Mikrobioloogilised kollektsioonid Eestis Jaak Truu Tartu likooli Molekulaar
Mikrobioloogilised kollektsioonid Eestis Jaak Truu Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut
Riikliku programmi poolt toetatavad kogud Kogu nimi Programmis alates WDCM kood* Eesti Maaülikooli Põllumajandus- ja keskkonnainstituudi seente eluskultuuride kollektsioon 2004 WDCM 821 Keemilise ja Bioloogilise Füüsika Instituudi loodusteaduslikud kogud 2004 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi looduslike ja laboratoorsete mikroobitüvede kollektsioon 2004 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi loomsete koekultuuride ja eukarüootsete mikroorganismide kollektsioon 2005 Tartu Ülikooli Mikrobioloogia instituudi mikroobitüvede kollektsioon 2004 Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituudi biomeditsiini rakupank 2005 WDCM 926 *WDCM kood on kogu registreerimisnumber WFCC andmebaasis (World Data Centre for Microorganisms)
Eesti Maaülikooli Põllumajandus- ja keskkonnainstituudi seente eluskultuuride kollektsioon (WDCM 821) • Asutati 1970. aastal seente süstemaatika ja varieeruvuse uurimiseks. • Kogus hoitakse püsivalt ligikaudu 2700 seenetüve, millest põhiosa moodustavad puitu lagundavad kandseened ja seente viljakehadel parasiteerivad kottseened, lisaks mükoriisat moodustavad ja eri liudseente liigid. • Esindatud 390 liiki Fistulina hepatica Phellinus ssp.
Eesti Maaülikooli Põllumajandus- ja keskkonnainstituudi seente eluskultuuride kollektsioon • Kultuure säilitatakse temperatuuril 5– 6 °C kahes korduses ning ümberkülve tehakse kord aastas. • 2008 a. alustati kandseente kultuuride külvamist pikemaajalisemaks säilitamiseks krüoviaalides steriilses vees Hypomyces sp. Fotod: Anu Kollom
Keemilise ja Bioloogilise Füüsika Instituudi loodusteaduslikud kogud • Asutati 1980. aastal • Kogu koosneb eri tüüpi bioloogilisest materjalist – – geenmodifitseeritud bakteriaalsed raskemetalli sensorid ja toksilisuse mehhanismi põhiselt geen-vaigistatatud tüved, – plasmiidikollektsioon – (geno)toksikoloogilistes uuringutes kasutatavd bakterid – pärmikollektsioon, – looma- ja inimrakkude kultuurid – toksikoloogias in vitro kasutatavad mikrovetikate, algloomade ja kirpvähiliste kogu. • Mikrobioloogilisi kogusid säilitatakse sügavkülmikutes ja vedelas lämmastikus. • Säilitatavate kultuuride arv on 700. • Kogu veebipõhine andmebaas on väljatöötamisel ja kogude andmebaasid olemas Exceli tabelite kujul.
Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi looduslike ja laboratoorsete mikroobitüvede kollektsioon (WDCM 926) • Asutatud 1990. aastal • Kogus esindatud mikroobid on kogutud Eesti eri piirkondade vee- ja pinnaseproovidest • Suure osa koguga seotud tööst hõlmab mikroobitüvede iseloomustamine nende täpse identifitseerimise aluseks olevate klassikaliste ja molekulaarbioloogiliste meetoditega. Mikroobitüvede kasutamine õppetöös. TÜ MRI mikrobioloogia praktikum 2008.
Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi looduslike ja laboratoorsete mikroobitüvede kollektsioon (WDCM 926) • Tüvesid säilitatakse sügavkülmikus (– 80 °C) ja eluskultuuridena • 2008. aastal käivitus veebipõhine andmebaas (http: //www. miccol. ut. ee) • Alates 2008 aastast on kogu Euroopa Kultuurikogude Organisatsiooni (ECCO) liige.
Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi loomsete koekultuuride ja eukarüootsete mikroorganismide kollektsioon • Asutatud 1996. aastal • Mitmesuguse päritoluga (eelkõige imetajate) rakukultuurid • Pärmid S. cerevisiae, S. pombe, H. polymorpha, P. pastoris ja K. lactis ja C. albicans tüved. • Säilikute arv on 700. • Kogu kasutatakse õppe ja teadustööks eelkõige teadusarendusasutustes.
Tartu Ülikooli Mikrobioloogia instituudi mikroobitüvede kollektsioon • Esimesed 227 laktobatsillide tüve isoleeriti Eesti ja Rootsi laste roojaproovidest allergiauuringu raames 1994 -1995. aastal • 1998– 2004 lisati kollektsiooni veel 1300 laktobatsilli tüve • 2005. a täienes kultuurikollektsioon EL-i 5. raamprojekti käigus läbiviidud sünbiootikumi katsetuses 53 Eesti vabatahtlikult pärinevate laktobatsillide tüvedega (u 500 tüve) • Samuti hoitakse kultuurikollektsioonis Tervislike Piimatoodete Biotehnoloogia teadus-arenduskeskusele litsenseeritud laktobatsillide 11 tüve. • Kogus säilitatakse ka H. pylori DNA näidiseid
Tartu Ülikooli Mikrobioloogia instituudi mikroobitüvede kollektsioon Uus nimi: Eestis levinumate patogeensete bakterite ja nende suhtes antagonistlike inimpäritolu laktobatsillide tüved Tüvesid säilitatakse sügavkülmikus (– 80 °C) ja/või lüofiliseeritult ampullides.
Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituudi biomeditsiini rakupank • Kogus hoitakse Eestis loodud rakuliine ning Tartu Ülikoolis loodud monokloonseid antikehi tootvaid hübridoomide liine, millel on nii teaduslik kui ka müügiväärtus. • Lisaks sellele hoitakse kogus Tartu Ülikooli teadlaste poolt saadud, ostetud või muul viisil hangitud inimese ja loomade rakkude püsiliine. • Säilikute orienteeriv arv kogus on 16 000. • Kogu täiendamiseks on alustatud geneetilise võimaliku geneetilise defektiga inimeste rakuliinide kogumist.
PÕLLUMAJANDUSUURINGUTE KESKUSE MIKROORGANISMIDE KOLLEKTSIOON • Asutatud 1949. aastal • Kogus on esindatud üle 300 seenekultuuri (peamiselt mullaseened) ja üle 200 bakteritüve (enamus mügarbakterid) • Kogu peamisi ülesandeid oli kunagi rakendusuuringuteks vajalike mikroorganismide kollektsiooni säilitamine ja täiendamine ning uute bakteritüvede selekteerimine ja katsetamine taimse materjali efektiivseks kasvatamiseks ja säilitamiseks. • Osasid mügarbakterite tüvesid kasutatakse liblikõieliste kultuuride rakendusuuringutes. (Eesti Maaviljelus Instituut) • Hetke on kollektsiooni peamine ülesanne mikroorgamismide säilitamine.
Kogudes hoitava materjali päritolu Kogu nimi Eestis kogutud Eesti Maaülikooli Põllumajandus- ja keskkonnainstituudi seente eluskultuuride kollektsioon ● Keemilise ja Bioloogilise Füüsika Instituudi loodusteaduslikud kogud ● Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi looduslike ja laboratoorsete mikroobitüvede kollektsioon ● Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudi loomsete koekultuuride ja eukarüootsete mikroorganismide kollektsioon Eestis loodud ● ● Tartu Ülikooli Mikrobioloogia instituudi mikroobitüvede kollektsioon ● Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituudi biomeditsiini rakupank ● ●
Edasine areng • Eesti mikrobioloogiliste kogude edasine areng võiks lähtuda OECD soovitustest, mille eesmärgiks on tagada ühtsetest standarditest lähtudes kogudes hoitava materjali kvaliteet ja kättesaadavus • Ühtsete standardite tutvustamine ja sisseviimine võib toimuda riiklikul tasandil, kuid OECD soovitab ka kogudel endil juhendmaterjalis esitatud põhimõtteid oma töös aktiivselt rakendada. • Kindlasti tuleks rohkem panustada kogudes hoitava materjali kättesaadavuse parandamisele infotehnoloogiliste lahenduste kaudu, mis oleksid võimaluse korral seotud või ühilduksid rahvusvaheliste andmebaaside ning otsingusüsteemidega http: //www. oecd. org/dataoecd/ 7/13/38777417. pdf
Rahvusvahelised organisatsioonid • Igal aastal konverents • Ühiste taotluste ettevalmistamine • Ühtse lepingu, MTA (Material Transfer Agreement) loomine
Rahvusvahelised andmebaasid:
Rahvusvahelised andmebaasid: Straininfo. net
Lähinaabrid • Microbial Strain Collection of Latvia (IDA) • VTT Culture Collection (Soome) • HAMBI Culture Collection (Soome) • Culture Collection, University of Göteborg
Belgian Coordinated Collections of Micro-organisms o. Loodud 1983 nelja kogu baasil (seened, pärmid, bakterid, plasmiidid) o 1992 saadi IDA staatus o. Pikaajaline finantseerimine, iga 5 aasta järel hinnatakse tulemusi o. Osaleb edukalt rahvusvahelistes organisatsioonides ja projektides
Tänud Tartu Ülikool: Prof. M. Mikelsaar Eesti Maaülikool: A. Kollom KBFI: Dr. A. Kahru Põllumajandusuuringute Keskus: M. Kauk
Mikrobioloogilised kogud Tartu Ülikooli TÜMRI bakterite kogu (Foto J. Truu)
Mikrobioloogilised kogud Tartu Ülikooli TÜMRI bakterite kogu (Foto J. Truu)
Mikrobioloogilised kogud Tartu Ülikooli mikrobioloogia instituudi bakterite kogu (Foto P. Hütt ja M. Mikelsaar)
Mikrobioloogilised kogud Tartu Ülikooli mikrobioloogia instituudi bakterite kogu (Foto P. Hütt ja M. Mikelsaar)
Mikrobioloogilised kogud Tartu Ülikooli mikrobioloogia instituudi bakterite kogu (Foto P. Hütt ja M. Mikelsaar)
Mikrobioloogilised kogud Eesti Maaülikooli seente eluskultuuride kogu (Foto U. Kõljalg)
Mikrobioloogilised kogud Eesti Maaülikooli seente eluskultuuride kogu (Foto U. Kõljalg)
Mikrobioloogilised kogud Eesti Maaülikooli seente eluskultuuride kogu, (Foto K. Põldmaa)
Mikrobioloogilised kogud Kogu Säiliku tüüp Laenutamine Andmebaas KBFI Bakterid (seened, algloomad, vetikad Teadustööks Excel, veebipõhine arendamisel TÜMB, TÜK Bakterid Litsentsi ja lepingute alusel Olemas, edasiarendus 2 a. TÜT Loomsed (sh. inimene) Kokkuleppel rakuliinid rakuliini omanikuga EMÜ PKI Seened TÜ LKEMK Loomsed koekultuurid, Teadustööks tasuta seened (leping) TÜ LLMK Bakterid Olemas, lõplik väljatöötam. 2007 Teadustööks tasuta Veebipõhine My. SQL Teadustööks tasuta -
Mikrobioloogilised kogud Kogu Rahastamine Probleemid Ettepanekud KBFI Ligikaudu 55% kuludest Ruumide ventilatsioon TÜMB, TÜK Ligikaudu 55% kuludest Andmete avalikustamise korrastam. TÜT Ligikaudu 75% kuludest Eesti Rakupank EMÜ PKI Ligikaudu 90% kuludest TÜ LKEMK Ligikaudu 75% kuludest TÜ LLMK Ligikaudu 60% kuludest Stabiilne finants. tööjõud Kogu jaoks vaja eraldi ruumi Pikaajaline finants. tööjõu palkamiseks
- Slides: 32