Master Bioinformatics Bioinformatics Systems Biolgy Jaap Heringa Sanne

Master Bioinformatics (Bioinformatics & Systems Biolgy) Jaap Heringa Sanne Abeln Anton Feenstra

Van Gen naar Functie Genes m. RNA Proteins TERTIARY STRUCTURE (fold) Metabolites

Onderzoek & Bioinformatica clinical trials (chdr) Model + Algorithme mammaprint (agendia) next generation sequencing (baseclear)

Opbouw Studie - Keuze Major • Bioinformatics Major • Systems Biology

Wat is Systeem Biologie? Hoe zou jij erachter komen hoe een radio werkt? Hoe komt een bioloog erachter hoe een radio werkt? We zouden het systeem willen begrijpen.

Wat is Systeem Biologie?

Wie komen studeren? WO Biologie HBO Informatica Bioinformatica Master Bioinformatica Leer samenwerken met mensen uit verschillende disciplines

Opbouw Studie: vakken Vakken - 4 vakken (24 ects) verplicht voor beide majors - 3 vakken (18 ects) voor Bioinformatica - 3 keuze vakken (18 ects) Stages - Totaal 60 ects

Opbouw Studie - Jaar 1 gezamenlijk vak gezamenlijke start Bioinformatics & Systems Biology keuze moment Bioinformatics

Opbouw Studie - Jaar 1

Opbouw Studie - Jaar 1 - door samenwerking is het programma goed “studeerbaar” in twee jaar. - Keuzevakken kunnen goed ingepland worden

Opbouw studie: Keuzevakken Systems Biology • Basic models in Systems Biology • Advanced models in Systems Biology Artificial Intelligence • Data mining techniques • Genetic algorithms� • Neural Networks Statistics • Statistical Genetics • Statistical Models Biology • Epigenetics • Molecular physiology � Other interesting options • Principles of Neuroscience • Physical biology of the cell

Opbouw studie - Jaar 2 • twee stages/afstudeervakken: • Minor: 18 -24 ects • Major: 36 -42 ects • Stageplekken: • Bedrijf, Universiteit, Buitenland, Instituut, Lab, Ziekenhuis

Stageplekken • Nederland, onder andere: – VU (FEW/ FALW) – LUMC – VUmc – Philips – CMBI – Organon (Merck) – UMCU – Agendia – Uv. A – Keygene – UU – Baseclear – TNO – MRC-Holland

Stageplekken • Buitenland: – Stockholm Bioinformatics Centre – European Bioinformatics Institute, Hinxton, UK – Deutsche Krebs Forchungs Zentrum, Heidelberg – European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg – INRIA Strasbourg – Sloan Kettering Foundation NYC, USA – LONI laboratory UCLA, USA – Oakland University, NZ – RIKEN Tokyo, Japan – UMC Mineapolis (Ann Arbour), USA

Fundamentals of Bioinformatics clinical trials (chdr) Model + Algorithme mammaprint (agendia) next generation sequencing (baseclear)

Intoduction to Systems Biology

Algorithms in Sequence Analysis HMMs Dynamic Programming Alignment Tree Building http: //zeus. few. vu. nl/programs/shmrwww/example/

Structural Bioinformatics Analysing protein structures ‘ab-initio’ prediction Homology modeling Protein Simulation�

Bioinformatics for Translational Medicine Store, process, analyse, model, predict

Onderzoek in onze groep http: //zeus. few. vu. nl/programs/shmrwww/example/

Onderzoek in onze groep

Onderzoek in onze groep Reversible oligomerization Irreversible fiber formation

Minor. . . (voor Bachelor) • . . komt eraan, waarschijnlijk in 2012/2013 • 2011/2012 – We stellen een vakkenpakket samen voor HBOers die kan dienen als minor

Waarom een Master? • kritisch denken - nieuw vakgebied – zelf nieuwe methodes inschatten • overzicht – Onderzoek, papers • doorgroei in bedrijfsleven! – wat + hoe + waarom

Requirements • Aantoonbare ervaring in (Moleculaire) biology of Computer Science • HBO - Bioinformatica - geen extra eisen • Verplicht intake gesprek • Kleine deficiënties bijwerken tijdens master (< 12 ects): • Bijv: biologie, programmeren, wiskunde, statistiek • Individuele begeleiding in bioinformatica groep

Waarom Bioinformatica in Amsterdam? • Master Bioinformatica titel • Geaccrediteerd! • Diepte in “Bioinformatica” • Sterk in Internationaal Onderzoek • Veel contacten (stages) • Midden in nieuwste ontwikkelingen • Interdisciplinair Karakter • “Dicht bij” Systeem Biologie • Studenten met verschillende achtergronden • Persoonlijke mentoring (VU) – direct contact met docenten

Master Bioinformatics Jaap Heringa heringa@few. vu. nl Sanne Abeln Anton Feenstra s. abeln@few. vu. nl feenstra@few. vu. nl www. ibi. vu. nl/teaching