Matrices tude de la diversit gntique intraspecifique Typer

Matrices

ØÉtude de la diversité génétique intraspecifique ØTyper 25 -30 individus non apparentés ØMarqueurs moléculaires

Représentation des génotypes dans un tableau (Exel)

Équilibre de Hardy-Weinberg

q Mis en évidence en 1908 par G. h. Hardy et W. Weinberg q Les fréquences alléliques et genotypiques restent stable de génération en génération dans une population diploïde idéale

Condition de l’équilibre de Hardy-Weinberg 1. La population est panmictique : le choix du conjoint se fait de manière aléatoire 2. Tous les individus participant au processus de reproduction appartiennent à la même génération 3. La population est isolée : aucun gène n'est introduit par des migrants extérieurs 4. La taille de la population est infinie 5. Il n'y a pas de mutation au locus considéré 6 Il n'y a pas de sélection agissant sur le locus considéré

Loi de Hardy-Weinberg: Equilibre de la fréquence des allèles et des génotypes au cours des générations. Cas d’un locus bi-allélique Fréquence allélique F Gamète 2 Gamète 1 A (p) a (q) A (p) AA Aa a (q) Aa aa Fréquence génotypique p 2+2 pq+q 2=1

Prédiction des fréquences génotypiques de la génération t+1 à partir des fréquences alléliques de la génération t l'axe horizontal indique les deux fréquences d'allèle p et q, l'axe vertical indique la fréquence des génotypes les trois génotypes possibles sont représentés par des courbes différents

Pour un système multiallèlique à n allèles la formule devient (p 1 + p 2 +… pn )2 = 1. f. Ai = Pi 2 f. Ai. Aj = Pi. Pj

GENPOP (version 1. 2) ( Raymond et Rousset 1995) deux estimation de Fis(mesure l’écart à la panmixie à l’intérieur des populations): une basée sur le modèle de Weir et Cockerham’s (1984) et la deuxième sur le modèle de Robertson et Hill (1984)

Fis=1 -Ho/Hs Ho: hétérozygotie moyenne observée Hs: hétérozygotie intra-population sous l’hypothèse de Hardy-Weinberg

q Test d’excès d’hétérozygotes Ho: absence d’excès en hétérozygotes H 1: présence d’excès en hétérozygotes q Test de déficit en hétérozygotes Ho: absence de déficit en hétérozygotes H 1: présence de déficit en hétérozygotes

Ho rejetée Valeur de Fis > P calculée H 1 acceptée Valeur de Fis < P calculée Ho acceptée P estimée utilisant la méthode des chaines de Markov (Guo et Thompson)

facteurs affectant l’équilibre Ø Dérive génétique Ø Pression sélective Ø Migration Ø Mutation

Dérive génétique Fluctuation des fréquences géniques d’une génération à l’autre à l’intérieur d’une population fermée (à faible effectif) diminution du taux d’hétérozygotes

pression sélective Les individus n’ont pas la même probabilité de devenir reproducteurs et/ou n’ont pas, une fois reproducteur la même espérance de taille de descendance. Evolution orientée des fréquences géniques

Migration À sens unique évolution rapide des fréquences géniques Echange entre deux populations Homogénéisation génétique

Mutation Le rythme d’évolution des fréquences est très lent Sélection et la dérive génétique

facteurs affectant l’équilibre Croisement consanguin q Homogamie q Biais d’échantillonnage, q Biais d’enregistrement des généalogies q Insémination artificiel q Allèle nul q Effet père q