Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Las

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 252 -263

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Database, Vol. 2012, Article ID bas 019, doi: 10. 1093/database/bas 019

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS A fingerprinting overview Generación y refinado de las huellas dactilares

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS http: //130. 88. 97. 239/PRINTS/index. php PRINTS: Una base de datos de huellas dactilares

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS http: //130. 88. 97. 239/sprint/ SPRINT busca en la BD PRINTS-S, que una BD relacional con los mismos contenidos que PRINTS SPRINT busca en la BD relacional PRINTS-S

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Pincha aquí para ir directamente a los registros de PRINTS a partir de su código, de palabras claves, etc. La herramienta FPScan: se introduce una secuencia problema para ver si contiene alguna huella dactilar almacenada en PRINTS. La herramienta GRAPHScan: se introduce una secuencia problema y el código de una huella dactilar para ver si está presente. Búsquedas en PRINTS

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS He introducido el término de búsqueda: dagpe Búsquedas en PRINTS (modo texto)

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Pincha aquí para ver el alineamiento Pincha aquí para ver el registro correspondiente a esta huella dactilar Resultado de la búsqueda en PRINTS

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS AMS a partir del cual se ha obtenido la huella dactilar

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Estructura de un registro de PRINTS (1)

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS 1. - Información general Estructura de un registro de PRINTS (2)

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS 2. - Resumen 3. - Índices de discriminación Ejemplo de un registro de PRINTS (3)

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS 4. - Verdaderos positivos, falsos positivos, subfamilias Estructura de un registro de PRINTS (4)

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS 5. - Denominación de cada proteína Estructura de un registro de PRINTS (5)

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS 6. - Historial de la huella dactilar Estructura de un registro de PRINTS (6)

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS 7. - Los motivos utilizados en un principio para generar la huella dactilar y las secuencias utilizadas Separación entre dos motivos adyacentes Ubicación del motivo, en la secuencia proteica Nombre del motivo, longitud y posición en la huella dactilar Estructura de un registro de PRINTS (7)

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Número de iteraciones realizadas hasta obtener el conjunto final de secuencias. 8. - Los motivos que, finalmente, se han utilizado para generar la huella dactilar junto con las secuencias utilizadas Estructura de un registro de PRINTS (8)

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS FPScan localiza huellas dactilares en una secuencia proteica http: //130. 88. 97. 239/cgi-bin/dbbrowser/finger. PRINTScan/FPScan_fam. cgi Introduce el código de una proteína o una secuencia cruda (formato FASTA sin la primera línea) La herramienta FPScan

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Huellas dactilares que alcanzan la máxima puntuación Pincha aquí para ver el resultado en forma gráfica Las 10 huellas dactilares que alcanzan la máxima puntuación Resultados de la búsqueda

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS El mejor resultado El tercer mejor resultado Finger. PRINTScan: Resultados en forma gráfica

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Las 10 huellas dactilares que alcanzan la máxima puntuación I: Motivo muy parecido i: Motivo con cierto parecido Pincha aquí para ver el resultado en forma gráfica Los 10 mejores resultados de la búsqueda

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS La proteína UR 2 R_HUMAN presenta los 9 motivos de la huella dactilar UROTENSIN 2 R Finger. PRINTScan: Gráficos del mejor resultado

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS La proteína UR 2 R_HUMAN presenta 4 de los 5 motivos de la huella dactilar P 2 YPURNOCPTR Finger. PRINTScan: Gráfico del tercer mejor resultado

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Las 10 huellas dactilares que alcanzan la máxima puntuación, con los detalles de cada motivo encontrado Secuencia, longitud y posición de cada motivo Secuencia problema en formato FASTA Resultado detallado de la búsqueda

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS http: //130. 88. 97. 239/cgi-bin/dbbrowser/finger. PRINTScan/GRAPHScan. cgi 2. - Introduce el código de una huella dactilar para ver si está presente en esa proteína 1. - Introduce el código de una proteína o una secuencia cruda (formato FASTA sin la primera línea) La herramienta GRAPHScan

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS La proteína UR 2 R_HUMAN contiene la huella dactilar UROTENSIN 2 R La proteína UR 2 R_HUMAN NO contiene la huella dactilar SOMATOSTATNR 2 r Resultados de GRAPHScan (1)

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS La proteína PRIO_HUMAN contiene la huella dactilar PRION La proteína PRIO_CHICK contiene parte de la huella dactilar PRION Sólo se conservan 4 de los 8 motivos, pero como se encuentran en el mismo orden y a la distancia correcta, el resultado se considera positivo Resultados de GRAPHScan (2)

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS http: //130. 88. 97. 239/cgi-bin/dbbrowser/PRINTS/prints. BLAST. cgi 1. - Introduce el código de una secuencia (proteína o ADN) Se puede utilizar BLAST para buscar en PRINTS

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Resultados de BLAST

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Nucleic Acids Research 1996, 24: 197 -200

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS A veces, es mejor ponderar

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Bloques = Patrones ponderados

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Búsquedas con bloques

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Pincha aquí para acceder a la información sobre un bloque utilizando palabras clave o un código Introduce una secuencia para ver si tiene algún bloque Herramienta para construir bloques http: //blocks. fhcrc. org/blocks/ La BD BLOCKS

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Version 14. 3 of the BLOCKS Database (April of 2007) consists of 29. 068 blocks representing 5. 900 groups La versión final de BLOCKS es la 14. 3

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Búsquedas en BLOCKS

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Búsquedas en BLOCKS mediante palabras clave

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Pincha aquí para acceder a la información del bloque Los bloques que empiezan por PR ya no contienen información Resultados de la búsqueda en BLOCKS

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Formato de un registro en BLOCKS

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Esta familia de proteínas se caracteriza mediante 9 bloques Registro de BLOCKS

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Información de cada bloque por separado Lugar exacto de la proteína donde comienza el bloque Proteínas que contienen ese bloque Los 9 bloques que definen la familia

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Mapas Árbol Logos Más información almacenada en un registro de BLOCKS

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Pincha aquí para acceder a la herramienta Block Searcher Las herramientas de BLOCKS

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Introduce aquí una secuencia de ADN o de proteína para determinar qué bloques presenta y a qué familia puede pertenecer La herramienta Block Searcher

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Resultados de la búsqueda con Block Searcher (1)

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Hay 9 posibles familias a las que puede pertenecer Contiene 8 de los 9 bloques característicos de la familia IPB 000670 Detalles de cada bloque por separado Resultados de la búsqueda con Block Searcher (2)

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Introduce un mínimo de tres secuencias de proteínas. La herramienta Block Maker

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Resultados de Block Maker (1)

Las bases de datos PRINTS y BLOCKS Resultados de Block Maker (2)