelling Univ. Los Andes: Biological targets, Malaria biology Chonnam nat. univ. : In vitro testing Academica Sinica: Grid user interface Biological targets In vitro testing Univ. Pretoria: Bioinformatics, Malaria biology 25

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • A quoi peuvent servir les

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • A quoi peuvent servir les grilles ? L’exemple des maladies tropicales et émergentes – Les enjeux de la lutte contre les maladies émergentes: exemple de la grippe aviaire – Les enjeux de la lutte contre les maladies tropicales: exemple de la malaria • La contribution des grilles pour la recherche de nouveaux médicaments – Qu’est ce qu’une grille ? – Le projet WISDOM: premiers résultats • Autres applications des grilles pour la santé – Epidémiologie moléculaire – Surveillance épidémiologique à l’échelle mondiale – Partage d’images et de données patients entre médecins et entre hôpitaux – Aide au développement médical • Grilles et sciences du vivant: quel rôle pour les laboratoires de l’IN 2 P 3 ? • Conclusions et perspectives – Les grilles constituent un outil extraordinaire pour le développement scientifique V. Breton , LAL, 110607

Un service d’épidémiologie moléculaire pour la grippe aviaire Plateforme de Calcul pour les Sciences

Un service d’épidémiologie moléculaire pour la grippe aviaire Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Le but de l’épidémiologie moléculaire est d’étudier l’évolution du virus H 5 N 1 – Mutation requise pour la transmission entre humains • Pour chaque foyer épidémique, le virus est isolé et séquencé • Une analyse philogénétique permet de classer le virus par rapport aux souches connues – 16 souches connues • La grille offre les ressources pour améliorer le service – Rapidité – Partage des résultats – 23/5/07: résolution de l’OMS pour le partage des souches V. Breton , LAL, 110607

Distribution des souches de H 5 N 1 Plateforme de Calcul pour les Sciences

Distribution des souches de H 5 N 1 Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant 9 69 48 8 8 7 6 X 0 1)S ) 1 N 51 t 84 5 N (H 5 1 A-Dk-RU-Novosibirsk 56 -(05)(H 5 N 1)DQ 230522. tx 1 )(H 1) M 5 0 8) A-Ck-RU-Kurgan 3 -(05)(H 5 N 1)DQ 323672 9 43 5 N ( 92( 4 H. F 1 3)( nd 0 A 8 lt a G-5 ) ( 1 o N 78 62 5 N Sc y-E L-13 83 H 1 ( k e Y 5 6) -IR -C k )A (9 A ur rkey 1 1 -T 5 N A -Tu ng )(H o A 3 d (0 ng 9. 2 1 a 3 u G a-E n i s. A/turkey/Turkey/1 -(05)(H 5 N 1)DQ 407519 h 81 -G k-C 0842 A F D 9022 A ) A-Mallard-Italy-322 -(06)(H 5 N 1)DQ 449031 A )AF 50 5 N 1 1 H N ( 5 ) (97 01)(H -486 F 203( A-HK Quail-HK-S A- 59 EURASIAN AMERICAN 99 71 44 DQ 8 1) 72 5 N (H 06 4 6) Q 3 -(0 )D 11 04 1 -0 56 5 N N 3 Q 9 (H 60 )D -9 6) N 1 pt -(0 H 5 gy 41 /06( -E -6 Ck ia 14 Aer /9 ig ria N e k- Nig -C k/ AA/D South China Hong Kong A-Dk-CN-E 3192(03)(H 5 N 1)AY 518362 (NODE FOR SOURCE) (NODE FOR SPREADING) A/Ck/Vietnam/CM/04(H 5 N 1)AY 576927 A/Md/Vie tnam/Md GL/04(H 5 A-Viet N 1)AY 57 nam-1 A 6930 196(04 -Vie A A-C ) t ( V H n i 5 k e N a t 1)AY 5 m-1 nam A- -Na 26745 194 -JP 42 ko Th ( 0 r 0 7 n 4 ( 05)(H ai ) ( P H la ato 5 N 1 5 nd )ISD N 1)ISDN m-1 TL 1177 N 386 (K -CU 77 8 6 AN -K 2 -1 - 04 )(0 (H 5 4) N 1 (H ))(A 5 N Y 5 1) 90 AY 56 8 55 51 50 VIETNAM Thailand INDONESIA -5 do In A- 5 (H 5) -(0 12 DN IS ) N 1 73 58 Credit: Dr Le Thanh Hoa (IBT Hanoï) V. Breton , LAL, 110607

Des services de grille pour la surveillance et l’alerte épidémiologique à l’échelle mondiale Plateforme

Des services de grille pour la surveillance et l’alerte épidémiologique à l’échelle mondiale Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Satellite images Web central server: Public information Private information Decision support system Warning system Nuclear data WHO regional offices Regional databases Regional indicators Other internet data Regional indicators WHO national offices National databases Local indicators Advantages All national data are kept locally Distant query to extract information Data available for other international agencies Contacts en cours avec l’OMS

Suivi médical des citoyens Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Consultation de

Suivi médical des citoyens Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Consultation de dossiers patients Analyse d’images médicales Diagnostic assisté par ordinateur Télédiagnostic Hôpital C Burkina-Faso Hôpital A France Centre agréé France Hôpital B Italie Cabinets radiologie

Application au développement médical Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Soutien

Application au développement médical Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Soutien à des équipes de spécialistes français pour le développement médical en Chine et au Burkina-Faso Spécialiste à Clermont-Ferrand Web services User Interface AMGA Médecin au Burkina GRID AMGA User Interface Web services Projet AGIR V. Breton , LAL, 110607

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • A quoi peuvent servir les

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • A quoi peuvent servir les grilles ? L’exemple des maladies tropicales et émergentes – Les enjeux de la lutte contre les maladies émergentes: exemple de la grippe aviaire – Les enjeux de la lutte contre les maladies tropicales: exemple de la malaria • La contribution des grilles pour la recherche de nouveaux médicaments – Qu’est ce qu’une grille ? – Le projet WISDOM: premiers résultats • Autres applications des grilles pour la santé – Partage d’images et de données patients entre médecins et entre hôpitaux – Surveillance épidémiologique à l’échelle mondiale – Aide au développement médical • Grilles et sciences du vivant: quel rôle pour les laboratoires de l’IN 2 P 3 ? • Conclusions et perspectives – Les grilles constituent un outil extraordinaire pour le développement scientifique V. Breton , LAL, 110607

Les enjeux Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • La technologie des

Les enjeux Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • La technologie des grilles atteint une maturité suffisante pour ouvrir un immense spectre d’applications scientifiques et commerciales – La distribution des calculs est opérationnelle depuis 2 ans § Elle le sera encore plus avec le démarrage de LHC – La gestion des données distribuées prend son envol § C’est là que l’éventail de possibilités est fantastique • Aujourd’hui et pour encore plusieurs années, l’expertise est dans les laboratoires de physique des particules – EGEE/LCG est la seule grille qui marche vraiment en Europe – Responsabilité sociale de notre communauté • Comment partager cette expertise sans « perdre notre âme » ? V. Breton , LAL, 110607

La situation au LPC Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Le

La situation au LPC Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Le LPC s’implique dans les grilles à trois niveaux – Coordination et animation technique de la grille régionale Auver. Grid – Contribution à LCG-France – Recherche sur les applications des grilles en Sciences du Vivant dans une équipe de recherche • Choix techniques pour optimiser les compétences – Ingénieurs systèmes: mêmes compétences requises pour maintenir et opérer le noeud de LCG France et Auver. Grid – Développeurs: utilisation exclusive de services g. Lite et mutualisation des développements logiciels • Recherche active de financements hors CNRS – Projets européens (6ème PCRD, PRAI) – Financement régional (Collectivités territoriales) et national (ANR) V. Breton , LAL, 110607

Auver. Grid Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant La recherche sur Auver.

Auver. Grid Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant La recherche sur Auver. Grid: Physique des Hautes Energies Radiosité discrète Bioinformatique Imagerie médicale Télémédecine Traitement du cancer Auver. Grid en quelques chiffres 12 sites, 876 processeurs 74, 7 To de stockage 415000 heures CPU en 1 an Budget consolidé de 5 M€ (2004 -2006) 4 thèses et 3 séjours post-doctoraux en cours V. Breton , LAL, 110607

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • A quoi peuvent servir les

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • A quoi peuvent servir les grilles ? L’exemple des maladies tropicales et émergentes – Les enjeux de la lutte contre les maladies émergentes: exemple de la grippe aviaire – Les enjeux de la lutte contre les maladies tropicales: exemple de la malaria • La contribution des grilles pour la recherche de nouveaux médicaments – Qu’est ce qu’une grille ? – Le projet WISDOM: premiers résultats • Autres applications des grilles pour la santé – Partage d’images et de données patients entre médecins et entre hôpitaux – Surveillance épidémiologique à l’échelle mondiale – Aide au développement médical • Grilles et sciences du vivant: quel rôle pour les laboratoires de l’IN 2 P 3 ? • Conclusions et perspectives – Les grilles constituent un outil extraordinaire pour le développement scientifique V. Breton , LAL, 110607

Conclusions Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Les grilles ouvrent la

Conclusions Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Les grilles ouvrent la possibilité de faire la recherche autrement – Exemples tirés du domaine des sciences du vivant • Leur champ d’action s’étend largement à la société – Exemples dans le domaine de la santé • Les laboratoires de l’IN 2 P 3 détiennent aujourd’hui une expertise sans équivalent en France – A coût réduit, les labos peuvent partager ce savoir à l’échelle locale § En accueillant les applications sur nos clusters (LAL/GRIF, CCPM, CCIN 2 P 3, …) § En accompagnant les nouveaux utilisateurs (LAL/GRIF, CC-IN 2 P 3, …) – La création d’une structure dédiée aux grilles au CNRS devrait dynamiser ce partage de compétences (G. Wormser) V. Breton , LAL, 110607

Perspectives au LPC: court terme Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant •

Perspectives au LPC: court terme Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Recherche de nouveaux médicaments – Eté 2007 § Nouveau déploiement sur la grippe aviaire § Tests in vitro des molécules déjà sélectionnées sur la grille • 30 molécules contre la malaria • 200 molécules contre la grippe aviaire § Tests in vivo des molécules actives – Hiver 2007: nouveau déploiement sur les maladies tropicales § Partenariats avec l’OMS et NOVARTIS en cours de discussion • Cibles biologiques fournies par le Drug Target Portfolio Network de l’initiative Tropical Disease Research • Engagement de Novartis à poursuivre l’étude des meilleures molécules § Partenariat avec Africa@home – Projet Bio. Med. Grid (FP 7): mise à disposition des données et développements d’outils de gestion de la connaissance V. Breton , LAL, 110607

Perspectives au LPC : moyen terme Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant

Perspectives au LPC : moyen terme Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant • Activités scientifiques et techniques – Développement d’un réseau de laboratoires sur la grippe aviaire § Appuyé sur les Laboratoires Internationaux Associés de l’IN 2 P 3 avec les pays asiatiques (Chine, Japon, Corée, Vietnam) § Partage de données et de services sur grille • Service de criblage virtuel • service d’épidémiologie moléculaire (en développement) – Développement d’une plate-forme de télémédecine • Poursuite d’Auver. Grid – Inscrit au Contrat de Projet Etat–Région 2007 -2012 § 2 Millions d’euros • Lancement d’une start-up V. Breton , LAL, 110607