Mycobacterium avium in vitro RNAseq Illumina M avium

Mycobacterium avium – транскриптом in vitro Мы провели RNA-seq (Illumina) транскриптома M. avium subsp. avium TMC 724 из культуральной среды в mid-log фазе клеточного роста. Было получено ≈42 млн ридов, 28. 2 млн ридов было картировано на геном M. avium. 0. 2 млн 1% Representation of functional classes among the genes with the highest expression (top 10% of genes ranked by their RPKM values) 4. 4 млн 16% 3. 6 млн 13% Transport and binding proteins Unknown function Central intermediary metabolism Mobile and extrachromosomal element. . . Fatty acid and phospholipid metabolism Amino acid biosynthesis Cell envelope DNA metabolism Cellular processes Energy metabolism Purines, pyrimidines, nucleosides, and. . . Biosynthesis of cofactors, prosthetic groups, . . . Signal transduction Regulatory functions Protein fate Transcription Protein synthesis 18. 8 млн 70% reads mapped to r. RNA operon reads mapped to CDS (antisense orientation) reads mapped to IGR -3 -2 -1 0 1 2 3 4 5 (Ignatov et al. , unpublished results)

Mycobacterium tuberculosis – дормантное состояние Активные MTB Овоидные формы MTB (По Chao and Rubin, 2010, Annu Rev Microbiol) (Shleeva et al. , 2011, Tuberculosis)

Поиск дифференциально экспрессирующихся генов Top 30 генов с повышенной экспрессией при переходе в Dorm Gene PE_PGRS 17 PE_PGRS 10 Rv 0789 c Rv 3424 c Rv 2662 Rv 1405 c Rv 2013 Rv 3428 c Description PE-PGRS family protein PE_PGRS 17 PE-PGRS family protein PE_PGRS 10 Hypothetical protein Putative methyltransferase Transposase Possible transposase fad. D 18 cut 1 PE_PGRS 18 PPE 39 bpo. A Rv 0841 Rv 2656 c gal. K PE_PGRS 49 Rv 1403 c Rv 0612 lpq. X PE_PGRS 56 PE_PGRS 27 PE_PGRS 25 PE_PGRS 34 PE_PGRS 50 PE_PGRS 3 PE_PGRS 54 Probable fatty-acid-Co. A ligase Fad. D 18 Probable cutinase Cut 1 PE-PGRS family protein PE_PGRS 18 PPE family protein PPE 39 Possible peroxidase Bpo. A (non-haem peroxidase) Probable conserved transmembrane protein Possible Phi. Rv 2 prophage protein Probable galactokinase Gal. K (galactose kinase) PE-PGRS family protein PE_PGRS 49 Putative methyltransferase Conserved hypothetical protein Probable lipoprotein Lpq. X PE-PGRS family protein PE_PGRS 56 PE-PGRS family protein PE_PGRS 27 PE-PGRS family protein PE_PGRS 25 PE-PGRS family protein PE_PGRS 34 PE-PGRS family protein PE_PGRS 50 PE-PGRS family protein PE_PGRS 3 PE-PGRS family protein PE_PGRS 54 Мы применили программу edge. R для поиска генов, чья относительная представленность транскриптов которых внутри каждого из транскриптомов увеличилась/уменьшилась. 890 генов увеличает экспрессию при переходе в дормантное состояние (Dorm), при это снижается экспрессия 939 генов (Ignatov et al. , unpublished results)

Поиск дифференциально экспрессирующихся генов Анализ категорий генной онтологии (Gene Ontology, GO) и представленности генов (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA) был предпринят при помощи программы GOseq. Обогащено в Dorm Обогащено в Log Категория PE-PGRS F 0 F 1 -type ATP synthase Common Pathway For Synthesis of Aromatic Compounds (DAHP synthase to chorismate) Respiratory Complex I DNA repair, bacterial Rec. BCD pathway Ribosome SSU bacterial Chorismate Synthesis Ribosome LSU bacterial Arginine Biosynthesis extended TCA Cycle (Ignatov et al. , unpublished results)

Mycobacterium avium – транскриптом in vitro (Ignatov et al. , unpublished results)