gi61680779pdb1 YPUA Chain A Human Oxidized Low Density
• 两条链的序列: • >gi|61680779|pdb|1 YPU|A Chain A, Human Oxidized Low Density Lipoprotein Receptor Lox-1 C 2 Space Group. RVANCSAPCPQDWIWHGENCYLFSSGSFNWEK SQEKCLSLDAKLLKINSTADLDFIQQAISYSSFPFWMGL SRRNPSYPWLWEDGSPLMPHLFRVRGAVSQTYPSGT CAYIQRGAVYAENCILAAFSICQKKANL • >gi|61680780|pdb|1 YPU|B Chain B, Human Oxidized Low Density Lipoprotein Receptor Lox-1 C 2 Space Group. RVANCSAPCPQDWIWHGENCYLFSSGSFNWEK SQEKCLSLDAKLLKINSTADLDFIQQAISYSSFPFWMGL SRRNPSYPWLWEDGSPLMPHLFRVRGAVSQTYPSGT CAYIQRGAVYAENCILAAFSICQKKANL
4, Make_ndx,生成一个仅包含蛋白质分子的索引文 件protein. ndx make_ndx -f 1 YPU_genbox. gro -o protein. ndx 5, Genpr, 在protein. ndx基础上生成一个仅包含Ca原 子的索引文件 ca. itp genrestr -f 1 YPU_genbox. gro -n protein. ndx -o ca. itp
B,放开所有原子,采用l-bfgs算法,进行3000步的能量最 小化。 观察能量最小化输出文件mdout. mdp最后部分能量的情况, 若能量很高,则继续A/B步骤,直至能量降低。 • 修改. mdp文件。 grompp -f em 2. mdp -c 1 YPU_grompp_2_md. gro -p 1 YPU. top -o 1 YPU_grompp_B. tpr mdrun -v -s 1 YPU_grompp_B. tpr -o 1 YPU_grompp_B_md. trr -c 1 YPU_grompp_B_md. gro -e 1 YPU_grompp_B_md. edr
7, 对体系进行加热,从0度 加热到 300°, 设置运行时间为 30 ps。 修改pr. mdp文件。 • grompp -f pr. mdp -c 1 YPU_grompp_B_md. gro -p 1 YPU. top -o 1 YPU_grompp_hot. tpr • mdrun -v -s 1 YPU_grompp_hot. tpr -o 1 YPU_grompp_hot. trr -c 1 YPU_grompp_hot. gro -e 1 YPU_grompp_hot. edr
8, 运行100 ps的分子动力学 模拟。(选用md选项), dt=0. 002 ps,nsteps=50000. 修改md. mdp文件。 • grompp -f md. mdp -c 1 YPU_grompp_hot. gro -p 1 YPU. top -o 1 YPU_grompp_hot_8 md. tpr • mdrun –v -s 1 YPU_grompp_hot_8 md. tpr -o 1 YPU_grompp_hot_8 md. trr -c 1 YPU_grompp_hot_8 md. gro -e 1 YPU_grompp_hot_8 md. edr
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