IRES negli m RNA cellulari Strutture secondarie delle

IRES negli m. RNA cellulari

Strutture secondarie delle IRES

Fattori trans-agenti delle IRES

Ruolo delle IRES

Meccanismi di traduzione negli eucarioti

Regolazione della traduzione • generale • specifica

Initiation Factors prokaryotes Activity eukaryotes IF 3 e. IF-1 Fidelity of AUG codon recognition IF 1 e. IF-1 A Facilitate Met-t. RNAi. Met binding to small subunit e. IF-2 Ternary complex formation e. IF-2 B (GEF) GTP/GDP exchange during e. IF-2 recycling e. IF-3 (12 subunits) Ribosome antiassociation, binding to 40 S e. IF-4 F (4 E, 4 A, 4 G) m. RNA binding to 40 S, RNA helicase activity IF 2 e. IF-4 A ATPase-dependent RNA helicase e. IF-4 E 5' cap recognition e. IF-4 G Scaffold for of e. IF-4 E and -4 A e. IF-4 B Stimulates helicase, binds with e. IF-4 F e. IF-4 H Similar to e. IF 4 B e. IF-5 Release of e. IF-2 and e. IF-3, GTPase e. IF 5 B Subunit joining e. IF-6 Ribosome subunit antiassociation

Via delle MAP chinasi

stress

Chinasi di e. IF 2 a

Azione delle chinasi di e. IF 2 a

Risposta UPR (Unfolded Protein Response)

Risposta UPR (Unfolded Protein Response)

Interferenza dei virus nella traduzione negli eucarioti

Meccanismi virali d'inibizione della fosforilazione di e. IF 2 a

Regolazione e. IF 2 a § Fosforilazione su ser 51 in risposta a stress da parte di 4 chinasi: PKR, GCN 2, PERK, HRI § La fosforilazione impedisce il riciclo da parte di e. IF 2 B § La traduzione di alcuni m. RNA è stimolata da bassi livelli di e. IF 2 a attivo § Molti virus hanno sistemi per impedire la fosforilazione di e. IF 2 a

e. IF 4 F

Fosforilazione di 4 E-BP

Regolazione di e. IF 4 E

Regolazione e. IF 4 E § Fosforilazione su ser 209 da parte di Mnk 1 (e Mnk 2) correlata con attivazione § Mnk interagiscono con e. IF 4 G e sono attivate dalla via delle MAP chinasi § Doppio KO per Mnk 1 e 2 è normale § e. IF 4 E è inibito dall’interazione con 4 E-BP (1, 2 e 3) § 4 E-BP sono inibite da fosforilazione dipendente dalla via di m. TOR

Alterazione della traduzione da parte dei virus

m. TOR è un regolatore centrale

Struttura di m. TOR

Inibizione della rapamicina

m. TOR è un regolatore centrale

Complessi formati da m. TOR

Bersagli di m. TOR

m. TOR regola l'inizio e l'allungamento

Alterazione della traduzione e tumori

Traduzione e cancro

Regolazione della traduzione • generale • specifica

Transcriptional control Translational control gene m. RNA protein • Slow • Lasting • Transcription-dependent • Rapid • Short-lived • Transcription-independent

Indicazione di controllo traduzionale northern -Fe m. RNA ferritina western +Fe -Fe ferritina actina m. RNA actina +Fe

METODI PER STUDIARE IL CONTROLLO TRADUZIONALE • Confronto tra la variazione della quantità di m. RNA e quella del prodotto proteico Øgel poliacrilammide 2 D (DIGE) Øwestern blot • Analisi della stabilità delle proteine mediante l'uso di inibitori della traduzione • Analisi della quantità di m. RNA sui polisomi (distribuzione)

Polysome analysis

TOP m. RNA translational control in cultured cells

Meccanismi di regolazione traduzionale

Meccanismi di regolazione traduzionale

Bersagli di m. TOR