Motores de bsqueda Sequence Retrieval System Copyright Ebiointel

Motores de búsqueda Sequence Retrieval System © Copyright Ebiointel, SL 2006

Bases de datos üNucleotide Database DNA de Gen. Bank, EMBL y DDBJ (+ Genome Sequence Data Base (GSDB) …. . ) Expressed Sequence Tagged (db. EST) Sequence Tagged Sites (db. STS) Single Nucleotide Polymorphirms (db. SNP) Genome Survey Sequences Database (similar to db. EST but genomic in origin) üProtein Database Traducción secuencias de DNA de Gen. Bank, EMBL and DDBJ y proteínas de PIR, SWISSPROT, PRF, Protein Data Bank (PDB) üGenome Database Genomas, comosomas, mapas genéticos, físicos, … üStructure Database Datos cristalográficos experimentales de PDB üPop. Set Database Secuencias alineadas de poblaciones üRef. Seq Secuencias de referencia “curadas” üTaxonomy Indexación secuencias por organismo © Copyright Ebiointel, SL 2006

Entrada Entrez Nucleotide (Gen. Bank) © Copyright Ebiointel, SL 2006

Límites © Copyright Ebiointel, SL 2006

Índice: permite visualizar las indexaciones © Copyright Ebiointel, SL 2006

Organización indexación © Copyright Ebiointel, SL 2006

History üacceso a la historia de la sesión üfacilita combinación de búsquedas © Copyright Ebiointel, SL 2006

Clipboard üalmacenamiento resultados © Copyright Ebiointel, SL 2006

Búsquedas en Entrez • Por defecto los términos se combinan con AND • Operadores boolenaos AND, OR, NOT, frases (“ “), palabras truncadas (*) • Autores: Gutierrez A • Búsquedas por Unique Identifiers üaccession numbers (AC) Gen. Bank/EMBL/DDBJ Una letra + 5 dígitos: U 12345 Dos letras + 6 dígitos: AF 123456 Swiss. Prot/PIR Una letra + 5 dígitos: P 12345 • Combinación de búsquedas mediante History • Refinamiento de las búsquedas mediante LIMITS © Copyright Ebiointel, SL 2006

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Formato gráfico © Copyright Ebiointel, SL 2006

Ejercicio üAcceder a Entrez üRealizar una nueva búsqueda con Streptococcus pneumoniae üRealizar de nuevo la búsqueda limitándola previamente a organismos mediante Limit to üRealizar una búsqueda de todas las secuencias con la “frase” “ferric uptake” üMediante History, combinar las dos búsquedas anteriores üVisualizar la secuencia en distintos formatos (gráficos) üAcceder a los hipervínculos del documento üGuardar la secuencia en formato FASTA © Copyright Ebiointel, SL 2006

Motor de búsqueda Sequence Retrieval System §Buscador relacional §Vínculos con otras bases de datos Programas ejecutables §Implementado en diferentes servidores §Sistema abierto (libre para instituciones públicas) © Copyright Ebiointel, SL 2006

Bases de datos en EBI © Copyright Ebiointel, SL 2006

Búsquedas mediante SRS üOpciones de búsqueda • Quick Search (siempre usa el operador OR entre términos) • Standard (formulario para realizar búsquedas combinadas) • Extended (formulario para realizar búsquedas combinadas) üBúsquedas lógicas Combinaciones AND, OR, BUTNOT §de términos §de búsquedas previas mediante Results §Operador * (aaa*/ aa*aa) © Copyright Ebiointel, SL 2006 SRS User Guide

Entrada SRS © Copyright Ebiointel, SL 2006

Menú principal Selección base(s) datos y tipo de búsqueda © Copyright Ebiointel, SL 2006

Standard Query Form © Copyright Ebiointel, SL 2006

Tools Menu © Copyright Ebiointel, SL 2006

Ejercicio üAcceder a SRS üRealizar una nueva búsqueda en Quick con Streptococcus pneumoniae üRepetir la búsqueda en Standard üRealizar de nuevo la búsqueda limitándola previamente a organismos mediante Organism üRealizar una búsqueda de “ferric uptake” üMediante Results combinar las dos búsquedas anteriores üVisualizar la secuencia en distintos formatos y compararla con la obtenida en Gen. Bank üAcceder a los hipervínculos del documento üRealizar un mapa de restricción mediante Tools © Copyright Ebiointel, SL 2006