Hayvan Islahnn Genetik ve Teorik Esaslar Genomik Seleksiyon

Hayvan Islahının Genetik ve Teorik Esasları Genomik Seleksiyon Moleküler belirteçler (markörler): Mendel kalıtım prensiplerine uyan genetik olarak kontrolü gözlemlenebilen bir varyasyon olarak tanımlanabilir. Moleküler teknikler belirli DNA bölgelerinde bir popülasyondaki bireyler arasında var olan bu varyasyonları veya polimorfizleri belirlenmesini sağlamaktadır. Genetik markörler, varyasyonu belirlemek için kullanılan moleküler tekniğe bağlı olarak bir çok form alabilir.

Hayvan Islahının Genetik ve Teorik Esasları Genomik Seleksiyon • Kısıtlı parça uzunluğu polimorfizmleri (RFLP) • Polimeraz zincir reaksiyonu - Kısıtlı parça uzunluğu polimorfizmleri (PCR-RFLP) • Rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA (RAPD) • Çoğaltılmış parça uzunluk polimorfizmleri (AFLP) • Tek sarmallı konformasyon polimorfizmi (SSCP) • Mikro uydu (mikrosatelit) • Tek nükleotid polimorfizmi (SNP).

Hayvan Islahının Genetik ve Teorik Esasları Genomik Seleksiyon • Kısıtlı parça uzunluğu polimorfizmleri (RFLP): Güneey blot hibriditasyon olarak isimlendirilen bir işlemden sonra DNA parça uzunluğundaki farklılık olarak belirlenen türe özgü genomik diziliş farklılıkları olarak tanımlanabilir. . Polimeraz zincir reaksiyonu - Kısıtlı parça uzunluğu polimorfizmleri (PCR-RFLP): Güney (Southern) blot yöntemi kullanılarak RFLP ve RFLP analizi için yeterli DNA materyali izolasyonu gerektirmektedir.

Hayvan Islahının Genetik ve Teorik Esasları Genomik Seleksiyon Genomik seleksiyon, çok sayıda SNP ile fenotip arasındaki tahmini ilişkinin fenotipi olmayan, ancak SNP'ler için tiplendirilmiş hayvanların damızlık değerini tahmin etmek için kullanılmasını içerir. Genomik seleksiyon şu durumlarda kullanışlıdır: 1. Ölçülmesi çok zor veya pahalı olan fenotipler için, 2. Bir fenotip üretmeden önce çok genç hayvanların damızlık değerini tahmin etmek istediğinizde, 3. cinsiyetle sınırlı özellikler için

Hayvan Islahının Genetik ve Teorik Esasları Genomik Seleksiyon Genomik seleksiyon, çok sayıda SNP ile fenotip arasındaki tahmini ilişkinin fenotipi olmayan, ancak SNP'ler için tiplendirilmiş hayvanların damızlık değerini tahmin etmek için kullanılmasını içerir. Genomik seleksiyon şu durumlarda kullanışlıdır: 1. Ölçülmesi çok zor veya pahalı olan fenotipler için, 2. Bir fenotip üretmeden önce çok genç hayvanların damızlık değerini tahmin etmek istediğinizde, 3. cinsiyetle sınırlı özellikler için

Kurs içeriği • Genomik-En İyi Doğrusal Tarafsız Tahmin (BLUP), kantitatif özellik lokuslarında (QTL) ilişkileri yakalamak için tek nükleotid polimorfizmlerinden (SNP'ler) hesaplanan bireyler arasındaki ilişkileri kullanan istatistiksel bir yöntemdir. • Fenotipleri yalnızca belirli sayıda seçilen hayvanlardan toplarsanız ve bu hayvanlar üzerinde ayrıntılı genotipleriniz varsa, örneğin 60. 000 SNP işaretiniz varsa, o zaman genom ve fenotip arasındaki bağı tahmin etmek için bu bilgileri birleştirebilirsiniz.

Genomik seleksiyon

Genomik seleksiyon • Genomik seleksiyonda, iki hayvan grubu bulunur • Birinci popülasyon Referans veya seçilmiş popülasyon' olarak adlandırılır. • Bu popülasyonun bireylerinin fenotipleri ve genotipleri bilinir. • İkinci popülasyon genotipleri belirlenebilen ancak fenotipleri hakkında bilgi içermeyen (en radikal haliyle) seçim için bir grup adaydan oluşmaktadır. • Damızlık popülasyonunun tahmini damızlık değeri, bir tahmin formülü kullanılarak yapılabilir.

Genomik seleksiyon • Referans popülasyonda, işaretçiler (Markörler) ve fenotipler arasındaki ilişkilerin, girdi olarak SNP genotipleri ile tahmin formülleri ve çıktı olarak ilgilen özellikler için tahmini damızlık değerleri sağladığı varsayılmaktadır. • Tüm bu SNP etkilerini, damızlık değerlerinin doğru tahminleri için yeterince doğru bir şekilde tahmin etmek, tipik olarak çok sayıda hayvan gerektirecektir. • Bu nedenle, referans popülasyon mümkün olduğu kadar büyük olmalıdır.

Genomik seleksiyon • Genomik seçimin avantajları: • • Genomik seleksiyon, kendileri bir fenotip üretme yaşına gelmeden önce tahmini bir damızlık değerine göre hayvanların seçilmesini mümkün kılar. • Bunun önemi, soy ağacı ve performans verileri içeren geleneksel yöntemlerle, fenotipi olmayan veya fenotipli torunları olmayan bireyin damızlık değerinin en doğru tahmininin, kendi ebeveynlerinin EBV'lerinin ortalamasından gelmesidir.

Genomik seleksiyon • Genomik seçimin avantajları • Bu, fenotipli kardeşlerin ve kuzenlerin sayısından bağımsızdır, çünkü bunların ilgili bilgileri baba ve anadan geçer. Bu tahmin, toplam genetik varyasyonun yarısını oluşturan, yukarıda tartışılan Mendel örneklemesinden kaynaklanan tüm varyasyonları atladığı için her zaman eksiktir. • Genetik belirteçler hakkında yeterli verilerle, ebeveynden çocuğa Mendelian örneklemesi gözlemlenebilir ve yeterince büyük eğitim verileriyle mükemmel doğruluğa yaklaşarak doğruluğu artırmak için değerlendirmelerde kullanılabilir.

BLUP • Hayvan Modeli, bir hayvanın damızlık değerinin daha iyi bir tahminini elde etmek için ilgili hayvanların fenotipleri hakkındaki bilgileri birleştiren genetik bir istatistiksel modeldir. • Önemli avantajlar şunlardır: • 1. Damızlık değerini tahmin edebilmek için her hayvan için mutlaka bir fenotipe ihtiyacınız yoktur. • 2. Bir fenotipe sahip olsanız bile, ilgili hayvanlar hakkında ekstra bilgi, tahmini damızlık değerinin doğruluğunu artırır. • 3. GBLUP’ta referans hayvanların genotipleri ile fenotipleri arasındaki ilişkiye dayanılarak, hiçbir fenotipik değere sahip olmayan hayvanlar için de tahmini damızlık değerlerin belirlenmesine imkan vermektedir.

Hayvanların damızlık değerlerinin belirlenmesi • Ekonomik verim bakımından hayvanların seçilmelerinde; • Hayvanların kendi fenotipik değerleri, • Akrabalarının fenotipik değerleri, • Yavrularının fenotipik değerleri, • Çağdaşlarının fenotipik değerleri dikkate alınarak bir sıralama yapılmakta ve en yüksek performansı gösterenlere döl verme şansı tanınmaktadır.

Hayvanların damızlık değerlerinin belirlenmesi Bir etlik piliç sürüsünde biri yüksek ağırlık kazancı (A), diğeri yüksek yem tüketimine (Y) göre seçilmiş iki hat için 5 kuşaklık bir seleksiyon uygulanmıştır. 5 kuşak boyunca uygulanan toplam seleksiyon üstünlüğü ve toplam seleksiyona yanıt değerleri (g), kontrol hattından ayrı|ışlar olarak, aşağıda verilmiştir.