Pemeriksaan Biologi Molekular dan Mikrobiologi dalam Tatalaksana Penyakit

Pemeriksaan Biologi Molekular dan Mikrobiologi dalam Tatalaksana Penyakit Paru Irmawanty Setiaputri RS Paru dr. H. A Rotinsulu 2018

RUMAH SAKIT PARU dr. H. A ROTINSULU Visi Moto Lab • Menjadi RS Paru Rujukan Nasional Thn 2019 • Memberikan pelayanan yang berorientasi pada keselamatan pasien • Menyelenggarakan pendidikan, pelatihan, penelitian dan pengembangan ilmu di bidang kesehatan paru • Mengembangkan sumber daya RS • Akurat dan Tepat Hasil

Instalasi Laboratorium Patologi Klinik Laboratorium Biomolekular Laboratorium Mikrobiologi Klinik Laboratorium Patologi Anatomi

Instalasi Laboratorium……. Pendidikan&Pelatihan Pendidikan Kerja Lapangan Mahasiswa/I D 3, S 1 Penelitian Mahasiswa/i D 3, D 4/S 1, S 2, S 3

Unggulan & Pengembangan �Lab Biomolekular ◦ Pemeriksaan PCR TB, �Deteksi M. TB pada pasien susp. TB �Didominasi sampel cairan tubuh seperti cairan pleura dll ◦ Pemeriksaan Tes Cepat Molekular (TCM) �Sesuai Program Nasional untuk Deteksi M. TB (Diagnosis) pada pasien 2 susp. TB Baru, TB Anak, TB-HIV, MDR-TB dll �Bahan sampel yang digunakan �Sputum �Cairan pleura, feses dan cairan tubuh lainnya �Jaringan

Keuntungan Pemeriksaan TCM Pemeriksaan lebih cepat (± 2 jam di alat) Identifikasi M. TB dan Resistensi Rifampisin Prediktor MDR-TB Diagnosis Cepat Pemberian OAT Tidak terdeteksi TB Penghematan Pemberian OAT yang tidak perlu

Penafsiran TCM tidak menggantikan kebutuhan terhadap pemeriksaan mikroskopis BTA dan Kultur/Resistensi M. TB Hasil TCM diinterpretasikan bersama pemeriksaan klinis, radiologis dan pemeriksaan laboratorium lainnya

Pengembangan………. �Lab Biomolekular ◦ Pemeriksaan Biomolekular Epidermal Growth Factor Receptor=EGFR) untuk pasien onkologi paru guna target terapi ◦ Dilakukan pada sampel preparat PA ◦ Saat ini msh bekerjasama dengan pihak KALGEN ◦ Inshaallah……… akhir tahun’ 2018 pemeriksaan EGFR sudah dikerjakan di Lab Biomolekular Rumah Sakit Paru dr. H. A Rotinsulu menggunakan alat RT-PCR dengan penambahan pemeriksaan menggunakan sampel darah

Lab Mikrobiologi Lab Mikro TB sudah tersertifikasi Nasional sejak tahun 2015 untuk Kultur/Resistensi M. TB Lini 1&2 untuk Media Padat (LJ)&Media Cair (MGIT) Saat ini memegang wilayah region 2 Jawa Barat untuk Rujukan Kultur/Resistensi M. TB Lini 1&2

Kultur M. TB Media Cair (MGIT) Media cair “ lebih superior” dibandingkan media padat karena: 1. Deteksi cepat ( 12 -14 hari dpt dilihat pertumbuhannya) 2. Spesifisitas tinggi, dapat membedakan antara M. Tb dan NTM 3. Hampir seluruh spesimen klinis (kec. darah) dapat digunakan pada media cair

Kelemahan………… � Kultur Media cair jauh “Lebih Sensitif” terhadap kualitas inoculum dalam hal racun dan kontaminan dan bahan yang tersisa dari prosedur dekontaminan � Cost lebih mahal

MGIT

Safety First! For Patient, Our Lab&Others TERIMA KASIH

PERANAN PEMERIKSAAN BIOMOLEKULER DAN MIKROBIOLOGI PADA PENYAKIT PARU dr. Ruri Intania, Sp. P

TB PARU Tuberkulosis (TB) masalah kesehatan masyarakat di dunia � Upaya penanggulangan sejak tahun 1995. � Data WHO ( 2015) 1. Ditingkat global 9, 6 juta kasus TB baru, 3, 2 jt (perempuan) 1, 5 juta kematian karena TB , 480. 000 (perempuan). 2. 12% HIV positif, kematian 320. 000 orang 3. 480. 000 TB Resistan Obat (TB-RO), kematian 190. 000 orang 4. Dari 9, 6 juta kasus TB baru, 1 juta kasus TB Anak (di bawah usia 15 tahun) dengan 140. 000 kematian/tahun. 5. TB di Indonesia (data WHO 2015; 1 juta kasus TB baru/tahun, (399 per 100. 000 penduduk) 100. 000 kematian/ tahun, (41/100. 000 penduduk). �

KLASIFIKASI TB

KLASIFIKASI TB

DIAGNOSIS TB � Klinis � Pemeriksaan fisik � Pemeriksaan bakteriologis Pemeriksaan bakteriologi untuk menemukan kuman tuberkulosis mempunyai arti yang sangat penting dalam menegakkan diagnosis. Bahan untuk pemeriksaan bakteriologi ini dapat berasal dari dahak, cairan pleura, liquor cerebrospinal, bilasan bronkus, bilasan lambung, kurasan bronkoalveolar (bronchoalveolar lavage/BAL), urin, faeces dan jaringan biopsi (termasuk biopsi jarum halus/BJH)

Diagnosis TB � Pemeriksaan lesi minimal lesi luas radiologis;

Diagnosis TB ditegakkan berdasarkan terdapatnya paling sedikit satu spesimen konfirmasi M. tuberculosis atau sesuai dengan gambaran histologi TB atau bukti klinis sesuai TB. WHO merekomendasi pemeriksaan uji resistensi rifampisin dan / atau isoniazid terhadap kelompok pasien berikut ini pada saat mulai pengobatan: � Semua pasien dengan riwayat OAT. � TB resisten obat banyak didapatkan pada pasien dengan riwayat gagal terapi � Semua pasien dengan HIV yang didiagnosis TB aktif khususnya mereka yang tinggal di daerah dengan prevalens sedang atau tinggi TB resisten obat. � Pasien dengan TB aktif setelah terpajan dengan pasien TB resisten obat. � Semua pasien baru di daerah dengan kasus TB resisten obat primer >3%. 6

Diagnosis TB Rekomendasi WHO untuk uji resistensi obat selama pengobatan berlangsung pada situasi berikut ini: � Pasien baru / riwayat OAT dengan apusan dahak BTA tetap positif pada akhir fase intensif lakukan apusan dahak BTA pada bulan berikutnya. � Jika hasil apusan BTA tersebut masih positif maka biakan M. tuberculosis dan uji resistensi obat atau pemeriksaan Xpert MTB/RIF harus dilakukan.

Metode konvensional uji resistensi obat WHO mendukung penggunaan metode biakan media cair dan identifikasi M. tuberculosis cara cepat dibandingkan media padat saja. Metode cair lebih sensitif mendeteksi mikobakterium dan meningkatkan penemuan kasus sebesar 10% dibandingkan media padat di samping lebih cepat memperoleh hasil sekitar 10 hari dibandingkan 28 -42 hari dengan media padat

Xpert MTB/Rif Metode cepat uji resistensi obat (uji diagnostik molekular cepat) Xpert assay dapat mengidentifikasi M. tuberculosis dan mendeteksi resisten rifampisin dari dahak yang diperoleh dalam beberapa jam. Akan tetapi konfirmasi TB resisten obat dengan uji kepekaan obat konvensional masih digunakan sebagai baku emas (gold standard). Penggunaan Xpert MTB/RIF tidak menyingkirkan kebutuhan metode biakan dan uji resistensi obat konvensional yang penting untuk menegakkan diagnosis definitif TB pada pasien dengan apusan BTA negatif dan uji resistensi obat untuk menentukan kepekaan OAT lainnya selain rifampisin

Lung Cancer

BIOMOLECULAR STUDY IN LUNG CANCER � dr Ruri Intania, Sp P

Pathways To Adenocarcinoma In never smokers, EGFR pathway is frequently activated by mutations in the EGFR gene, resulting self-induced activation In smokers, mutations of the KRAS gene often occur, resulting in the release of growth factors, including transforming growth factor- (TGF), which is a ligand for EGFR At the end, result of KRAS or EGFR mutations are virtually identical, and mutations of both genes in adenocarcinomas of the lung are rarely seen Nature Reviews Cancer 7, 778 -790

�KRAS regulate cell proliferation, differentiation and survival MUTASI KRAS lung ADENOCARCINOMA (25 -40% of cases) • Western > Asian • males and smokers

ideal therapeutic target KRAS mutations but unfortunately clinical trials of targeted agents have generally been disappointing.

ROS 1 is receptor tyrosine kinase of the insulin receptor family that acts as an oncogenic driver in 1 -2% of NSCLC via genetic translocation between ROS 1 and other genes, which most often is CD 74 � ROS 1 translocation is commonly happened in adenocarcinoma patients, younger patients and nonsmokers � NOT sensitive clinical predictors � Method: FISH (fluorescein in-situ hybridization) � ü IHC for screening but confirm positivity with FISH © 2016 College of American Pathologists

ALK � ALK rearrangements 4% of unselected NSCLC � found in ADENOCARCINOMA from younger patients , never smokers or light smokers (78, 87 -91)

EGFR Regulation cell proliferation, survival, differentiation, neovascularisation, invasion and MUTASI metastasis EGFR NSCLC lung ADENOCARCINOMA (30 -40% of Asian populations) • Commonly female • younger • no history of smoking

EGFR – a good target for NSCLC A key role in tumor cell growth & function Its inhibition can inhibit downstream activity Tumor � Breast � Colon � NSCLC � Head & Neck � Ovarian � Pancreatic EGFR Expression Rate 14 25 40 80 35 30 – – – 91% 77% 80% 95% 70% 50%

EGFR Mutation In PIONEER study, Among 1450 evaluable samples, 51. 4% of Asian patients with advanced lung adenocarcinoma had EGFR mutations 2 Found more commonly in never-smokers, adenocarcinomas, women, Asians Predominantly located in EGFR exons 19 and 21 EGFR mutations are not the same: � ◦ ◦ �sensitive mutations �resistance mutations (T 790 M) 85% of EGFR mutations are either deletion exon 19 or L 858 (exon 21) mutation Gazdar, 2009, n engl j med 361; 10 2 Shi et al. , J Thorac Oncol. 2014; 9: 154– 162 Pao, Miller. J Clin Oncol. 2005; 23: 2556 -2568; Wu et al. J Thorac Oncol. 2007; 2: 430 -439.

TERIMAKASIH