Initiation Pubmed Formation destine aux bibliothcaires du RBD

Initiation à Pubmed Formation destinée aux bibliothécaires du RBD Santé Samuel Piret – 17 février 2010

Plan de l’exposé 1. La base de données Medline 2. Recherche dans Pub. Med 1. 1. Vue d’ensemble 1. 2. Accès 2. 1. Recherche simple : avantages et inconvénients 2. 2. Recherche avancée : avantages et inconvénients 2. 3. Le Me. SH 2. 4. Construire une équation de recherche 2. 5. Outils Pub. Med (détails, limites, historique, …) 3. Exploitation des résultats 2 3. 1. Les formats de visualisation 3. 2. Envoyer… 3. 3. Open access / accès aux articles 3. 4. Veille (RSS)

1. La base de données Medline 3

1. Vue d’ensemble de Medline MEDLINE = Medical Literature Analysis and Retrieval System) Système de recherche et d’analyse de la littérature médicale Base de données bibliographique commencée en 1949 jusqu’à nos jours Informatisée en 1972, catalogage rétrospectif 19491972 Contient plus de 19, 5 millions de fiches (màj. 08/02/2010) reprenant approximativement 5. 000 périodiques Couvre les sciences de la vie et l’information biomédicale 4 Compilé et hébergé par la NLM (NCBI) aux U. S.

1. 2. Accès à Medline Accès via interfaces payantes Exemples : ERL Web. Spirs, EBSCO, Dialog, … Relativement coûteux et langage de recherche pas toujours évident à maîtriser Politique commerciale douteuse pour certains Accès via interfaces gratuites 5 Exemples : Pub. Med, Medsum, Go. Pub. Med, e. TBLAST, Medscape, Twease Disponible sur n’importe quel ordinateur relié à internet Facilité de recherche Pub. Med est le plus connu et le plus employé (il reprend d’autres bases de données également)

2. Recherches dans Pub. Med 6

2. 1. Recherche simple dans Pub. Med Avantages Rapidité Ne nécessite pas de connaissances particulières (intuitivité) Pratique si on sait précisément ce que l’on cherche (référence exacte d’un article) Inconvénients 7 Recherche limitée si on ne connaît pas précisément ce qu’on cherche (bibliographie sur un sujet, d’un auteur, etc. ) Risque d’erreur facile (mauvaise orthographe, etc. ) Peut générer du bruit documentaire ou du silence documentaire (mauvaise recherche, complexité)

Démonstration de recherche simple Exemple : Je recherche l’article « Tobacco Control and Free Speech -- An American Dilemma » de Bayer R. et Kelly M. paru dans le New England Journal of Medicine du 13 janvier 2010. a) b) 8 Se rendre sur la page d’accueil de Pub. Med (pubmed. com ou pubmed. org sont des raccourcis) Introduire : - soit totalité ou partie titre exact ; - soit les noms des auteurs ; - soit un mélange des deux (mots du titre et noms d’un ou plusieurs auteurs) recherche de type « Google »

2. 2. Recherche avancée dans Pub. Med Avantages Permet une recherche très fine, très précise Possibilités de recherche approfondies (bibliographie, etc. ) Champs de recherche distincts, clarté des éléments Aide à la saisie (proposant les termes) Passage par le thésaurus Me. SH (voir ci-après) Inconvénients 9 Nécessité de connaître les possibilités Nécessité de savoir comment utiliser ces possibilités Est moins intuitive que la recherche simple

Démonstration simple de recherche avancée Recherche de tous les articles de Prignot J. parus depuis 2000 : Cliquer sur Advanced Search Dans le menu déroulant du Search Builder, choisir le champ Author Entrer le nom de l’auteur : Prignot J (il existe une aide à la saisie) Cliquer sur le bouton AND Les termes s’ajoutent dans le champ supérieur. Dans le Search Builder, choisir le champ Publication Date Entrer les années 2000 à 2010 (ou seulement 2000 ; ‘present’ est mis par défaut) 10 Cliquer sur le bouton AND Cliquer sur le bouton 6 résultats Tous les champs comportent un qui facilite la recherche ( « autorités » ) On peut ajouter autant de champs que nécessaire en les combinant grâce

2. 3. Le Me. SH = Medical Subject Headings Thésaurus Mises à jour et corrections régulières Structure hiérarchisée Recherche automatisée facilitée par l’emploi des synonymes Ex : ‘vitamin C’ renvoie à ‘Ascorbic Acid’ Plus de 25. 000 descripteurs Plus de 160. 000 entrées Par ordre alphabétique / hiérarchique Traduction en français par l’Inserm : « Me. SH bilingue » ( http: //ist. inserm. fr/mesh/html/mesh. html ) Rem. : Ne fonctionne pas au moment de rédiger ce 11

2. 3. Le Me. SH (suite) ‘(Topical) Qualifiers’ / ‘(Topical) Subheadings’ qualificatifs pour préciser la recherche 83 subheadings Liste 2010 : http: //www. nlm. nih. gov/mesh/topsubscope. html Exemple : on recherche des informations sur la mortalité de la maladie d’Alzheimer en relation avec les effets des médicaments. Recherche dans le Me. SH en langage naturel: ‘Alzheimer’ Alzheimer’s disease est le terme retenu Ajout des subheadings ‘mortality’ et ‘drug therapy’ 12 50 résultats

2. 4. Construire une équation de recherche Méthode « facile » Utiliser les boutons dans la recherche avancée, en combinant les recherches par les boutons AND, OR, NOT Méthode « expert » Utilisation de crochets pour les qualificatifs de champs Utilisation de guillemets pour les expressions Opérateurs booléens AND, OR et NOT 13 AND = ET (restreint la recherche) OR = OU (élargit la recherche) NOT = SAUF (rejette des termes) Troncature gauche/droite : le symbole utilisé est l’astérique *

2. 5. Outils de Pub. Med 2. 5. 1. Le bouton Clear 2. 5. 2. Le bouton Preview Permet d’effacer l’équation en cours pour recommencer une nouvelle recherche Affiche un aperçu des résultats, pour vérifier la pertinence de la recherche sans perdre le temps d’affichage. 2. 5. 3. Les limites 14 Permettent d’affiner la recherche sur les points suivants : date, type d’article, espèce (humains/animaux), langues, genre, âges, etc.

2. 5. Outils de Pub. Med (suite) 2. 5. 4. L’historique Affiche toutes les recherches déjà effectuées et leurs résultats. On peut combiner des recherches (pour ne pas devoir recommencer…) ou relancer une recherche déjà effectuée. 2. 5. 5. Les détails 15 Affichent un détail de l’équation de recherche et les résultats que cette recherche génère. Le bouton « URL » permet d’enregistrer le lien hypertexte et de le placer dans les favoris, cela peut servir de veille manuelle, en quelque sorte.

2. 5. Outils de Pub. Med (suite) 2. 5. 6. Les ressources 16 Mesh Database : consultation du Me. SH Journals Database : informations sur les périodiques Single Citation Matcher : trouver les citations d’un article Clinical Queries : recherche avancée pour cliniciens Topic-Specific Queries : recherches spécifiques pour cliniciens et chercheurs dans le domaine de la santé

3. Exploitation des résultats 17

3. 1. Les formats de visualisation En anglais « Display Settings » . Ce sont des options d’affichage des résultats de la recherche. Il y a 3 types d’options : o. Le format o. Le nombre de résultats par page o. Le tri 18

3. 1. Les formats de visualisation (suite) 3. 1. 1. Les formats Summary : le format par défaut : références de l’article en HTML avec lien vers l’abstract. Summary (text) : idem que Summary mais au format texte uniquement, sans liens html. Assez rébarbatif… Abstract : idem que Summary, avec l’abstract et des liens supplémentaires. Abstract (text) : idem que Abstract mais au format texte uniquement, sans liens html. Même remarque… Rem : Les formats texte sont parfois utiles pour l’export vers certains logiciels. 19

3. 1. Les formats de visualisation (suite) 3. 1. 1. Les formats (suite) MEDLINE : le format le plus complet, similaire à une fiche au format MARC, avec les codes de champs spécifiques à Pub. Med. XML : format balisé XML PMID List : simple liste des numéros de référence des articles , au format texte. PMID = Pub. Med IDentification, qui équivaut au numéro d’inventaire de chaque notice. 20

3. 1. Les formats de visualisation (suite) 3. 1. 2. Le nombre de résultats par page Vous pouvez choisir le nombre de résultats à afficher page : 5, 10, 20, 50, 100, 200 résultats. 3. 1. 3. Le tri Recently added : tri par derniers ajouts dans Pub. Med Pub Date : tri par date de publication First / Last author : tri par premier / dernier auteur Journal : tri par périodique Title : tri par titre 21

3. 2. Envoyer les résultats 3. 2. 1. File : en tant que fichier - Summary (text) : fichier texte reprenant les références des articles - Abstract (text) : fichier texte reprenant les abstracts des articles - MEDLINE : fiches bibliogaphiques, comparables au MARC (très complet) - XML : fichier balisé en XML - PMID List : uniquement liste des numéros de référence des articles (Pub. Med I. D. ) Un tri est possible : chronologique, par date d’ajout, par auteur, par titre, par périodique. 22

3. 2. Envoyer les résultats (suite) 3. 2. 2. Collections Permet de se connecter à un compte My. NCBI et de sauver sa recherche, comme une sorte de bibliothèque virtuelle des références que l’on veut conserver. L’enregistrement à My. NCBI est gratuit. My. NCBI permet aussi la veille (voir ci-après) 23

3. 2. Envoyer les résultats (suite) 3. 2. 3. Order Se connecte à la plate-forme Loansome. Doc, afin de commander des articles. 3. 2. 4. Clipboard Envoie les résultats vers le pressepapiers de Pub. Med. Ce Clipboard permet de contenir jusqu’à 500 items ; c’est une sorte de « panier » . Il conserve les références pendant 8 heures maximum. 24

3. 2. Envoyer les résultats (suite) 3. 2. 5. E-mail Permet d’envoyer les résultats par email. Idem que pour envoyer par fichier, on peut en outre choisir le nombre de références à envoyer, à partir de laquelle commencer, et ajouter un texte éventuel (pour envoyer à un collègue, par exemple). 25

3. 3. Open Access La plupart des articles ne proposent quun abstract, et le full text est souvent payant. Il existe néanmoins des articles « gratuits » en « open access » ou en « free full text » . Pour ne filtrer que ceux-là : cliquer sur « Free Full Text » en haut à droite de la page de résultats. Si cette option n’apparaît pas, c’est qu’il n’y en a pas…! 26

3. 3. Open Access (suite) Un article en open access est TOUJOURS signalé dans la page de résultats par la mention « Free article » . Un clic sur ce lien amène à l’abstract. Ensuite dans le coin supérieur droit, à côté du « Send to » , un lien vers l’article proprement dit est proposé. Un clic redirige vers le site de l’éditeur ou un site proposant l’article en entier. Il est à noter que ce lien existe aussi pour les articles payants (ou avec abonnement au 27 périodique).

3. 4. Veille Deux types de veille existent : via inscription par My. NCBI – envoi par email automatique sur base quotidienne, hebdomadaire ou mensuelle. Pour cela, utiliser le lien « Save search » via RSS, par un fichier XML 28

Webographie / sources Bibliographic Service Division : Data, News and Update Information / National Library of Medicine. - NLM, décembre 2009. - URL : http: //www. nlm. nih. gov/bsd/revup_pub. html#med_update. - Consulté le 25 janvier 2010. Pub. Med Tutorial / National Library of Medicine. - NLM, décembre 2009. - URL : http: //www. nlm. nih. gov/bsd/disted/pubmedtutorial/. - Consulté le 25 janvier 2010. A la découverte du Me. SH Database de Pubmed / Dailland, Françoise ; Kaelblen, Laurent. - Médiathèque de l’Université Paris Descartes, octobre 2008. – URL : http: //mediatheque. parisdescartes. fr/article. php 3? id_article=2105. Consulté le 25 janvier 2010. MEDLINE / Wikipedia. – Wikimedia Fundation, Janvier 2010. - URL : http: //en. wikipedia. org/wiki/MEDLINE. Consulté le 25 janvier 2010. Pub. Med Help / National Library of Medicine. – NLM, février 2010. – URL : http: //www. ncbi. nlm. nih. gov/bookshelf/br. fcgi? book=helppubmed&part=pubmedh elp. - Consulté le 16 février 2010 Souvenirs personnels du cours de M. Alain Somville (HENa. C Malonne) 29

Merci de votre attention ! 30