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http: //www. ch. embnet. org/software/LALIGN_form. html Provate ad allineare RNS_BOVIN ANG 1_MOUSE Oppure TPA_HUMAN UROK_HUMAN

DOMINI I domini proteici sono delle strutture ripiegate in maniera compatta con un loro proprio nucleo idrofobico. I domini di proteine che si sono evolute recentemente sono frequentemente codificati da esoni diversi e riflettono la fusione genica di moduli piu’ semplici. Sebbene i domini rappresentino un livello importante nella gerarchia organizzativa delle proteine, non tutte le proteine possono essere descritte come strutture multidominio.

ATTGGLPPDRTGH | || ASGGQRPR---GH ATTGGLPPDRTGH | || AS-GGQRPR--GH ATTGGLPPDRTGH | | || ASGGQRP--R-GH un metodo che misuri in base alla matrice di punteggio scelta e al la penalizzazione per i gap e per le loro estensioni scelte tutti i punteggi per tutti i possibili allineamenti di due sequenze, e’ molto dispendioso in termini di tempo e si puo applicare solo a poche sequenze alla volta. non si puo’ applicare per cercare in una banca dati sequenze omologhe alla nostra

Metodi euristici 1) Si utilizzano metodi rapidi approssimati che consentono di selezionare da una bancadati le sequenze che piu’ probabilmente sono simili a quella di nostro interesse (query sequence) e si localizza la regione di similarieta’ in esse. 2) si restringe l’allinemanto solo alle sequenze della banca dati selezionate e solo ad alcune regioni di esse

Matrici di sostituzione (log-odds matrices) Per una famiglia di proteine ben conosciute: si allineano le sequenze (Leu, Ile): 2 (Leu, Cys): -6 si contano le mutazioni ad ogni posizione si calcola il numero di volte che per esempio ser e’ sostiuta da thr e si divide per la frequenza di ser e di thr, cioe’ per la numero di volte atteso per una sostituzoione casuale di ser in thr . . . PAM 250 • Punteggi positivi: gli amminoacidi sono stati considerati simili dall’evoluzione e sono stati sostituiti l’uno nell’altro piu’ frequentemente di quando sarebbe accaduto per caso. • Punteggi negativi: gli amminoacidi sono stati considerati dissimili dall’evoluzione e sono stati sostituiti l’uno nell’altro meno frequentemente di quanto sarebbe dovuto accadere per caso.

BLAST. . . . AAAERTYPFGRTSF. . . si può scomporre in tante parole di lunghezza w. se w=3 avremo AAA, AAE, AER, ERT, RTY, YPF. . . se si allinea AAA con AAA si ottiene un certo punteggio usando per esempio PAM 250=6, allineando AER con AER =12. selezioniamo le parole che diano un punteggio per esempio >10 tipo AER

Cerchiamo nella banca dati tutte le sequenze che contengano la parola AER AAAERTYPFGRTST AAAERSFGGLWAA query db a partire dalla parola allineata tra la query e la sequenza della db, cerchiamo di allungare l’allineamento fino a quando il punteggio che daremmo utilizzando PAM 250 si mantiene alto

http: //us. expasy. org/tools/ - similarity provate il primo ed il terzo link a blast VSLLDFNGNMSQVTGETTLLYKEIARNVEKTKKIKIIDFGIGQPDLPTFKRIRDAAKEAL DQGFTFYTSAFGIDELREKIAQYLNTRYGTDVKKEEVIVTPGAKPALFLVFILYINPSDE VILPDPSFYSYAEVVKLLGGKPIYANLKWSREEGFSIDVDDLQSKISKRTKMIVFNNPHN PTGTLFSPNDVKKIVDISRDNKIILLSDEIYDNFVYEGKMRSTLEDSDWRDFLIYVNGFS KTFSMTGWRLGYIVAKREIIQKMGILAANVYTAPTSFVQKAAVKAFDTFDEVNQMVSLFK KRRDVMYDELTKVKGVEVSKPNGAFYMFPNVSKILKTSGFDVKSLAIKLIEEKGVVTIPG EVFPLNIGKEFLRLSFAVNEEVIKEGIQKIREFAEQMMNSR

UN ALLINEMENTO MULTIPLO RIFLETTE LA STRUTTURA DELLE PROTEINE

COME SI COSTRUISCE UN CONSENSO

COME COSTRUIRE UN PATTERN

COME SI COSTRUISCE UN PATTERN

http: //us. expasy. org/prosite/ dopo aver mandato l’analisi cliccate su PDOC 00098 secuite l’EC number e andate sulla banca Brenda VSLLDFNGNMSQVTGETTLLYKEIARNVEKTKKIKIIDFGIGQPDLPTFKRIRDAAKEAL DQGFTFYTSAFGIDELREKIAQYLNTRYGTDVKKEEVIVTPGAKPALFLVFILYINPSDE VILPDPSFYSYAEVVKLLGGKPIYANLKWSREEGFSIDVDDLQSKISKRTKMIVFNNPHN PTGTLFSPNDVKKIVDISRDNKIILLSDEIYDNFVYEGKMRSTLEDSDWRDFLIYVNGFS KTFSMTGWRLGYIVAKREIIQKMGILAANVYTAPTSFVQKAAVKAFDTFDEVNQMVSLFK KRRDVMYDELTKVKGVEVSKPNGAFYMFPNVSKILKTSGFDVKSLAIKLIEEKGVVTIPG EVFPLNIGKEFLRLSFAVNEEVIKEGIQKIREFAEQMMNSR