MM MD LJ fitting LJ fitting 5 kcalmolfit

MM MDを実行する。 LJ パラメータをfittingする。 繰り返す。 LJ パラメータをfittingした値に更新する。 5 kcal/mol以下の力のものでfitした場合。 １回目 Avan 391327. 818045730 Bvan 499. 805192290275 total number of data = 13598 1. 70385119523977 0. 159588213973538 2回目 Avan 462449. 597822375 全く、収束しない Bvan 935. 094768305671 total number of data = 20704 1. 57825243032073 0. 472701365635359 注意 計算量を保持していな いので、サンプル数は まちまちになっている。

0. 3 kcal/mol以下の力のものでfitした場合。 １回目 Avan 388164. 774758360 Bvan 453. 273845311153 total number of data = 10547 1. 72948810933189 0. 132326007023087 2回目 Avan 350814. 006160727 Bvan 447. 092709207894 total number of data = 16162 1. 70446554399218 0. 142448624567796 3回目 Avan 311609. 824774273 Bvan 442. 700609338533 total number of data = 13549 1. 67388329033658 0. 157234956929453 4回目 Avan 406086. 286337714 Bvan 471. 523177084955 total number of data = 21122 1. 73112149941292 0. 136876148006258 比較的安定はしている。 とりあえず、4回目の結果と平均 値を用いて、MDを実行する。 平均値 ROO=1. 7097 A, e. OO=0. 14222 Avan=363483. 4845 Bvan=454. 731316

静電相互作用項 電荷 / e O fitting TIP 3 P PCM 原子分極率 H -0. 91048 0. 45524 -0. 834 0. 417 -0. 9041 0. 4520 O H 29. 72857 -10. 33892 双極子モーメント / Debye 2. 6298 2. 54 非静電相互作用項 (分極相互作用を無視した場合) 非静電相互作用 Roo / Å eoo / kcal. mol-1 fitting 1. 7097 0. 142 (前回 0. 367) TIP 3 P 1. 7683 0. 152