LABORATORIO DE REFERENCIA EN ANDALUCA PARA TIPADO MOLECULAR

LABORATORIO DE REFERENCIA EN ANDALUCÍA PARA TIPADO MOLECULAR DE PATOGENOS NOSOCOMIALES Y DETECCIÓN GENOTÍPICA DE MECANISMOS DE RESISTENCIA A ANTIMICROBIANOS DE INTERÉS SANITARIO Dr. Alvaro Pascual Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Virgen Macarena Unidad Intercentros de Enfermedades Infecciosas, Microbiología Clínica y Medicina Preventiva Sevilla

Objetivos 1. 2. 3. 4. 5. 6. Servir de apoyo al SVEA en la detección, investigación y control de alertas por bacterias multirresistentes. Determinar la relación clonal de los aislamientos de patógenos nosocomiales multirresistentes mediante la combinación de pruebas fenotípicas y genotípicas en tiempo suficiente para poder tomar medidas de control adecuadas. Estudio fenotípico y genotípico de los mecanismos de resistencia de patógenos nosocomiales de interés y que puedan favorecer el desarrollo de medidas terapéuticas y/o preventivas. Identificación y seguimiento de clones de microorganismos multirresistentes que circulen en centros hospitalarios de la Comunidad. Creación de una base de datos con los genotipos de interés. Servir de centro centinela para la detección de nuevos mecanismos de resistencia en patógenos nosocomiales o de la comunidad.

Cartera de servicios Resistencia a antimicrobianos • Detección de resistencia a oxacilina (SARM) en Staphylococcus aureus. • Detección de resistencia a vancomicina en Enterococcus spp • Detección e identificación de genes de beta-lactamasas de espectro extendido (BLEE) tipo TEM, SHV y CTX-M, más frecuentes en nuestro entorno, en enterobacterias. • Detección e identificación de genes de Amp. C plasmídicas y cromosómicas. • Detección e identificación de genes de beta-lactamasas que hidrolizan carbapenems (carbapenemasas). Tipado molecular o Genotipado • Enterobacterias productoras de BLEE o carbapanemasas • Otras enterobacterias multirresistentes • Acinetobacter baumannii • Pseudomonas aeruginosa • S. aureus resistente a meticilina. • Enterococcus resistente a vancomicina

Metodología • Detección de mecanismos de resistencia: – Marcadores fenotípicos – Marcadores genotípicos: PCR +/- secuenciación • Identificación molecular: – REP-PCR, PFGE, MLST, Secuenciación – Base de datos históricas

Solicitud de servicios • Contacto previo telefónico o por correo electrónico: – Autorización del envío de aislados – Numero y tipo de aislados a enviar • Normas de envío en condiciones de bioseguridad. • Información de brotes y aislados necesaria para el estudio.

Emisión de informes • La emisión de los informes dependerá de las características de cada brote o endemia. Como norma se emitirán 2 informes uno preliminar y otro definitivo. Los tiempos medios de emisión serán: – Informe preliminar: a los 10 días de la recepción de la muestra. – Informe definitivo: a los 21 días de la recepción de la muestra. • Estos tiempos se verán sujetos a modificaciones en función de la complejidad del brote y el número de aislados a estudiar.

Ejemplos: búsqueda de reservorios S. aureus Caso Muestra A A. traqueal B A. traqueal Trabajador F. nasal A. baumannii Dice (Opt: 1. 00%) (Tol 1. 0%-1. 0%) (H>0. 0% S>0. 0%) [0. 0%-100. 0%] PFGE 2 Nº Fec ha Cama Tipo de muestra NHC ha Cama Tipo de muestra 100 98 96 Aislado 714 22/06/11 FIBROBRONCOSCOPIO 715 15/06/11 183 -3 A TRAQUEAL 73016 MR-151 03/06/11 184 -08 BAL 69980

S. Vergara et al. CMI 2013.

SARM. H. U. Virgen Macarena. Árbol filogenético histórico PFGE

El microbiólogo en los equipos de IRAS y PROA Director del programa Responsable - Director Médico Equipo de IRAS - Coordinador - Miembros fijos - - Miembros opcionales - Equipo de PROA - Coordinador - Miembros fijos - - Miembros opcionales - Preventivista Microbiólogo, intensivista, enfermeras e internista experto en enfermedades infecciosas. Intensivistas, pediatras… Clínico experto en antibióticos. Farmacéutico, microbiólogo, preventivista e internista experto en enfermedades infecciosas. Intensivista, pediatras…

LAR (HGP = hospitales generales pequeños, HGG = hospitales generales grandes, GHR = grandes hospitales de referencia, LAR= laboratorio autonómico de referencia, CRNH = centros de referencia no hospitalarios) * al menos en situaciones de brotes