Le peignage molculaire de lADN gnomique Un nouveau

Le peignage moléculaire de l'ADN génomique Un nouveau test diagnostique de la Dystrophie Facio-Scapulo-Humérale Karine Nguyen, Pierre Walrafen, Charlène Chaix, Catherine Vovan, Rafaelle Bernard, Shahram Attarian, Jean Pouget, Nathalie Dufrane, Anne Vannier, Aaron Bensimon, Nicolas Lévy Département de Génétique Médicale /UMR Inserm U 910 Marseille

FSHD : une maladie génétique complexe 3ème dystrophie musculaire en fréquence (1/10000 à 1/20000) Autosomique dominante à pénétrance incomplète et expressivité variable ~ 1/3 de cas sporadiques: pénétrance incomplète mutations de novo mosaïques somatiques

FSHD : une anomalie moléculaire complexe Locus 4 q 35 normal 11 - >100 répétitions (35 - >300 Kb) FRG 2 FRG 1 TUB 4 Q Homologie 10 q 26 D 4 Z 4 DUX 4 C FSHD 1 - 10 répétitions (< 35 Kb) FRG 1 TUB 4 Q FRG 2 DUX 4 C FRG 1 TUB 4 Q normal FSHD Telomere FRG 2 DUX 4 C FRG 1 TUB 4 Q D 4 Z 4 FRG 2 DUX 4 C D 4 Z 4 Telomere 4 q. B 4 q. A Telomere

FSHD : un diagnostic moléculaire complexe Chr. 10 Chr. 4 2 E E/B E 3 E/B E PFGE Eco. RI p 13 E 11 Bln. I Southern blot sur ADN génomique Eco. RI E/B

FSHD : un diagnostic moléculaire complexe • L'exploration des patients est incomplète Environ 20% de diagnostic ambigu 2 UR E E+B • Variants génomiques mal diagnostiqués • Mosaiques somatiques fréquentes • Translocations entre D 4 Z 4 du chr 4 et du chr 10 • Délétions non canoniques (p 13 E 11)

La technologie: le peignage moléculaire de l'ADN Analyse d'une molécule d'ADN génomique unique • molécules d'ADN de haut poids moléculaire, individualisées, étirées, fixées, linéaires et parallèles • Facteur d'étirement constant, conversion 1µm = 2 kb • 100 génomes sur une lame, fibres de 100 kb à 2 Mb de long Bensimon et al. , Science 1994 2. 106

Le peignage moléculaire de l'ADN couplé au Code Barre Génomique 106 Répétitions Distance Longueur Couleur Cartographie physique de grandes régions génomiques à la résolution de 1 kb et à l'échelle d'une molécule d'ADN unique

Cartographie physique du locus FSHD design des sondes chr. 10 chr. 4 4 ≠ 10 D 4 Z 4 4 q. A 10 10 10 10 28 35 5 4 q. B 10 q(A) 5 5 5 5 7 q. A ≠ q. B

FSHD : résultats Visualisation directe des 4 allèles chez un patient 4 q. A (10. 4 kb) 4 q. B (66. 3 kb) 10 q (99 kb) 10 q (152 kb) 10 kb

FSHD : résultats 4 q All 4 q 10 q 10 q

FSHD: mosaïque somatique 4 q 10 q 4 q 4 q All 4 q 2 UR E E+B Foetus Mother 10 q 10 kb

FSHD: mosaïque somatique 4 q 10 q 4 q 4 q All 4 q 10 kb

FSHD : résultats 10 q 50 kb 10 kb D 4 Z 4 Remaniements complexes… 20 kb

Le peignage moléculaire de l'ADN Le peignage comme nouveau test diagnostique de la FSHD Visualisation directe et simultanée des 4 allèles en 1 seule manip Détection des mosaïques, des remaniements complexes Test rapide, fiable, sensible et spécifique Supprime les inconvénients liés à la technique du SB Nouvel outil de recherche pour explorer la région