GENETKTE YEN GELMELER Dr r yesi Deniz SNNET

GENETİKTE YENİ GELİŞMELER Dr. Öğr. Üyesi Deniz SÜNNETÇİ AKKOYUNLU Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı

Mikrodizin Teknolojisi

Mikrodizin Teknolojisi

Tüm genom Ekspresyon. Array ü 20 000 gende ekspresyon değişikliği ü Yolak analizi üGen ağı analizi

Array CGH • Mikrodelesyon • Mikroduplikasyon

Yeni Nesil Dizileme

Yeni Nesil Dizileme

Tüm Ekzom Dizileme (WES) • Hastada nadir görülen bir genetik hastalık varlığında, • Karyotip Normal array CGH Normal WES önerilir • 20 000 gende mutasyon analizi • 1 hastada yaklaşık 44 000 mutasyon değerlendirilir • Analizi aylarca sürebilmektedir • Klinisyen tarafından ayrıntılı klinik bilgi sağlanmalıdır

Mikro. RNA’lar 20 -22 nt kodlamayan

Mikro. RNA’lar

Ekzozomlar

Likit Biyopsi Tanım: Likit biyopsi, kanser tanısı almış hastadan kan alınarak tümör profilleme yapılmasını sağlayan, invaziv olmayan bir işlemdir. • Kansere ait kritik genlerin tüm gen analizi

Geçmişten Günümüze Likit Biyopsi Figür. Domínguez-Vigil, I. G. , Moreno-Martínez, A. K. , Wang, J. Y. , Roehrl, M. H. , & Barrera-Saldaña, H. A. (2018). The dawn of the liquid biopsy in the fight against cancer. Oncotarget, 9(2), 2912.

Likit Biyopsi üKanserin güncel takibinde kullanılan girişimsel olmayan bir yaklaşımdır. üLikit biyopsi ile tekrarlayan ölçümler rahatlıkla yapılabilir. üPrekanseröz, benin, invaziv kanserlerin ve relapsın erken tanısında kullanılabilir. Figür. Cerrahi biyopsi ve likit biyopsi karşılaştırması (Domínguez-Vigil, I. G. , et al. (2018). The dawn of the liquid biopsy in the fight against cancer. Oncotarg et, 9(2), 2912. )

Kanda serbest halde bulunan ct. DNA (circulating tumor; ct) • Tedaviye yanıtın takibi • Direnç ve tümör heterojenitesinin izlenmesi • Kanserin erken tanısı

Meme Kanserinde Likit Biyopsi Figür. Meme kanseri (NCI) Figür. 2014 yılı Türkiye Kanser İstatistikleri (www. hsgm. saglik. goc. tr)

Meme Kanserinde Likit Biyopsi (a) Figür. a) Kanser takibi b) Rekürans (Heitzer, E. , et al. (2015). Circulating tumor DNA as a liquid biopsy for cancer. Clinical chemistry, 61(1), 112123. ) (b)

Akciğer Kanserinde Likit Biyopsi Tümör Profiline Göre Tedavi Seçenekleri • EGFR exon 18, • EGFR 19, 21 T 790 M mutasyonları • KRAS codon 12, 13, 61, etc… Tarceva (erlotinib)

Likit Biyopsi: İş Akışı Kanser Hastası Veri Analizi ve Raporlandırma Kan/Serum NGS Ion 530 chip. Kit DNA ekstrasyonu Örnek Hazırlama OT 2 Cihazı Em PCR DNA Kalite ve miktar analizi Qubit Kütüphane Oluşturma

Likit Biyopsi: Prosedür

Likit Biyopsi: Kimler için? § Patolojik örneklem yapılamayan hastalar. § Tedavisi devam eden mutasyon yükü takip edilen hastalar. § İleri evre hastaları. § Dışarıdan Başvuran Hastalar için Tıp Fakültemizin Onayı. § Hastalar randevu ile kabul ediliyor. § Ön Genetik Danışma.

Likit Biyopsi

Likit Biyopsi ile Metilasyon Durumunun Değerlendirilmesi Study Cancer Type 1 Sample Size Marker(s) Technical Method 2 Clinical Significance 3 Barault et al. [27] GBM/m. CRC 164/83 MGMT Bisulfite d. PCR Indicating prognosis; predicting response to therapy Barault et al. [28] m. CRC 182 EYA 4, GRIA 4, ITGA 4, MAP 3 K 14 -AS 1, MSC Bisulfite d. PCR Predicting response to therapy Chimonidou et al. [29] BC 114 SOX 17 MSP Diagnosis (38%/98%) Fackler et al. [30] m. BC 57 A panel of 10 markers Multiplexed MSP Diagnosis (91%/96%) Gordevičius et al. [31] PC 33 Multiple markers Microarray Predicting response to therapy Henriksen et al. [32] PC 95 A panel of 28 markers MSP Tumor staging Herbst et al. [33] m. CRC 467 HPP 1 MSP Indicating prognosis; predicting response to therapy Hulbert et al. [34] NSCLC 150 SOX 17, TAC 1, HOXA 7, CDO 1, HOXA 9, ZFP 42 MSP Diagnosis (93%/62%) Melson et al. [35] CRC/PC 30/30 CYCD 2, HIC, VHL/ VHL, MYF 3, TMS, GPC 3, SRBC MSP Diagnosis (CRC: 83%/94%; PC: 81%/67%) Potter et al. [36] CRC 50 SEPT 9 MSP Diagnosis (68%/79%) Schröck et al. [37] HNSCC 425 SHOX 2, SEPT 9 MSP Diagnosis (52%/95%); indicating prognosis Wen et al. [38] HCC 36 Multiple markers MTCA-seq Diagnosis (94%/89%) Widschwendter et al. [39] BC 902 EFC BS-seq Indicating prognosis Widschwendter et al. [40] OC 151 A panel of 3 markers BS-seq Diagnosis (41%/91%) Xu et al. [41] HCC 1098 Multiple markers BS-seq Diagnosis (83%/91%) Tablo. Gai, W. , & Sun, K. (2019). Epigenetic biomarkers in cell-free DNA and applications in liquid biopsy. Genes, 10(1), 32.

GEN TERAPİSİ

Gen Terapisi

Nanoterapi çalışmaları üNano esaslı ilaçlar kanser tedavisinde kullanılan mevcut ilaçlara göre daha efektif ve daha az toksiktir. ü 100 nm’den küçük olan taşıyıcı nanoparçacıklar (örn; altın nanoparçacıklar) kendiliğinden hedef hücre içerisine girebilmekte, oligonükleotid (DNA, si. RNA) transferine olanak vermekte ve hedefli ilaç salınımı ya da gen susturucu olarak kullanılmaktadır üAltın nanopartikül aracılığıyla si. RNA transfeksiyonu

GİS Mikrobiyota: İnsan vücudunda kommensal olarak yaşayan mikroorganizmaların tamam 1 Mikrobiyom: İnsan vücudunda yaşayan mikroorganizmaların toplam genomu İrritabl bağırsak sendromu Otizm Spektrum Bozuklukları Disbiyozis İnfalamatuar Bağırsak hastalıkları Metabolik hastalıklar Otoimmün hastalıklar

Mikrobiyom Analizi Sanger Yöntemiyle Dizi Analizi ü 16 S ve 23 S r. DNA üFirmicutes, Actinobacteria, Fusobacteria, Verrucomicrobia, Bacteroidetes & Proteobacteria filumları RT-PCR ü 16 S r. RNA üMikroorganizma kantitasyonu ELISA üAlfa-1 Antitripsin üZonulin üKalprotektin üPankreatik Elastaz üSafra asidi üSalgısal Ig. A

GİS Mikrobiyota

İLGİNİZ İÇİN TEŞEKKÜRLER Dr. Öğr. Üyesi Deniz SÜNNETÇİ AKKOYUNLU E-mail: sun_deniz@hotmail. com