Hybridization techniques Chemicalphysical properties of DNA Denaturation and
Hybridization techniques Chemical-physical properties of DNA
Denaturation and renaturation of DNA
DNA electrophoresis
Southern blotting Pierce, GENETICA, Zanichelli editore S. p. A. Copyright © 2005
Restriction Fragment Length Polymorfisms RFLPs (SNPs)
Denaturation/renaturation of DNA in E. coli
Preparazione di DNA: gradiente di Cs. Cl
Preparazione di DNA: colonne
Hybridization techniques Measurement of RNA expression
Northern Blotting
Microarray generation from PCR fragment
cloni di DNA in piastre RNA da popolazione 1 RNA da popolazione 2 -trascrizione inversa -marcatura con fluorofori dei rispettivi c. DNA -amplificazione tramite (procedure PCR robotizzate) -purificazione -fissaggio su vetrino ibridazione sul vetrino
laser 1 laser 2 eccitazione Ibridazione emissione scansione nei due canali -combinazione e analisi d’immagine -analisi bioinformatica
The Affymetrix© chip -Decine di migliaia di oligonucleotidi (PM) -e corrispondenti mismatch- (MM) sintetizzati sul chip -Ogni gene e’ rappresentato da un set di 1116 oligonucleotidi (probe set) PM+MM
The Affymetrix© chip Preparazione del campione da ibridare (c. RNA biotinilato) Immagine della scansione del chip (monocolore)
HEAT MAP DEI VALORI DI ESPRESSIONE DEI GENI UMANI (TESSUTI IN VERTICALE, TUTTI I GENI IN ORIZZONTALE)
DNA arrays
Large chromosomal alterations
Copy Number Variation
Single Nucleotide Polymorfisms
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