n Primer Design http bioweb uwlax eduGen WebMolecularseqanalprimerdesign
较基础全面的引物设计解说 n Primer Design http: //bioweb. uwlax. edu/Gen. Web/Molecular/seq_anal/primer_design. htm 生物信息学 6
常用引物设计软件 n Primer Premier 6 (P 6) n Beacon Designer 8 生物信息学 7
常用在线引物设计 具 n NCBI Primer-Blast https: //www. ncbi. nlm. nih. gov/tools/primerblast/index. cgi? LINK_LOC=Blast. Home 生物信息学 9
常用在线引物设计 具 n NCBI Primer-Blast: Finding primers specific to your PCR template (using Primer 3 and BLAST) 能在线设计引物,并验证设计好的引物。 n 整合了目前流行的Primer 3软件,同时用 NCBI的Blast进行引物特异性验证。 n 生物信息学 10
http: //blast. ncbi. nlm. nih. gov 11 11
https: //www. ncbi. nlm. nih. gov/tools/primerblast/index. cgi? LINK_LOC=Blast. Home 生物信息学 12
n 3. 在m. RNA Gen. Bank页面,选取Pick Primers 生物信息学 15
例子 2:设计primers用于基因克隆—— 基因水平,非m. RNA/c. DNA水平 Template 序列,来自于拟南芥,长度 300 bp >seq AATTTGGTATGCTATTTCATCTTCCCCATACACAACctaatcaaaatgcaa aggaagcaattcataagaaaattattcataagcagactggacaaagtattcataacaga ataaatttggtttcactgttaggtatcaaataggatccatttatactatgcacagtcatcaggaa ggat. Cagtac. CTTAACGATCTGACCTGATCGTGTTTGTATA AGCCAGAAGCAGGATCTGGGCAAGGTACTTCAACTGAATCTCTAG AAAATATTGCTCGAGTAAGAC n 实验需求 product size: 110 bp 左右 Primer length: 27 bp 左右 n 根据经验 退火温度Tm: 60 摄氏度 左右 n 生物信息学 20
Scroll down, select advanced parameters 因为实验需要Primer 长 度 27 bp左右。保留或修 改此参数值均可 生物信息学 23
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