IDENTIFICACIN POR NGS DE MUTACIONES GERMINALES EN MUESTRAS

IDENTIFICACIÓN POR NGS DE MUTACIONES GERMINALES EN MUESTRAS DE TUMOR SÓLIDO Teresa Imízcoz Fabra 1 timizcoz@unav. es Nerea García de Vicuña 2, Javier Ursúa 1, Beatriz Ramírez 1, Olga Prat 2, Marta Abengozar 2, Gorka Alkorta-Aranburu 1, Maite Herráiz Bayod 2. Filiación: 1 Universidad de Navarra/CIMA LAB Diagnostics –Tumor sólido y enfermedad consitucional 2 Clínica Universidad de Navarra – Consulta de Alto Riesgo de tumores digestivos / Idi. SNA #SEOM 2019

Disclosure Information q No existe ningún conflicto de interés #SEOM 2019

Identificación de individuos con predisposición a cáncer • 5 -15% individuos con cáncer existe componente hereditario • Limitaciones identificación de individuos de alto riesgo: o Con criterios clínicos sin estudio germinal o Sin criterios clínicos, considerados esporádicos por falta de historia familiar o disponibilidad de caso índice #SEOM 2019 Cáncer Hereditario Familiar Esporádico

Identificación de individuos con predisposición a cáncer HIPÓTESIS: el estudio genómico del tumor puede ser una herramienta eficaz para el despistaje de cáncer hereditario. o OBJETIVO 1: Probar que Oncomine Comprehensive Assay v 3 identifica mutaciones germinales conocidas en muestras de tumor sólido. o OBJETIVO 2: Evaluar retrospectivamente la práctica clínica de esta herramienta para identificar a individuos portadores de mutaciones germinales. #SEOM 2019

OBJETIVO 1 - Cohorte de validación técnica • Ion Torrent™ Oncomine™ Comprehensive Assay v 3 (Thermo. Fisher) (OCA) • n=32 muestras de 19 individuos con mutación germinal conocida • Distinta antigüedad (1995 -2018) y tipo de tejido Tipo de tejido Ganglio Riñón Piel Estómago Pulmón Duodeno Endometrio Pelvis renal Recto Mama Páncreas Útero Colon Genes mutados 1 1 1 1 #SEOM 2019 2 2 2 MRE 11 A 1 CDKN 2 A 1 CDKN 1 B 1 BRCA 1 1 ATM 1 MSH 6 MLH 1 3 MSH 2 4 12 3 4 10

Resultados validación software análisis automático OCA • 74% (14/19) variantes germinales conocidas reportadas • 26% (5/19) variantes germinales conocidas no reportadas Variant calling 1 14 2 5 Herramientas de visualización y análisis de secuencias NGS permite confirmar la presencia de la variante germinal. Secuenciación por amplicones 2 La variante germinal incluída en los datos crudos, detectada en el 28% de las lecturas. Regiones débiles La cobertura de las regiones débiles por debajo del mínimo establecido para reportar (≥ 500 x en tumor sólido). El 100% de las variantes germinales están incluidas en los datos crudos #SEOM 2019

OBJETIVO 2 - Práctica clínica retrospectiva (n=385) Pulmón 142 69 Ovario • 17/385 (4, 4%) variantes Colorrectal 48 candidatas 20 Mama germinal Colangiocarcinoma 18 Desconocido 16 Páncreas 13 • Endometrio Seguimiento 13 13 casos, de los cuales: y cuello 9 o. Cabeza 3 tumor esporádico Partes blandas 6 o 10 Próstata confirmada en línea germinal (10/385; 5 Mesotelioma 5 2, 6%) GIST 5 Glioblastoma 3 Cérvix 3 Unión Gastroesofágica 2 Vagina 1 Uraco Cancer 1 Tiroides 1 Riñón 1 Pseudomyxoma peritoneal 1 Piel 1 Meningioma 1 Meduloblastoma 1 #SEOM 2019 Ovario 7/69 (10%) BRCA 1 (4), BRCA 2 (2), MSH 2 (1) Endometrio 1/13 (8%) MSH 2 (1) Colangiocarcinoma 1/18 (6%) PMS 2(1) Pulmón 1/142 TP 53 (1)

Conclusiones • Oncomine™ Comprehensive Assay v 3 es una herramienta robusta para la detección de mutaciones germinales a partir de muestras de tumor sólido • La identificación de una variante potencialmente germinal en genes asociados a cáncer hereditario debe confirmarse en sangre periférica • Se recomienda estudio genético NGS en sangre periférica en pacientes con alta sospecha clínica de cáncer hereditario y sin variantes candidatas germinales por OCA #SEOM 2019

Gracias por su atención #SEOM 2019