Les familles de virus Gants une quatrime branche

Les familles de virus « Géants » : une quatrième branche de l’arbre du vivant ? Jean-Pierre HALUK Académie Lorraine des Sciences, Nancy Réf. : Travail de synthèse réalisé par : 1 - Anne DEBOISE, La Recherche, n° 505, novembre 2015 2 - Sabine GIRY, Biofutur, n° 375, avril 2016 concernant 2 grands laboratoires de recherche en microbiologie à Marseille dirigés par les Professeurs Didier RAOULT et Jean-Michel CLAVERIE 1

Professeur Didier RAOULT 2

§ Professeur de microbiologie à la Faculté de Médecine de Marseille. § Depuis 2008, dirige l’URMITE : Unité de Recherche des Maladies Infectieuses et Tropicales Émergentes, à la Faculté de Médecine de Marseille. § Directeur de l’Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection. § Plus de 2. 000 articles scientifiques référencés (dont Nature, Science, PNAS, …) 3

§ 2010 : Grand Prix de l’Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM). § Son laboratoire emploie aujourd’hui plus de 400 personnes, dont une soixantaine de chercheurs, qui publient entre 150 et 200 articles par an. En outre, production de plus de 45 brevets. § 3ème position parmi les microbiologistes les plus cités du monde. 4

§ Thématiques de recherche : 1. Les virus géants (depuis la découverte du 1 er virus géant Mimivirus en 2004). 2. Depuis 1983, création d’une unité de recherche sur les Rickettsies (bactéries intracellulaires responsables du typhus). 3. Identification et séquençage d’une centaine de nouveaux agents pathogènes. 5

4. Centre de référence mondial pour les infections (fièvre Q : coxiellose : pneumopathies ou hépatites ; maladie de Whippe : affection rare, mais fatale). 5. Tous les ans, réception de 10 à 15. 000 échantillons de PEAU, de SANG ou d’ORGANES pour diagnostic (même des USA). 6. Microbiogénomique, culturomique étude sur les probiotiques. microbienne, 6

Professeur Jean-Michel CLAVERIE 7

§ Professeur à la Faculté de Médecine de l’Université de la Méditerranée. § Dirige le Laboratoire d’Information Génomique et Structurale (LIGS) du CNRS (UPR 2589) à l’Université d’Aix-Marseille. § Spécialiste du séquençage du génome des virus géants. 8

§ Spécialiste de la radiographie … biologique : utilisation d’un flash de laser X ultrapuissant pour obtenir l’image radiographique d’une PARTICULE VIRALE unique à la résolution moléculaire Ø Ouverture de la voie, à l’étude structurale détaillée des entités biologiques « molles » , dynamiques, sans symétrie particulière et pour la plupart non cristallisable. 9

Un VIRUS 10 fois plus GROS que la normale ! ØTaille du microorganisme dévoilé en 2014 par l’équipe de Jean-Michel CLAVERIE au LIGS de Marseille Réf. : M. LEGENDRE et al. , PNAS, 111, 427, 2014. Alors que les manuels de Biologie présentent encore les VIRUS comme des organismes de PETITE TAILLE (entre 0, 01 et 0, 3 μ) 10

Le PITHOVIRUS SIBERICUM fait figure de GÉANT ! La particule virale du Pithovirus est entourée d’une enveloppe épaisse de 0, 06 micromètre en forme d’amphore. À l’extrémité se trouve l’ouverture par laquelle injecte son matériel génétique et des protéines à l’intérieur de la cellule qu’elle infecte. Ø Sa CAPSIDE, la structure qui entoure le génome atteint 1, 5 μm de long … soit la taille d’une belle bactérie 11

L’équipe n’en est pas à son coup d’essai, puisqu’elle avait déjà participé à l’IDENTIFICATION de la 1ÈRE ESPÈCE DE VIRUS GÉANT, MIMIVIRUS (MÉGAVIRUS) en 2003 (0, 5 µm de diamètre). Réf. : B. La Scola et al. , Science, 299, 2033, 2003. Image d’un Mimivirus en microscopie électronique (approx. X 200. 000) Crédit : CNRS photothèque – D. Raoult, N. Aldrovandi. Mimivirus 400 nm 12

Puis découverte de la famille des PANDORAVIRUS en 2013 (1 µm de long). Réf. : M. Philippe et al. , Science, 341, 281, 2013. Les pandoravirus ne ressemblent pas du tout à des virus. À tel point qu’ils ont d’abord été pris pour des bactéries, faisant à peu près la même taille. Pas si bête, puisqu’ils sont peut-être leurs descendants. Crédit : Chantal Abergel et Jean-Michel Claverie. À l’image, on peut voir une amibe infestée par des pandoravirus (ronds grisés cerclés de noir). Ceux-ci, longs d’environ 1 µm, sont mortels pour cet unicellulaire. Crédit : Chantal Abergel et Jean-Michel Claverie. 13

Septembre 2015 : 4ème famille de virus géants : les MOLLIVIRUS SIBERICUM (0, 6 µm de long). Mollivirus sibericum, le nouveau virus géant réveillé par des chercheurs en Sibérie. Ce virus vieux de 30. 000 ans a été découvert dans le permafrost sibérien et appelle à prendre des précautions. Photo : chercheurs de l’IGS-CNRS d’Aix. Marseille par Aymeric Parthonnaud, avec AFP. Donc ouverture d’une nouvelle BRANCHE de la BIOLOGIE ! 14

Les virus géants (au centre), bien plus grand que les virus classiques (à gauche), ont un génome qui code beaucoup plus de protéines : on estime que le mimivirus en code environ 1000, le pandoravirus, environ 2500 et le pithovirus environ 500, tandis que, par exemple, le virus du sida n’en code que 9 et le rhinovirus, une seule polyprotéine (qui est coupée ensuite en 9 protéines). La bactérie Escherichia coli (à droite), quant à elle, en code environ 4300, et le globule rouge humain (en bas), environ 20000. 15

PITHOVIRUS (2014) et MOLLIVIRUS (2015) Identification dans le sol gelé sibérien, le PERGÉLISOL (permafrost) où les virus étaient restés INACTIVÉS pendant 30. 000 ans Le dégel des terres sibériennes libère des virus enfouis sous les glaces depuis trente mille ans. 16

En réactivant le VIRUS après son long séjour dans les glaces, ils pointent aussi du doigt le DANGER représenté par l’exploitation des SOLS ARCTIQUES, rendue possible par le CHANGEMENT CLIMATIQUE Enfin, alimentation de la POLÉMIQUE, ouverte avec MIMIVIRUS en 2003 : FAUT-IL DÉSORMAIS CONSIDÉRER LES VIRUS COMME DES ÊTRES VIVANTS ? Une POLÉMIQUE qui pourrait bouleverser l’HISTOIRE DE LA VIE TERRESTRE 17

Comment en est-on arrivé là ? Pour Chantal ABERGEL, coauteur de ces découvertes successives et chercheuse dans le laboratoire de Jean-Michel CLAVERIE, l’histoire de cette publication a commencé en 2012 : « Une nouvelle extravagante faisait le tour du Web : une équipe russe avait réussi à faire GERMER une graine de PLANTE À FLEUR, qui avait été enfouie dans le sol gelé sibérien 30. 000 ans auparavant par un écureuil. À Marseille, nous sommes dit : s’ils ont redonné VIE à une plante, nous devrions être capables de FAIRE DE MÊME AVEC DES VIRUS ! » 18

Contact a été pris avec l’équipe russe, qui accepte de faire parvenir au laboratoire un ÉCHANTILLON DE SOL GELÉ extrait du PERGÉLISOL de la région de CHUKOTKA, dans l’extrême nord-est sibérien. 19

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La DÉMARCHE SURPREND MOINS quand on connaît la courte histoire de la DÉCOUVERTE DES VIRUS GÉANTS : L’échantillon dans lequel figurait le 1 er de ces microorganismes provenait d’une collection de prélèvements effectués en 2002 dans les TOURS DE REFROIDISSEMENT d’un HÔPITAL BRITANNIQUE 21

L’établissement était alors le théâtre de nombreux cas de pneumonie. Ayant été observée au MICROSCOPE OPTIQUE, la particule avait été d’emblée rangée parmi les BACTÉRIES puisque les VIRUS ne sont pas VISIBLES avec ce type d’appareil. Mais quand en 2012, la collection parvient dans le laboratoire du VIROLOGUE Didier RAOULT, à la Faculté de Médecine de Marseille, les chercheurs sont intrigués par cette bactérie. 22

Après ANALYSE, elle s’avère DÉPOURVUE de certains GÈNES TYPIQUEMENT BACTÉRIENS. Observation aussi au MICROSCOPE ÉLECTRONIQUE et découverte d’une forme ICOSAÉDRIQUE (POLYÈDRE à 20 FACES), typique des VIRUS d’où la dénomination de MIMIVIRUS 23

L’expérience exacerbe la CURIOSITÉ des MICROBIOLOGISTES pour les échantillons EXOTIQUES. Persuadé que MIMIVIRUS n’est pas un « phénomène de foire » , mais le 1 er exemplaire d’un monde totalement ignoré des biologistes, Jean-Michel CLAVERIE passe au crible les BANQUES DE GÈNES SÉQUENCÉS lors des expéditions maritimes de CRAIG VENTER entre 2004 et 2006 dans la Mer des Sargasses Il identifie des CENTAINES de SÉQUENCES caractéristiques des MIMIVIRUS. 24

Avec Chantal ABERGEL, il se rend dans plusieurs STATIONS BIOLOGIQUES à travers le monde : èAfin d’effectuer des PRÉLÈVEMENTS dans les MILIEUX NATURELS les plus divers possibles. Ils reviennent avec MÉGAVIRUS CHILENSIS, qui pourrait être classé, avec MIMIVIRUS et d’autres ORGANISMES identifiés par le groupe de Didier RAOULT, dans une grande famille : les MÉGAVIRUS 25

Une particule de Mégavirus vue en microscopie électronique en transmission. Échelle : 0, 1 µm. Crédit : C. Abergel /IGS-CNRS. Image de microscope électronique d’une coupe de Mégavirus infectant une amibe. Crédit : Chantal Abergel / IGS-CNRS. Réf. : ARSLAN D. , et Al. , 2011, Proc. Natl. Acad. Sci. , USA, 108, 17. 486 -91 26

Mais surtout, ils extraient de SÉDIMENTS profonds du CHILI et d’une mare d’eau douce AUSTRALIENNE : Ø 2 EXEMPLAIRES qui ne semblent pas partager grand-chose avec leurs prédécesseurs : § PANDORAVIRUS salinus § PANDORAVIRUS dulcis Ø Encore plus GROS, avec une CAPSIDE allongée (1 µm de long) et ces virus comptent environ 2. 500 gènes. Ø Le monde des VIRUS GÉANTS apparaît plus DIVERSIFIÉ qu’on ne le croyait. 27

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Intérêt des scientifiques marseillais pour l’échantillon de PERGÉLISOL SIBÉRIEN Protocole spécifiquement développé pour l’IDENTIFICATION des VIRUS GÉANTS 29

Parce qu’ils recherchent des VIRUS, les MICROBIOLOGISTES commencent par « ARROSER » l’échantillon d’ANTIBIOTIQUES Ø Élimination des BACTÉRIES et des PROTISTES Ø Épargne de la cible virale Ensuite tirer profit de la SENSIBILITÉ des AMIBES à ces pathogènes Ø Amibes : organismes unicellulaires se nourrissant de BACTÉRIES Ø Amibes : facilement INFECTÉES par des VIRUS 30

Donc échantillon au contact de plusieurs variétés d’AMIBES (A. polyphaga, A. castellanii, A. griffini) 4 à 6 heures après Premiers signes d’INFECTION : Multiplication de particules virales dans leur cytoplasme – Poursuite du cycle viral jusqu’à leur MORT 10 à 20 h de prolifération 31

• Désagrégation de la membrane des cellules infectées • Libération de centaines de VIRIONS prêts à infecter d’autres amibes - Scénario infectieux classique - Mais les particules virales « SORTENT DE L’ORDINAIRE » • Taille exceptionnelle • Forme oblongue (L : 1, 5 µ et l : 0, 5µ !) du jamais vu ! 32

Nouveau VIRUS : inconnu des virologues : Caractéristiques des 2 grandes familles identifiées jusqu’ici • Celle des MEGAVIRUS • Celle des PANDORAVIRUS Forme en amphore Mais : ne SE RÉPLIQUE PAS, comme eux, dans le NOYAU de l’AMIBE Mais directement dans son CYTOPLASME 33

Pas besoin de la MACHINERIE RÉPLICATIVE de leur hôte Quand un VIRION a pénétré dans une cellule, il met en place sa propre « USINE VIRALE » dans le CYTOPLASME de l’amibe infectée Cette structure : idem à un NOYAU CELLULAIRE, dans lequel le GÉNOME du VIRUS se réplique, et où les PARTICULES VIRALES sont SYNTHÉTISÉES et ASSEMBLÉES. 34

Baptême du nouveau virus : PITHOVIRUS sibericum en référence à la forme en AMPHORE (pithos en grec) de sa capside 35

Lorsqu’un NOUVEAU VIRUS est ainsi découvert, la 1ère précaution : s’assurer qu’il ne présente pas de DANGER pour l’homme Salle dans laquelle officie l’équipe : NIVEAU P 2 (équipée pour recevoir des PATHOGÈNES de CLASSE 2 (peu virulents et peu dangereux) Vérification faite : VIRUS RÉACTIVÉ : incapable d’INFECTER des CELLULES ANIMALES avec lesquelles il est mis en contact (cellules de souris, cellules humaines) Aucun DANGER de ce côté-là 36

SÉQUENÇAGE du GÉNOME de PITHOVIRUS sibericum par l’équipe de Jean-Michel CLAVERIE • Taille du virus : importante (1, 5 µ) • Génome démesuré (467 gènes !) Rappel : • Megavirus (1262 gènes !) • Pandoravirus (1900 à 2500 gènes !) 37

Avant leur découverte, on considérait que les VIRUS étaient dotés d’un BAGAGE GÉNÉTIQUE MINIMAL, juste suffisant pour assurer l’entrée du VIRION dans la cellule et pour détourner les OUTILS MOLÉCULAIRES destinés à la RÉPLICATION • Ex : VIRUS du SIDA (ou celui de la GRIPPE) Seulement UNE DIZAINE de GÈNES !! 38

La DÉCOUVERTE des VIRUS GÉANTS a bouleversé ce dogme : Ex : MÉGAVIRUS : plus d’un millier de gènes PANDORAVIRUS : 2. 500 gènes (10% du nombre de gènes de l’espèce humaine : 25. 000 gènes!) • Cas du VIRUS : PITHOVIRUS sibericum : Ressemble par sa forme aux Pandoravirus Génome ? : SURPRISE : seulement 467 GÈNES (quoique encore très important) Seulement 5 d’entre eux semblent communs aux 2 espèces ! 39

Branche des VIRUS GÉANTS : 3 grandes FAMILLES : 1. 2. 3. MÉGAVIRUS PANDORAVIRUS PITHOVIRUS et une dizaine d’espèces DIVERSITÉ GÉNÉTIQUE • Partie émergée de l’iceberg • Mais, s’ils sont si nombreux, comment se fait-il qu’on ne les REMARQUE QU’AUJOURD’HUI ? 40

• Chantal ABERGEL : « jusqu’en 2003, on considérait que les VIRUS étaient forcément d’une taille inférieure à 0, 2 µ : Pour identifier les virus d’un échantillon, on commençait donc par le FILTRER, ce qui éliminait toutes les BACTÉRIES et autres gros microorganismes polluant la solution. Cette méthode ne pouvait évidemment conduire qu’à la découverte de VIRUS de PETITE TAILLE ! C’était un biais d’observation énorme » . 41

La RICHESSE GÉNÉTIQUE des VIRUS GÉANTS : bouscule le regard que l’on portait sur le VIVANT Taxonomie traditionnelle : les VIRUS ne sont pas VIVANTS, dotés d’un GÉNOME SIMPLIFIÉ : incapables de leur permettre de FABRIQUER leur propre ÉNERGIE incapable de se RÉPLIQUER 42

Malgré leur GÉNOME COMPLEXE, les VIRUS GÉANTS ne disposent effectivement pas de GÈNES permettant la TRADUCTION des ARN en PROTÉINES ni la production d’ÉNERGIE CHIMIQUE ou la DIVISION CELLULAIRE Cela en fait bien des virus MAIS ils possèdent en revanche des CARACTÉRISTIQUES D’ORGANISMES VIVANTS ∗Capables de se REPRODUIRE et d’ÉVOLUER 43

2008 : l’équipe de Didier RAOULT montrait par ailleurs que les VIRUS GÉANTS peuvent être infectés par d’autres VIRUS et que cette infection nuit à leur DÉVELOPPEMENT tout comme des bactéries !! 44

Au LABORATOIRE d’INFORMATION GÉNOMIQUE et STRUCTURALE de Marseille, on envisage donc : STRUCTURALE que les VIRUS GÉANTS constituent une 4ème branche de l’ARBRE du VIVANT à côté des BACTÉRIES, des ARCHÉES et des EUCARYOTES : ensemble des organismes possédant des cellules avec NOYAUX, qui comprennent notamment les PLANTES et les ANIMAUX (et l’HOMME) 45

Mais où PLACER cette 4ème BRANCHE ? VIRUS GÉANTS : apparition en même temps, AVANT ou APRÈS les autres organismes vivants ? Mimivirus Eukarya Archaea Les domaines du vivant Depuis les années 1990, il est admis que le monde vivant est divisé en 3 domaines basés sur la structure cellulaire : • Les eucaryotes, cellules caractérisées par la présence d’un noyau, constituant les plantes, les animaux, les champignons ; • Les bactéries, cellules procaryotes (sans noyau) ; • Les archéobactéries, bactéries aux caractéristiques intermédiaires entre procaryotes et eucaryotes, connues pour leur capacité à vivre dans les milieux extrêmes. Mimivirus se positionnerait comme « l’héritier » d’une 4ème branche dans l’arbre de l’évolution de la vie. Bacteria 46

Réponse de Jean-Michel CLAVERIE : L’étrangeté de leurs GÈNES pourrait indiquer qu’ils sont PLUS ANCIENS que les AUTRES Devenus capables de PARASITER leurs congénères, ils auraient alors PERDU les GÈNES leur permettent de se REPRODUIRE de manière autonome. 47

1 an après la découverte de Pithovirus sibericum (en 2015), l’équipe vient d’identifier, dans le même échantillon de pergélisol sibérien, un second virus géant : Les particules de ce dernier sont délimitées par une CAPSIDE MOLLE d’environ 0, 6 µ de long Sa forme, OBLONGUE, rappelle celle d’un PITHOVIRUS, mais en plus petit Son mode de MULTIPLICATION : également différent, puisqu’il utilise le NOYAU de l’AMIBE qu’il infecte pour SE MULTIPLIER, comme les PANDORAVIRUS Contiendrait environ 500 gènes Donc MOLLIVIRUS SIBERICUM 48

On dispose désormais de 4 familles de VIRUS GÉANTS et la certitude d’avoir mis la main sur une famille nombreuse et diversifiée. 49

4 FAMILLES DE VIRUS GÉANTS 1. MÉGAVIRUS 1 er représentant : MIMIVIRUS ∗ diamètre : 0, 5 µ ∗ 1262 gènes 2. PANDORAVIRUS 1 er représentant : PANDORAVIRUS dulcis ∗ longueur : 1 µ ∗ 1900 à 2500 gènes 50

3. PITHOVIRUS (2014) 1 er représentant : PITHOVIRUS sibericum ∗ longueur : 1, 5 µ ∗ 467 gènes 4. MOLLIVIRUS (2015) 1 er représentant : MOLLIVIRUS sibericum 3. longueur : 0, 6 µ 4. environ 500 gènes 51

Les quatre familles de virus géants connues à ce jour, vues à travers un représentant : de haut en bas Mollivirus sibericum, le mimivirus, Pithovirus sibericum et Pandoravirus salinus. 52

Dernière minute : un SYSTÈME IMMUNITAIRE chez les VIRUS GÉANTS (2016) § L’équipe du professeur Didier RAOULT, à Marseille, secoue une nouvelle fois le MONDE de la MICROBIOLOGIE. § Après avoir découvert les virus géants en 2004, ses scientifiques ont mis en évidence ce qui ressemble à un « SYSTÈME IMMUNITAIRE » : proche de celui des bactéries dans une souche de MIMIVIRUS Réf. : LEVASSEUR A. , BEKLIZ A. , CHABRIÈRE E. , PONTAROTTI P. , LA SCOLA B. , RAOULT B. , Mimivire is a defence system in Mimivirus that confers resistance to virophage, Nature, 2016, 10, 531 (7593), 249 -52 (Référence identifiée par Sabine Giry dans Biofutur, avril 2016, n° 375) 53

Travail de 2 équipes du CNRS sur la SENSIBILITÉ de 59 SOUCHES de virus géants MIMIVIRUS à l’INFECTION par des VIROPHAGES Découverte d’un SYSTÈME IMMUNITAIRE permettant à une souche A de résister au VIROPHAGE ZAMILON 6 (souches B et C : sensibles au virophage). 54

SÉQUENÇAGE DE 45 NOUVELLES SOUCHES DE MIMIVIRUS Mise en lumière de l’existence dans la souche A de l’insertion d’une séquence répétée de Zamilon au sein d’un OPÉRON appelé : « MIMIVIRUS VIROPHAGE RESISTANCE ELEMENT » (MIMIVIRE) 55

Lorsque le GÈNE codant ou la SÉQUENCE RÉPÉTÉE MIMIVIRE sont rendus SILENCIEUX : alors la souche A du virus géant redevient SENSIBLE au VIROPHAGE Les PROTÉINES MIMIVIRE : fonctions de NUCLÉASES et d’HÉLICASES impliquées dans la DÉGRADATION des ACIDES NUCLÉIQUES étrangers : § Une DÉFENSE qui ressemble au système CRISPR/Cas des BACTÉRIES aujourd’hui couramment utilisé comme outil en génie génétique. 56

UN RÉVEIL ALARMANT ? ¾Faut-il craindre le réveil de microorganismes pris dans les sols gelés de l’Arctique ? Conditions de conservations optimales : p. H neutre, pauvreté en O 2, absence d’espèces chimiques oxydantes, … Préservation de l’ADN pendant plus d’ 1 million d’années. 57

¾Réactivation de Pithovirus sibericum après plus de 30. 000 ans de sommeil : Indication que les virus supportent très bien une telle hibernation, Le virus, qui infectait les amibes au Pléistocène (période de l’homme de Neandertal) a repris sans dommage apparent son CYCLE DE PROLIFÉRATION. 58

¾Danger de l’exploitation des sols à hautes latitudes ? ¾Fonte de la banquise arctique (réchauffement climatique) : ouverture des voies maritimes vers ces sols riches en pétrole, en gaz naturel, en charbon, en or, et en tungstène. ¾Exploitation minière et industrielle contact des hommes avec des VIRUS enfouis depuis des millénaires : ßDanger : prendre au sérieux ßRemise en circulation de microorganismes pathogènes pour l’homme et les animaux (ex : variole) 59

¾Évaluation du danger par le LIGS de Marseille (CLAVERIE) : Recherche des SÉQUENCES VIRALES connues dans des couches de SOL SIBÉRIEN affichant 1 million d’années. 60

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Connaissance actuelle sur les VIRUS : ont un patrimoine génétique, multiplication, et pourtant : non considérés comme des êtres vivants : Pourquoi ? ∗ Taille minuscule ∗ « Parasitisme absolu » : incapacité à se reproduire de manière autonome ∗ Réplication : virus contraint d’INFECTER un HÔTE Introduction dans une de ses cellules « Piratage » de la machinerie nécessaire à fabriquer des PROTÉINES, d’où multiplication. 62

VIRUS : assemblage inerte de MACROMOLÉCULES plus ou moins PATHOGÈNES Virus : « poison » en latin, et non-appartenance présumée de ces êtres à l’ARBRE DE VIE, dont seules 3 BRANCHES sont aujourd’hui pleinement reconnues : EUCARYOTES (animaux, plantes, champignons) BACTÉRIES ARCHÉES (unicellulaires, longtemps confondus avec les Bactéries). 63

Déjà ébranlée depuis le début des années 2000, cette CLASSIFICATION du MONDE VIRAL HORS DU VIVANT est remise en cause par la découverte de nouveaux VIRUS « MONUMENTAUX » , plus gros et plus complexes que bon nombre de bactéries : 2003 : Mimivirus 2011 : Megavirus chilensis (taille du génome importante) 64

SÉQUENÇAGE de l’ADN : coup de tonnerre dans le monde de la VIROLOGIE Taille gigantesque Nature du GÉNOME Découverte de GÈNES codant pour des ENZYMES absentes de tous les autres virus connus, mais PRÉSENTES dans les 3 catégories du VIVANT ! Ces ENZYMES comptent au nombre des pièces nécessaires à l’interprétation du CODE GÉNÉTIQUE, c’est-à-dire in fine à la SYNTHÈSE de PROTÉINES. 65

Découverte de ces SÉQUENCES GÉNÉTIQUES si singulières : Certain scepticisme à l’époque, S’agissait-il d’une ACCUMULATION de GÈNES n’ayant jamais été fonctionnels, glanés par le virus au hasard de ces hôtes ? 66

Mais : INTERPRÉTATION CADUQUE depuis la découverte de Megavirus chilensis (2011) : virus géant proche du 1 er découvert : Mimivirus GÉNOMES IDENTIQUES à plus de 95% (CLAVERIE, LIGS), ∗ Mais Megavirus chilensis plus gros que Mimivirus ∗ Aussi très différent : il ne partage avec Mimivirus que 50% environ de son ADN. 67

Mais : les mêmes 4 gènes codant pour les fameuses enzymes de traduction + 3 nouvelles (absentes des virus et réservées aux organismes cellulaires C’est-à-dire à la VIE. 68

Pour M. CLAVERIE : la présence de ces GÈNES dans les gros virus à ADN : nullement fortuite Résultat d’un processus évolutif Ancêtre commun : pas un VIRUS, mais bel et bien un organisme cellulaire Quelque chose que nous rattacherions à la VIE. 69

Autres signes de rattachement à l’ARBRE de la VIE : INFECTION d’un VIRUS GÉANT … par un autre VIRUS bien plus petit (forme de pathologie !) Jeu de « poupées russes » : un virion infectant un virus infectant une amibe : surprenant syllogisme des biologistes : « ce qui est vivant peut tomber malade, certains virus peuvent tomber malades, donc ces virus sont VIVANTS » 70