Pesquisa em bases de dados cientficas a Pubmed

Pesquisa em bases de dados científicas: a Pubmed BCSUC 2014

1 - O problema Que recursos usar perante a necessidade de pesquisa de informação para um trabalho científico? O Google? As bases de dados científicas? O Serviço de Referência da minha biblioteca? Sim, sim, e sim. Ora o Google, motor de pesquisa, é uma ferramenta preciosa, se usada de forma criteriosa, na localização da informação, as bases de dados científicas garantem-nos a qualidade da informação, já o Serviço de Informação e Referência da Biblioteca assegura que a pesquisa vai ser eficaz e eficiente e que, no futuro, mais rapidamente e com mais certezas chegaremos aos resultados pretendidos. Vamos, então, saber como isto se processa… 2

2 - O tema do trabalho Trata-se, por exemplo, de uma dissertação de mestrado. O orientador/docente já discutiu com o aluno o tema a desenvolver. O tema da dissertação é “O cancro da mama. Terapia com medicamentos e novos fármacos”. O primeiro impulso do novo investigador é, muitas vezes, lançar-se no Google utilizando as frases/assunto tal como são apresentadas. Ou subdividir a frase, pesquisando por conjuntos de palavras “cancro da mama”, “terapias”, “desenvolvimento de novos fármacos”… Estas palavras são aquilo que, em biblioteconomia, chamamos de linguagem natural: a forma como todos nós falamos. 3

3 - A pesquisa usando a linguagem natural – O Google Milhares de resultados (com publicidade no início!), das mais diversas proveniências: notícias, blogues, Wikis, organizações, empresas, etc. 4

3 - A pesquisa usando a linguagem natural – O Google Académico O Google académico localiza informação científica dispersa por diversas bases de dados. Estamos mais próximo do que pretendemos e temos a possibilidade de usar filtros… 5

3 - A pesquisa usando a linguagem natural – O Google Académico (cont. ) Recuperam-se milhares de resultados, resultados fidedignos, mas de que forma organizados? 6

3 - A pesquisa usando a linguagem natural – Google Académico, B-On, Web of Knowledge, etc. : Bases de dados com informação científica fidedigna onde podemos obter resultados. Mas que resultados? Milhares de resultados efetivamente sobre cancro na mama e terapia com fármacos… Ordenados pelo número de vezes que os termos colocados na pesquisa aparecem ao longo do texto do documento… Mas será queremos todos os artigos que eventualmente falam sobre cancro da mama e terapia? Mesmo os que versam outros assuntos e, por alguma razão, num qualquer parágrafo mencionam estes termos? Ou pretenderemos aqueles que falam essencialmente em cancro na mama e sua terapia? E como distinguir as diversas terapias da terapia por medicamentos? E será que terei que olhar todos aqueles resultados à procura dos novos fármacos? E se os autores optaram por outras terminologias: tumor da mama, neoplasia da mama, será que a pesquisa recupera também estes artigos nas bases de dados em linguagem natural? 7

4 - A pesquisa usando a linguagem controlada Nas bases de dados não indexadas o utilizador terá que ter em conta sinónimos e ambiguidades e todas as possibilidades de apresentação de um tema quando efetua uma pesquisa. Terá, neste exemplo, de pesquisar por neoplasias da mama, cancro da mama, tumor da mama… se pretender encontrar todos os artigos sobre o tema. Terá ainda que pesquisar por Doença de Corino de Andrade ou Paramiloidose ou Amiloidose familiar ou ainda Polineuropatias Amiloides Familiares se o seu tema for Doença dos Pezinhos … Terá de verificar se recuperou informação sobre o sono REM e não sobre uma famosa banda de música… Como contornar então estas múltiplas possibilidades de pesquisa, como encontrar informação pertinente no mundo digital e infinito da informação, onde o problema não é a sua escassez mas sim o seu excesso, como chegar mais rápido exatamente ao que se pretende? Usando uma linguagem controlada, conhecendo os termos apropriados à pesquisa e pesquisando em bases de dados indexadas. 8

5 - A Pubmed – uma base de dados indexada, uma linguagem controlada E o que é então a linguagem controlada, as bases de dados indexadas? 5. 1 O Me. SH A linguagem controlada não é mais do que a transposição da linguagem natural, a maneira como todos nós falamos, para uma linguagem categorizada, controlada, em que a um conceito corresponde apenas um termo. Desde há séculos que são organizados thesaurus, obras enciclopédicas, disponíveis em variadíssimas áreas do saber, onde constam, de A a Z, de forma controlada, todos os termos dessa área do saber e que correspondem a determinado conceito. O thesaurus na área das ciências da saúde denomina-se Me. SH (Medical Subject Headings = Cabeçalhos de Assuntos Médicos) e, disponível em linha, elenca todos os termos usados em ciências da saúde. 9

5. 1 O Me. SH (cont. ) Desenvolvido pela U. S. National Library of Medicine, o Me. SH apresenta uma estrutura em árvore que se subdivide em 16 ramos principais que se vão também subdivindindo em termos cada vez mais específicos. O Me. SH pode ser usado para encontrar descritores (assuntos), qualificadores (que especificam o assunto), conceitos suplementares e relação entre conceitos. Me. SH Tree (ramos principais) 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. Anatomy Organisms Diseases Chemical and Drugs Analytical, Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment Psychiatry and Psychology Phenomena and Processes Disciplines and Occupations Anthropology, Education, Sociology and Social Phenomena Technology, Industry, Agriculture Humanities Information Science Named Groups Health Care Publication Characteristics Geographicals 10

5. 1 O Me. SH (cont. ) Estrutura em árvore do termo breast neoplasms: Me. SH Tree Structure for Breast Neoplasms Diseases Neoplasms by Site Abdominal Neoplasms Anal Gland Neoplasms Bone Neoplasms Breast Neoplasms, Male Carcinoma, Ductal, Breast Hereditary Breast and Ovarian Cancer Syndrome Inflammatory Breast Neoplasms Triple Negative Breast Neoplasms […] 11

5. 1 O Me. SH (cont. ) O Me. Sh na Pubmed • Termo • Descrição do termo • Qualificadores, subcabeçalhos ou formas de limitar o termo • Possibilidade de selecionar termo e subcabeçalhos e pesquisar desta plataforma diretamente para a Pubmed • Sinónimos do termo 12

5. 2 Base de dados indexada Colaboram com a Pubmed um conjunto de indexadores que examinam os artigos que dão entrada na base de dados e atribuem os cabeçalhos Me. SH que descrevem o conceito em discussão, independentemente do assunto fornecido pelo autor. Os termos Me. SH que refletem os assuntos principais de um artigo são marcados com um asterisco (*). Assim, ao pesquisar na Pubmed, o investigador deve conhecer quais os termos Me. SH a pesquisar e, juntamente com algumas dicas que iremos fornecer, conseguirá, fácil e eficazmente, encontrar a informação fidedigna que pretende, certos de que não terão deixado escapar informações e certos, ainda, que não se perdem num mar de informação pouco relevante à investigação. 13

6 - Começar a pesquisar Na página Web da Biblioteca das Ciências da Saúde, no menu do lado esquerdo, há três opções que convém explorar para bem navegar nas artes da pesquisa: 6. 1 Serviços de Apoio ao utilizador 6. 2 Pesquisa 6. 3 Investigação 6. 1 Serviços de Apoio ao utilizador A primeira opção, Serviços de Apoio ao utilizador, abre uma outra página Serviço de Informação e Referência cuja primeira informação é sobre formas de acesso ao serviço, como fazer marcação de uma pesquisa personalizada, etc. No fim da página obtém acesso aos recursos disponíveis através deste serviço: o Apoio na elaboração de Bibliografias, os Gestores de referências bibliográficas e, entre outras dicas, ferramentas e tutoriais, o Vocabulário controlado em Ciências da Saúde. Sobre este último já falámos anteriormente: o vocabulário controlado é então o Me. SH, utilizado para indexação na Pubmed. O De. CS, cuja informação aparece também na página, não é mais do que a tradução do Me. SH. Tem a vantagem, sendo trilingue, de poder dar uma ajuda na pesquisa de um termo que desconhecemos o seu equivalente em inglês, por exemplo. 14

6. 2 Pesquisa A opção pesquisa abre um leque de possibilidades: Catálogo (para documentos na biblioteca) Bases de dados (indexadas e não indexadas) Publicações Periódicas (as revistas que a BCSUC assina ou assinou) Livros electrónicos (e-books) (os e-books acessíveis através da BCSUC) Repositórios Científicos (os repositórios científicos de acesso aberto disponíveis*) *Repositórios Científicos Na década de 90 do século passado surgiu um movimento internacional de livre acesso ao conhecimento que tinha como premissa o seguinte: se a investigação feita em universidades e institutos superiores públicos é feita com dinheiro público, de todos nós, também deve ser público o resultado dessa investigação. Assim, foram surgindo por todo o mundo repositórios institucionais em livre acesso que disponibilizavam toda a produção científica da comunidade de determinada instituição(salvo algum período de embargo): teses, dissertações, artigos, etc. Na Universidade de Coimbra, surge o Estudo Geral. Em Portugal o RCAAP, que reúne num só sítio Web todos os repositórios nacionais. Fica a dica para, pesquisando no Estudo Geral e no RCAAP, verificar o que se escreveu sobre o assunto do seu trabalho de investigação na sua Universidade e no País. 15

6. 3 Investigação Esta opção partilha uma série de informações e recursos úteis na medição da produção e impacto científicos. A importância do impacto científico da investigação nos pode deixar alheados das variadas formas de medição desse impacto, as mais ou menos utilizadas, mais ou menos polémicas, as alvo de críticas, uma discussão, enfim, que está para continuar na comunidade científica. Assim, a BCSUC disponibiliza uma série de recursos tais como hiperligações a índices de citações e ferramentas de análise bibliométrica: fatores de impacto e outros indicadores relativos às revistas científicas, e ainda ferramentas que permitem conhecer a produção e desempenho científicos dos investigadores, aceder a estatísticas de citação e resolver problemas de ambiguidade na identificação de autoria. 16

7. Pesquisa em bases de dados A BCSUC disponibiliza hiperligação à pesquisa nas seguintes bases de dados: i. iii. iv. v. vii. B-On Pesquisa (só no domínio uc. pt ou via VPN) B-On Periódicos (só no domínio uc. pt ou via VPN) Pub. Med e Pub. Med Health Web of Knowledge (só no domínio uc. pt ou via VPN) Ovid (só no domínio uc. pt) Dentistry & Oral Sciences Source (só no domínio uc. pt) Science. Direct Já dissertámos sobre as diferenças da Pubmed relativamente a outras bases de dados. O facto de ser uma base de dados especializada em Ciências da Saúde e indexada faz-nos recair sobre ela a nossa preferência quando se trata de pesquisar investigação em ciências da saúde. As restantes bases de dados, que cobrem outras áreas do saber, servirão sempre como complemento à pesquisa, para verificar se algum artigo encontrado na Pubmed e a que não conseguimos aceder na íntegra consta em outras bases e, têm, também, como valência, a possibilidade do acesso VPN, uma autenticação a partir de qualquer computador que permite um nível de acesso idêntico ao campus universitário. 17

8. Começar a pesquisar na Pubmed 8. 1 Registo 8. 2 Usar pesquisa avançada 8. 3 Definir os termos 8. 4 Criar fórmulas de pesquisa 8. 5 Usar filtros 8. 6 Usar Mesh. Terms ou MESH Major Topic 8. 7 Usar o histórico 8. 8 Saber ler os resultados 8. 9 Fazer download dos artigos 18

8. Começar a pesquisar na Pubmed 8. 1 Fazer o registo na base de dados O registo na Pubmed é gratuito (Sign in to NCBI) e abre um leque de outras oportunidades, nomeadamente a criação de alertas para um endereço de email: é possível guardar uma pesquisa e solicitar à base de dados um alerta de cada vez que um novo artigo que corresponde àquele assunto chega à base de dados. 8. 2 Usar pesquisa avançada Já aprendemos a usar o Me. SH como instrumento para recuperar o termo necessário para a pesquisa por assunto na Pubmed. Ora se ao pesquisar na Pubmed nos limitamos à página inicial e pela barra disponível para a pesquisa livre, não estamos a aproveitar as valências da base de dados descritas anteriormente: não estamos a pesquisar pelo termo controlado que engloba todos os outros possíveis e estamos, desta forma, a pesquisar pela linguagem natural, em todos os campos. Conclusão, é como pesquisar numa base de dados não indexada. Irão aparecer todos os artigos que, por alguma razão, falam de cancro da mama, por ordem cronológica. N. B. Os últimos artigos que deram entrada na base de dados podem ainda não ter sido indexados e não são recuperáveis através da pesquisa avançada pelo campo “Me. SH terms”. Assim, é importantíssimo olhar os primeiros resultados da pesquisa livre, os mais recentes, e verificar se 19 interessam à investigação em curso.

8. 2 Usar pesquisa avançada (cont. ) Vejamos um exemplo sem conhecer o termo controlado numa pesquisa na página principal da Pubmed: 282. 613 resultados Os resultados são muitos e poderão conter artigos que incluem o termos cancro da mama, mas o assunto principal poderá não ser cancro da mama. . . Podemos ainda perder os artigos que usam os sinónimos tumor, neoplasia… 20

8. 2 Usar pesquisa avançada (cont. ) Vejamos agora um exemplo de resultados conhecendo o termo controlado usando a pesquisa avançada * por assunto: 214. 450 resultados Os resultados ainda são numerosos, mas poderemos afirmar, com toda a certeza, que não perdemos os termos sinónimos e que estes 214. 450 têm como assunto principal, efetivamente, neoplasias da mama. * Ao clicar sobre Advanced abre-se a pesquisa avançada, uma outra página ainda não apresentada. A página deste slide resulta já dessa pesquisa, poderemos ver entre parênteses retos a seleção por assunto Me. SH feita na página da pesquisa. Voltaremos a este assunto… 21

8. 2 Usar pesquisa avançada (cont. ) Recordando os tais termos com asterisco, que significam que são um Me. SH Major Topic, ao pesquisar por Me. SH Major Topic na pesquisa avançada, vamos obter 177. 887 resultados: Neste momento os resultados são quase metade da nossa pesquisa inicial e estes 177. 887 são artigos cujo conteúdo é maioritariamente neoplasias da mama e não artigos que poderão, por exemplo, incluir um capítulo sobre neoplasias da mama. Mais à frente iremos ler um resultado e verificar como são apresentados os termos Mesh e os termos Me. SH Major Topic. 22

8. 3 Definir os termos Depois de comprovada a maior eficácia de uma pesquisa avançada usando os termos Me. SH e pesquisando por assunto, convém definir todos os termos necessário para o nosso trabalho de investigação: Tema: O cancro da mama. Terapia com medicamentos e novos fármacos 1) Temos já o nosso primeiro termo controlado: breast neoplasms 2) Para terapias vamos recorrer aos subcabeçalhos do termo e acrescentar-lhe: /therapy. Ao pesquisarmos no Me. SH o subcabeçalho therapy (therapy [Subheading]), podemos verificar a que se refere o termo e ficar a conhecer os seus sinónimos: Therapy [Subheading] “Used with diseases for therapeutic interventions except drug therapy, diet therapy, radiotherapy, and surgery, for which specific subheadings exist. The concept is also used for articles and books dealing with multiple therapies. ” Assim, podemos concluir que ao especificar /therapy estamos a incluir várias intervenções terapêuticas mas não, por exemplo, a terapia por medicamentos. Há então necessidade de introduzirmos um novo termo: /drug therapy e, como para o nosso trabalho pretendemos apenas terapia com fármacos, podemos deixar cair da pesquisa o termo /therapy. 23

8. 3 Definir os termos (cont. ) 3) Necessitamos agora de encontrar os termos controlados para o conceito novos fármacos Ao acrescentarmos ao nosso termo principal /drug therapy estamos já a limitar os resultados à terapia com medicamentos. Para o conceito novos, não existindo um termo controlado, o mais indicado é a utilização de filtros posteriores à pesquisa: datas e ensaios clínicos mais recentes. 4) Podemos ainda juntar à nossa pesquisa termos que nos vão ajudar, mesmo que não traduzam a linguagem natural do tema do nosso trabalho. O termo Antineoplastic Agents refere-se a Substances that inhibit or prevent the proliferation of NEOPLASMS. Se adicionarmos o subcabeçalho /therapeutic use estamos já a especificar que procuramos o uso terapêutico dos antineoplásicos. Podemos agora reunir todos os nossos termos e partir para a criação de fórmulas de pesquisa: 1 - breast neoplasms/drug therapy 2 - antineoplastic agents /therapeutic use 24

8. 4 Criar fórmulas de pesquisa Esta é então a página da pesquisa avançada da Pubmed, onde podemos criar as nossas fórmulas de pesquisa, pesquisando pelos campos mais adequados, e acrescentando tantos campos quantos necessários: 25

8. 4 Criar fórmulas de pesquisa (cont. ) Olhando os resultados, podemos verificar que, segundo a pesquisa por Me. SH terms, são 15104 os artigos que versam, efetivamente, o assunto neoplasias da mama, terapia por medicamentos e uso terapêutico dos antineoplásicos : Podemos, nesta fase, utilizar os filtros que nos vão fornecer apenas os medicamentos mais recentes ou novos estudos. 26

8. 5 Usar filtros Usando o filtro “ 5 years” os nossos resultados são já 4529. Artigos sobre neoplasias da mama, terapia por medicamentos e uso terapêutico dos antineoplásicos que espelham as últimas investigações levadas a cabo: N. B. : Os resultados que apresentam títulos entre parênteses retos têm o texto principal do documento numa outra língua que não o inglês. Depois da referência 27 bibliográfica do artigo é possível verificar a língua do documento.

8. 5 Usar filtros (cont. ) Acrescentando o filtro clinical trial podemos verificar os ensaios clínicos de medicamentos para uso na terapia do cancro da mama nos últimos 5 anos: 604. 28

8. 6 Usar Mesh. Terms ou Me. SH Major Topic Vamos verificar as diferenças nos resultados ao utilizar uma outra pesquisa por assunto. Na pesquisa por Me. SH terms obtivemos 15104 artigos. Na pesquisa por Me. SH Major Topic, 8473. Isto significa que dos 15104 artigos que versam este assunto, 8473 debruçam-se maioritariamente sobre este assunto. É uma outra forma de restringir o tema, assim havendo necessidade. Se a estes resultados aplicarmos ainda os filtros 5 years e clinical trials, ficamos reduzidos a 370 ensaios clínicos nos últimos 5 anos vs. os 604 da pesquisa por Me. SH terms. Ainda se utilizarmos os filtros 5 years e review, ficaremos reduzidos a 606 artigos de revisão: o que de mais resumido pode existir sobre o assunto: 29

8. 7 Usar o histórico Nesta fase, podemos concluir que dos 281. 613 artigos que tínhamos à partida, quando efetuamos pesquisa pela linguagem natural, temos agora 370 e 606 artigos a que devemos dar toda a nossa atenção, os primeiros ensaios clínicos nos últimos 5 anos, os segundos artigos de revisão nos últimos 5 anos. A pesquisa de artigos científicos pode considerar-se que tenha “vida própria”. É tudo menos estática, finda, terminada. Estes resultados (370 + 606) não obrigam à leitura de todos os artigos! Há que saber fazer a seleção do que melhor convém ao trabalho que estamos a desenvolver. Conforme vamos pesquisando, encontrando artigos, lendo sumários, vamos encontrando outras possibilidades para a nossa pesquisa e podemos mesmo alterar o ponto fulcral da nossa investigação. É muito importante encontrar novos termos examinando os artigos que achamos mesmo necessários à nossa investigação, é essencial usar e combinar os termos entre si, olhar o histórico dos resultados e saltar para um e outro resultado conforme queremos ampliar ou limitar a nossa pesquisa. Para esse efeito, é importante saber ler os resultados na pesquisa. 30

8. 8 Saber ler os resultados Referência do artigo Interação com a Pubmed: salvar, exportar, etc. Título e autores do artigo Possibilidade de adicionar mais filtros Assuntos fornecidos pelos autores (linguagem natural) Citações relacionadas Publication types identifica o tipo de publicação: um artigo de revisão, neste caso Os assuntos (termos Me. SH) atribuídos pelo indexador da Pubmed a este artigo (linguagem controlada). Com asterisco (*) poderemos saber quais os Me. SH Major Topic que refletem o assunto principal do documento. 31

8. 9 Fazer download dos artigos Quando selecionamos um artigo importante à nossa investigação é imperativo aceder ao texto integral do mesmo. Para tal há uma série de procedimentos que podemos adotar: 1 - Em link. Out – more resources clicar em todas as editoras e bases de dados disponíveis e verificar qual nos dá acesso ao pdf (não nos limitarmos ao ícone no canto superior direito que diz full text links); 2 - Nenhum dos links dá acesso ao pdf? Então, de seguida, devemos copiar o título do artigo e… pesquisá-lo no Google! Por alguma razão, o pdf pode ter sido disponibilizado em qualquer sitio Web… 3 - Ainda não? Então vamos procurar o título nas restantes bases de dados: Google Scholar, B-On, Web of Knowledge, etc. 4 - Ainda sem acesso… Está na altura de ir à página da BCSUC de novo e verificar, no catálogo, se existe o título da revista, o ano, o volume e o número em que saiu o artigo que pretendo. 5 - A BCSUC não assina a revista ou não tem este nº. Restam três hipótese: 1) Pedir à BCSUC se encontra o artigo numa outra biblioteca e se o consegue de forma gratuita; 2) Contactar o autor (clicar em author information) e pedir que lhe disponibilize o documento; 3) Em ultimíssima hipótese, adquiri-lo junto de outra biblioteca ou da editora… 32

Já selecionou todos os artigos necessários à realização do seu trabalho científico? Parabéns! Ainda precisa de ajuda? A Biblioteca das Ciências da Saúde, virtual ou fisicamente, tem sempre um profissional disponível para ajudar. Obrigada! Biblioteca das Ciências da Saúde da Universidade de Coimbra http: //www. uc. pt/bcsuc Serviço de Informação e Referência referencia@bcs. uc. pt Outros tutoriais Pubmed Animated tutorials with audio for using Pub. Med Pubmed Tutorial Sandra Lima/2014 33